Efficiency of quantitative trait loci mapping under genotype x environment interaction

• Autor(a) principal: David, Grace Sunshine
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: eng
• Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
• Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/31517; https://doi.org/10.47328/ufvbbt.2022.797
• topic: Marcadores genéticos; Mapeamento cromossômico; Interação genótipo-ambiente; Genética Quantitativa

O mapeamento de loci de traços quantitativos (QTL) usando simulação oferece uma oportunidade para realmente determinar o número e as posições dos QTLs, o que não pode ser feito usando dados de campo. Este estudo foi realizado para avaliar a eficiência do mapeamento quantitativo de locos de caracteres sob interação genótipo por ambiente. Nesta investigação, simulamos 50 amostras de 300 linhagens endogâmicas recombinantes (RILs) que foram genotipadas para 1000 polimorfismo de nucleotídeo único (SNPs) e fenotipadas para rendimento de grãos em seis ambientes. Um total de seis e 190 QTL de efeitos maiores e menores (19 em cada cromossomo), respectivamente, foram distribuídos aleatoriamente nas regiões cobertas pelos SNPs ao longo de dez cromossomos. O comprimento do cromossomo foi de 200 cM e a densidade média foi de 2 cM. O grau médio de dominância foi de 0,6. Havia basicamente dois cenários para comparação nesta investigação. A primeira (com efeito genótipo x ambiente) e a segunda (sem efeito genótipo x ambiente). As herdabilidades de QTL variaram de 2,1 a 14% e a herdabilidade de características entre os ambientes estava dentro da faixa de 23 a 85%. Os resultados entre ambientes para o primeiro cenário mostraram que o poder de detecção de QTL foi de 82%, enquanto o viés e a taxa de falsos positivos (FPR) foram de 2,1 cM e 4,5%, respectivamente. No segundo cenário, o poder de detecção foi de 86%, enquanto o viés e o FPR foram de 2,2 cM e 4,4%, respectivamente. Na análise conjunta do mapeamento de QTL, o poder de detecção aumentou com maior herdabilidade de QTL e houve um controle efetivo da taxa de falsos positivos nos dois cenários. Esses resultados retratam dados de campo reais e mostram a eficácia do mapeamento de QTLs sobre o ambiente e seu papel na expressão de caracteres quantitativos. Palavras-chave: Poder de detecção de QTL, taxa de falsos positivos, precisão de mapeamento, interação genótipo por ambiente.