Mapeamento de QTL em famílias de irmãos completos por meio de modelos aleatórios
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Data de Publicação: | 2004 |
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Título da fonte: | LOCUS Repositório Institucional da UFV |
Texto Completo: | http://dx.doi.org/10.1590/S0102-09352004000200014 http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/25608 |
Resumo: | Foi realizado um estudo por meio de simulação para avaliar a eficiência e o poder dos modelos aleatórios na estimação da localização e dos componentes de variância relativos a dois QTLs presentes no mesmo cromossomo, posicionados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes ou não. Admitiram-se diferentes tamanhos e números de famílias de irmãos completos e variâncias dos QTLs, em característica com herdabilidade igual a 0,25. A estimação dos parâmetros foi obtida por meio do método da máxima verossimilhança, baseado no quadrado da diferença de pares de irmãos, sob mapeamento por intervalo. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir da proporção IBD de dois marcadores flanqueadores. Os fatores que mais influenciaram as estimativas dos parâmetros foram a proporção da variância atribuída aos QTLs e o número e o tamanho das famílias. Com número suficiente de famílias e de indivíduos nas famílias e altas proporções de variância genética, o modelo aleatório pode detectar QTLs com alto poder, apresentando estimativas das posições com boa acurácia. |
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Silva, M. V. G. BMartinez, M. L.Torres, R. A.Lopes, P. S.Euclydes, R. F.Machado, M. A.Arbex, W.2019-05-29T14:00:53Z2019-05-29T14:00:53Z2004-041678-4162http://dx.doi.org/10.1590/S0102-09352004000200014http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/25608Foi realizado um estudo por meio de simulação para avaliar a eficiência e o poder dos modelos aleatórios na estimação da localização e dos componentes de variância relativos a dois QTLs presentes no mesmo cromossomo, posicionados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes ou não. Admitiram-se diferentes tamanhos e números de famílias de irmãos completos e variâncias dos QTLs, em característica com herdabilidade igual a 0,25. A estimação dos parâmetros foi obtida por meio do método da máxima verossimilhança, baseado no quadrado da diferença de pares de irmãos, sob mapeamento por intervalo. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir da proporção IBD de dois marcadores flanqueadores. Os fatores que mais influenciaram as estimativas dos parâmetros foram a proporção da variância atribuída aos QTLs e o número e o tamanho das famílias. Com número suficiente de famílias e de indivíduos nas famílias e altas proporções de variância genética, o modelo aleatório pode detectar QTLs com alto poder, apresentando estimativas das posições com boa acurácia.A study was carried out by simulation to evaluate the efficiency and robustness of the random model approach for estimation of the QTL location and variance components in an outbred population with full-sib family structure. Two QTL were positioned in the chromosome in the same interval, in adjacent and at no adjacent intervals. The population was created with different sizes and numbers of families and variances due to QTL in a trait with h2 = 0.25. The estimations of QTL parameters (locations and variance components) were based on the sib-pair approach. The proportions of genes identical-by-descent (IBD) at the two QTL were estimated from the IBD at two flanking markers. The most important factors afeccting the estimates of QTL parameters and power of detection were the proportion of variance due to QTL, and the number and size of the full-sibs families. Given a sufficient number of families and high proportions of genetic variance due to QTL, the random model approach can detect a QTL with high power and provides accurate estimates of the QTL position if there are no two QTL in the same interval.porArquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecniav. 56, n. 2, p. 232-241, abr. 2004Mapeamento por intervaloMarcador genéticoMétodo dos pares de irmãosModelo aleatórioQTLGenetic markerInterval mappingRandom modelSib-pair methodMapeamento de QTL em famílias de irmãos completos por meio de modelos aleatóriosinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALartigo.pdfartigo.pdfartigoapplication/pdf233419https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/25608/1/artigo.pdf1019220f0623c1f43e5ad64cbce7b94cMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/25608/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52123456789/256082019-05-29 11:02:27.334oai:locus.ufv.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452019-05-29T14:02:27LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false |
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Foi realizado um estudo por meio de simulação para avaliar a eficiência e o poder dos modelos aleatórios na estimação da localização e dos componentes de variância relativos a dois QTLs presentes no mesmo cromossomo, posicionados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes ou não. Admitiram-se diferentes tamanhos e números de famílias de irmãos completos e variâncias dos QTLs, em característica com herdabilidade igual a 0,25. A estimação dos parâmetros foi obtida por meio do método da máxima verossimilhança, baseado no quadrado da diferença de pares de irmãos, sob mapeamento por intervalo. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir da proporção IBD de dois marcadores flanqueadores. Os fatores que mais influenciaram as estimativas dos parâmetros foram a proporção da variância atribuída aos QTLs e o número e o tamanho das famílias. Com número suficiente de famílias e de indivíduos nas famílias e altas proporções de variância genética, o modelo aleatório pode detectar QTLs com alto poder, apresentando estimativas das posições com boa acurácia. |
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