Syspep: protótipo de sistema integrado para predição de epítopos lineares

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Silva, Maycon Vieira da
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UFSC
Texto Completo: https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/228456
Resumo: TCC(graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Biologia.
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spelling Syspep: protótipo de sistema integrado para predição de epítopos linearesBioinformáticaImunoinformáticaPipelineInterface UsuárioTCC(graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Biologia.Hoje existem muitos programas e servidores capazes de predizer várias características sobre determinadas sequências proteicas ou nucleotídicas. Porém, poucos permitem analisar os diferentes dados de diferentes servidores/programas em uma única e simples interface. Para fazer tal integração, é necessário usar pipelines, uma técnica que permite a sobreposição temporal de tarefas, neste caso, a realização simultânea do envio e processamento de uma sequência proteica em diferentes servidores. O objetivo deste trabalho é desenvolver um protótipo de plataforma web de fácil acesso e uso para a predição de epítopos lineares a partir de sequências proteicas. Para o teste, foram utilizadas 16.953 sequências de proteínas de Eimeria tenella. Para se realizar o protótipo do programa SysPEP, foi realizado um desenvolvimento no front-end, back-end, logo e banco de dados. Os dados foram testados diretamente com comandos SQL em programas/servidores como: Bepipred, NetMHC I, NetMHC II, WolfPsort, SignalP, TargetP, TMHMM, entre outros. Como resultado, obtemos o desenvolvimento de uma interface web com as páginas “Home”, “Run SysPEP”, “Result”, “Register”, “Contact”, “Login”, “Forgot my Password”, entre outras janelas (pop ups). Também foi editado um banco de dados relacional em MySQL que já havia sido criado primordialmente para melhorar a sua performance. A estrutura deste protótipo já permite o envio dos dados aos servidores, trazendo os resultados integrados. Este sistema poderá gerar uma economia de tempo para a análise dos dados de diferentes servidores, pois permitirá a análise de vários dados de servidores diferentes em uma única interface. Para isso, ainda será necessário a correção de bugs e se desenhar um layout limpo de fácil e rápido acesso, construindo gráficos, mais tabelas e trabalhando em um User Interface (UI) e User Experience (UX) design. E assim, podendo contribuir para o desenvolvimento de vacinas, diagnóstico de doenças e estudos de proteomas.Today there are many programs and servers capable of predicting various characteristics about certain protein or nucleotide sequences. However, few allow analyzing different data from different servers/programs in a single and simple interface. To make such integration, it is necessary to use pipelines, a technique that allows the temporal overlapping of tasks, in this case, the simultaneous execution of the sending and processing of a protein sequence in different servers. The objective of this work is to develop a prototype of a web platform that is easy to access and use for the prediction of linear epitopes from protein sequences. For the test, 16,953 Eimeria tenella protein sequences were used. To carry out the prototype of the SysPEP program, a development on the front-end, back-end, logo and database was carried out. Data were directly tested with SQL commands in programs/servers such as: Bepipred, NetMHC I, NetMHC II, WolfPsort, SignalP, TargetP, TMHMM, among others. As a result, we get the development of a web interface with the pages “Home”, “Run SysPEP”, “Result”, “Register”, “Contact”, “Login”, “Forgot my Password”, among other windows (pop ups ). A relational MySQL database that had already been created primarily to improve its performance was also edited. The structure of this prototype already allows data to be sent to servers, bringing integrated results. This system can save time for the analysis of data from different servers, as it will allow the analysis of several data from different servers in a single interface. For that, it will still be necessary to fix bugs and to design a clean layout for easy and quick access, building graphics, more tables and working in a User Interface (UI) and User Experience (UX) design. And so, it can contribute to the development of vaccines, disease diagnosis and proteome studies.Florianópolis, SC.Wagner, GlauberUniversidade Federal de Santa CatarinaSilva, Maycon Vieira da2021-09-30T17:48:28Z2021-09-30T17:48:28Z2021-09-17info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesis47 f.application/pdfhttps://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/228456info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFSCinstname:Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)instacron:UFSC2021-09-30T17:48:29Zoai:repositorio.ufsc.br:123456789/228456Repositório InstitucionalPUBhttp://150.162.242.35/oai/requestopendoar:23732021-09-30T17:48:29Repositório Institucional da UFSC - Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC)false
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