Validação e correção de fenótipos na seleção genômica ampla

• Autor(a) principal: Cruz, Cosme Damião
• Data de Publicação: 2016
• Outros Autores: Almeida, Ísis Fernanda de, Resende, Marcos Deon Vilela de
• Tipo de documento: Artigo
• Idioma: por
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: http://dx.doi.org/10.1590/s0100-204x2016001200008; http://locus.ufv.br//handle/123456789/26028
• topic: Acurácia; Blasso; Genotipagem em larga escala; Marcadores moleculares; RR-Blup; Accuracy; Large-scale genotyping; Molecular markers; RR-Blup

O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da distribuição dos efeitos de QTL, do tipo de população de validação e da correção dos fenótipos sobre a acurácia da seleção genômica ampla. Duas populações de irmãos completos, com 500 indivíduos, foram simuladas, tendo-se considerado, genotipicamente, 1.000 locos marcadores - 100 ligados a QTL. Os efeitos de QTL apresentaram distribuição uniforme ou exponencial. Na validação 1, uma amostra com 100 indivíduos constituiu a população de validação; na validação 2, aplicou-se a validação cruzada, com amostra de 100 indivíduos em cinco repetições; e na 3, uma segunda geração constituiu a população de validação. As metodologias de análise utilizadas foram RR-Blup e Blasso, com modelos mistos para correção dos fenótipos. Sem correção fenotípica, a distribuição exponencial proporcionou maiores acurácias, e o método Blasso foi mais acurado com essa distribuição; enquanto o RRBlup foi mais acurado com a distribuição uniforme. Nesse cenário sem correção, as validações 1 e 3 foram mais acuradas. Com correção, as distribuições exponencial e uniforme produziram acurácias similares, e o método Blasso mostrou-se mais acurado para ambas. Nesse cenário, as validações 1 e 2 foram mais acuradas. No geral, o método RR-Blup foi mais acurado, e o Blasso menos viciado.