Análise de região codificadora de rRNA de Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20: Filogenia e presença de seqüência de inserção putativa
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Data de Publicação: | 2003 |
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Resumo: | Phylogenetic analysis of Lactobacillus UFV H2b20 based on the 16S rDNA sequence positions this isolate among the Lactobacillus delbrueckii subspecies. It confirms the classification by DNA/DNA hybridization. Comparisons of the substituted bases along the 16S rDNA sequence show that most are probably caused by 5-methylcytosine deamination that results in GC/AT transition. Presence of polymorphic copies of the 16S rRNA gene in Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 were confirmed by PCR-DGGE. Five distinct bands of rDNA amplified sequences confirm at least five different copies of the gene. The intensity of one of the bands allows the inference of two identical copies. The DGGE profile of this isolate was different from those of other L. delbrueckii strains, providing a mean to distinguish it in mixed cultures. Analysis of the nucleotide sequences along the rDNA region revealed the presence of putative insertion sequences. One of them, 915 bp long, was characterized and denominated ISLdH2b20. It presents a single ORF that encodes a putative transposase with some homology to the one of ISL5 of L. delbrueckii subsp. bulgaricus. All the characteristic elements of an IS were located as well as the putative regulatory sequences of the transposase. |
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Dissertação (Mestrado em Associações micorrízicas; Bactérias láticas e probióticos; Biologia molecular de fungos de interesse) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2003.http://locus.ufv.br/handle/123456789/5295Phylogenetic analysis of Lactobacillus UFV H2b20 based on the 16S rDNA sequence positions this isolate among the Lactobacillus delbrueckii subspecies. It confirms the classification by DNA/DNA hybridization. Comparisons of the substituted bases along the 16S rDNA sequence show that most are probably caused by 5-methylcytosine deamination that results in GC/AT transition. Presence of polymorphic copies of the 16S rRNA gene in Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 were confirmed by PCR-DGGE. Five distinct bands of rDNA amplified sequences confirm at least five different copies of the gene. The intensity of one of the bands allows the inference of two identical copies. The DGGE profile of this isolate was different from those of other L. delbrueckii strains, providing a mean to distinguish it in mixed cultures. Analysis of the nucleotide sequences along the rDNA region revealed the presence of putative insertion sequences. One of them, 915 bp long, was characterized and denominated ISLdH2b20. It presents a single ORF that encodes a putative transposase with some homology to the one of ISL5 of L. delbrueckii subsp. bulgaricus. All the characteristic elements of an IS were located as well as the putative regulatory sequences of the transposase.O estudo de filogenia baseado em seqüências de rDNA de Lactobacillus UFV H2b20 mostrou que esse microrganismo foi agrupado entre as subespécies de Lactobacillus delbrueckii. Este resultado confirma a nova classificação do isolado, baseada na hibridização DNA-DNA. A análise das substituições de bases mostra que a maioria é causada pela desaminação da 5-metilcitosina, o que causa uma transição GC/AT. A técnica PCR-DGGE de L. delbrueckii UFV H2b20 demonstrou resultados satisfatórios na análise de polimorfismos do operon rrn em microrganismos isolados. Foram encontradas cinco bandas diferentes para o L. delbrueckii UFV H2b20, confirmando a presença de cinco cópias distintas do rDNA 16S nesse microrganismo e possivelmente seis no total. O isolado L. delbrueckii UFV H2b20 apresentou um perfil de bandas diferente das outras linhagens de Lactobacillus, o que poderá ser utilizado para diferenciá-lo dos demais, uma vez que outros métodos baseados em PCR, como RAPD, mostram-se pouco discriminatórios. A análise das seqüências da região do rDNA 16S revelou uma seqüência de inserção putativa, de 915 pb, que foi caracterizada e denominada ISLdH2b20. Ela apresenta uma única ORF e codifica uma transposase putativa que apresenta homologia com a transposase de ISL5. Todos os elementos característicos de uma IS foram identificados bem como as seqüências regulatórias putativas da transposase.Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Geraisapplication/pdfporUniversidade Federal de ViçosaMestrado em Microbiologia AgrícolaUFVBRAssociações micorrízicas; Bactérias láticas e probióticos; Biologia molecular de fungos de interesseLactobacillus delbrueckii UFV H2b20IdentificaçãoTaxonomiaAnálise filogenéticarDNA 16SSeqüência de inserção putativaAnálise em gel de gradiente de desnaturação (DGGE)Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20IdentificationTaxonomyPhylogenetic analysisrDNA 16SPutative Insertion SequencePCR-DGGECNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOSSANIDADE::MICROBIOLOGIA AGRICOLAAnálise de região codificadora de rRNA de Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20: Filogenia e presença de seqüência de inserção putativaAnalysis of Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20: Phylogeny and Presence of a Putative Insertion Sequenceinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtexto completo.pdfapplication/pdf248917https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5295/1/texto%20completo.pdf84bc05c660ca867229222e12c0fa08ecMD51TEXTtexto completo.pdf.txttexto completo.pdf.txtExtracted texttext/plain96820https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5295/2/texto%20completo.pdf.txt6b84566d4b490c9cf34ca970f067ac5eMD52THUMBNAILtexto completo.pdf.jpgtexto completo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg3598https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/5295/3/texto%20completo.pdf.jpg0dfdf4074c67dfd608687530e208b83eMD53123456789/52952016-04-10 23:17:13.261oai:locus.ufv.br:123456789/5295Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452016-04-11T02:17:13LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false |
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Análise de região codificadora de rRNA de Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20: Filogenia e presença de seqüência de inserção putativa Floresta, Fernanda Arruda Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 Identificação Taxonomia Análise filogenética rDNA 16S Seqüência de inserção putativa Análise em gel de gradiente de desnaturação (DGGE) Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 Identification Taxonomy Phylogenetic analysis rDNA 16S Putative Insertion Sequence PCR-DGGE CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOSSANIDADE::MICROBIOLOGIA AGRICOLA |
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Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 Identificação Taxonomia Análise filogenética rDNA 16S Seqüência de inserção putativa Análise em gel de gradiente de desnaturação (DGGE) Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 Identification Taxonomy Phylogenetic analysis rDNA 16S Putative Insertion Sequence PCR-DGGE CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOSSANIDADE::MICROBIOLOGIA AGRICOLA |
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