Algoritmos evolutivos e modelo HP para predição de estruturas de proteínas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Gabriel, Paulo H. R.
Data de Publicação: 2012
Outros Autores: Melo, Vinicius Veloso de [UNIFESP], Delbem, Alexandre C. B.
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UNIFESP
Texto Completo: http://dx.doi.org/10.1590/S0103-17592012000100003
http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/6943
Resumo: Protein structures prediction (PSP) is a computationally complex problem. Simplified models of the protein molecule (such as the HP Model) and the use of evolutionary algorithms (EAs) are among the most investigated techniques for PSP. However, the evaluation of a structure represented by the HP model considers only the number of hydrophobic contacts, which doesn't enable the EA to distinguish between structures with the same number of contacts. This paper presents a new multi-objective formulation for PSP in HP Model. Two metrics are evaluated: the number of hydrophobic contacts and the distance between the hydrophobic amino acids. Both metrics are used by the Multi-objective EA in Tables. We showed that the algorithm is fast and robust.
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spelling Algoritmos evolutivos e modelo HP para predição de estruturas de proteínasEvolutionary algorithms and HP Model for protein structure predictionProtein structure predictionEvolutionary algorithmsMulti-objective optimizationHP ModelPredição de estrutura de proteínasAlgoritmos evolutivosOtimização multiobjetivoModelo HPProtein structures prediction (PSP) is a computationally complex problem. Simplified models of the protein molecule (such as the HP Model) and the use of evolutionary algorithms (EAs) are among the most investigated techniques for PSP. However, the evaluation of a structure represented by the HP model considers only the number of hydrophobic contacts, which doesn't enable the EA to distinguish between structures with the same number of contacts. This paper presents a new multi-objective formulation for PSP in HP Model. Two metrics are evaluated: the number of hydrophobic contacts and the distance between the hydrophobic amino acids. Both metrics are used by the Multi-objective EA in Tables. We showed that the algorithm is fast and robust.Predição de estruturas de proteínas (PSP) é um problema computacionalmente complexo. Modelos simplificados da molécula proteica (como o Modelo HP) e o uso de Algoritmos Evolutivos (AEs) estão entre as principais técnicas investigadas para PSP. Entretanto, a avaliação de uma estrutura representada pelo Modelo HP considera apenas o número de contatos hidrofóbicos, não possibilitando distinguir entre estruturas com o mesmo número de contatos hidrofóbicos. Neste trabalho, é apresentada uma nova formulação multiobjetivo para PSP em Modelo HP. Duas métricas são avaliadas: o número de contatos hidrofóbicos e a distância entre os aminoácidos hidrofóbicos, as quais são tratados pelo AE Multiobjetivo em Tabelas (AEMT). O algoritmo mostrou-se rápido e robusto.Universidade de São Paulo Instituto de Ciências Matemáticas e de ComputaçãoUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP) Departamento de Ciência e TecnologiaUNIFESP, Depto. de Ciência e TecnologiaSciELOFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Sociedade Brasileira de AutomáticaUniversidade de São Paulo (USP)Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)Gabriel, Paulo H. R.Melo, Vinicius Veloso de [UNIFESP]Delbem, Alexandre C. B.2015-06-14T13:43:35Z2015-06-14T13:43:35Z2012-02-01info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion25-37application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S0103-17592012000100003Sba: Controle & Automação Sociedade Brasileira de Automatica. Sociedade Brasileira de Automática, v. 23, n. 1, p. 25-37, 2012.10.1590/S0103-17592012000100003S0103-17592012000100003.pdf0103-1759S0103-17592012000100003http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/6943porSba: Controle & Automação Sociedade Brasileira de Automaticainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESP2024-07-29T20:39:33Zoai:repositorio.unifesp.br/:11600/6943Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.unifesp.br/oai/requestbiblioteca.csp@unifesp.bropendoar:34652024-07-29T20:39:33Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)false
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description Protein structures prediction (PSP) is a computationally complex problem. Simplified models of the protein molecule (such as the HP Model) and the use of evolutionary algorithms (EAs) are among the most investigated techniques for PSP. However, the evaluation of a structure represented by the HP model considers only the number of hydrophobic contacts, which doesn't enable the EA to distinguish between structures with the same number of contacts. This paper presents a new multi-objective formulation for PSP in HP Model. Two metrics are evaluated: the number of hydrophobic contacts and the distance between the hydrophobic amino acids. Both metrics are used by the Multi-objective EA in Tables. We showed that the algorithm is fast and robust.
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