CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Pérez Baranda, Hector
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
Texto Completo: https://locus.ufv.br//handle/123456789/30981
Resumo: Modelos dinâmicos de redes de reguladoras de genes (GRNs) vem sendo utilizados na descrição de fenômenos e processos biológicos complexos, como diferenciação celular e evolução de doenças como o câncer. No entanto, a caracterização topoló- gica e funcional de GRNs reais ainda é muitas vezes parcial. Além disso, o espaço de solução gerado por uma GRN com n vértices (ou genes) é 2 n , onde a busca exaustiva pode não ser viável. O objetivo deste trabalho é aplicar a computação de alto desempenho para explorar o máximo possível do espaço de busca. A característica distintiva deste trabalho em comparação com os esforços anteriores é que ele fornece suporte para modelar o comportamento dinâmico de subsistemas biológicos bem definidos usando várias estratégias de simulação: iterações síncronas ou modelagem híbrida, além de melhorar os tempos de execução, usando as representações booleanas e com lógica limiar das redes reguladores. As ferramentas desenvolvidas também foram incluídas como extensões da ferramenta Cytospace que é uma referência na modelagem de redes e grafos com redes complexas na área de Bioinformática. Palavras-chave: Redes reguladoras de genes. Computação alto desempenho. Cytoscape.
id UFV_b28ee8c5ff527e84edcfb8669e7b2b17
oai_identifier_str oai:locus.ufv.br:123456789/30981
network_acronym_str UFV
network_name_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
repository_id_str 2145
spelling Pérez Baranda, Hectorhttp://lattes.cnpq.br/4275832051411982Ferreira, Ricardo dos Santos2023-05-30T16:57:29Z2023-05-30T16:57:29Z2020-02-19PÉREZ BARANDA, Hector. CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar. 2020. 75 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2020.https://locus.ufv.br//handle/123456789/30981Modelos dinâmicos de redes de reguladoras de genes (GRNs) vem sendo utilizados na descrição de fenômenos e processos biológicos complexos, como diferenciação celular e evolução de doenças como o câncer. No entanto, a caracterização topoló- gica e funcional de GRNs reais ainda é muitas vezes parcial. Além disso, o espaço de solução gerado por uma GRN com n vértices (ou genes) é 2 n , onde a busca exaustiva pode não ser viável. O objetivo deste trabalho é aplicar a computação de alto desempenho para explorar o máximo possível do espaço de busca. A característica distintiva deste trabalho em comparação com os esforços anteriores é que ele fornece suporte para modelar o comportamento dinâmico de subsistemas biológicos bem definidos usando várias estratégias de simulação: iterações síncronas ou modelagem híbrida, além de melhorar os tempos de execução, usando as representações booleanas e com lógica limiar das redes reguladores. As ferramentas desenvolvidas também foram incluídas como extensões da ferramenta Cytospace que é uma referência na modelagem de redes e grafos com redes complexas na área de Bioinformática. Palavras-chave: Redes reguladoras de genes. Computação alto desempenho. Cytoscape.Dynamical models of genetic regulatory networks are effective in describing complex biological processes and phenomena such as cell differentiation and cancer develop- ment. However, the topological and functional characterization of real GRNs is still often partial and exhaustive searching may not be available.The purpose of this work is to apply high-performance computing to expand search space while mini- mizing time. The distinctive feature of this work compared to previous efforts it’s that provides support for modeling the dynamic behavior of well-defined biological subsystems using various simulation strategies like synchronous iterations or hybrid modeling, as well as improving execution times using a threshold representation of the networks using boolean and threshold representation.The tools developed were also included like plugins to the Cytoscape tool, which is a reference in modeling networks and graphs with complex structure in the area of Bioinformatics. Keywords: Genetic regulatory networks. High-performance computing. CytoscapeFORTISporUniversidade Federal de ViçosaCiência da ComputaçãoRedes regulatórias de genesMultiprocessamentoCiência da ComputaçãoCyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiarCyTLFGraph: a cytoscape application for genetic network analysisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisUniversidade Federal de ViçosaDepartamento de InformáticaMestre em Ciência da ComputaçãoViçosa - MG2020-02-19Mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALtexto completo.pdftexto completo.pdftexto completoapplication/pdf1731650https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/30981/1/texto%20completo.pdfe676ade28d24f9124b12dd020182fd22MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/30981/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52123456789/309812023-05-30 13:57:30.257oai:locus.ufv.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452023-05-30T16:57:30LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false
dc.title.pt-BR.fl_str_mv CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
dc.title.en.fl_str_mv CyTLFGraph: a cytoscape application for genetic network analysis
title CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
spellingShingle CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
Pérez Baranda, Hector
Redes regulatórias de genes
Multiprocessamento
Ciência da Computação
title_short CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
title_full CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
title_fullStr CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
title_full_unstemmed CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
title_sort CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
author Pérez Baranda, Hector
author_facet Pérez Baranda, Hector
author_role author
dc.contributor.authorLattes.pt-BR.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/4275832051411982
dc.contributor.author.fl_str_mv Pérez Baranda, Hector
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Ferreira, Ricardo dos Santos
contributor_str_mv Ferreira, Ricardo dos Santos
dc.subject.pt-BR.fl_str_mv Redes regulatórias de genes
Multiprocessamento
topic Redes regulatórias de genes
Multiprocessamento
Ciência da Computação
dc.subject.cnpq.fl_str_mv Ciência da Computação
description Modelos dinâmicos de redes de reguladoras de genes (GRNs) vem sendo utilizados na descrição de fenômenos e processos biológicos complexos, como diferenciação celular e evolução de doenças como o câncer. No entanto, a caracterização topoló- gica e funcional de GRNs reais ainda é muitas vezes parcial. Além disso, o espaço de solução gerado por uma GRN com n vértices (ou genes) é 2 n , onde a busca exaustiva pode não ser viável. O objetivo deste trabalho é aplicar a computação de alto desempenho para explorar o máximo possível do espaço de busca. A característica distintiva deste trabalho em comparação com os esforços anteriores é que ele fornece suporte para modelar o comportamento dinâmico de subsistemas biológicos bem definidos usando várias estratégias de simulação: iterações síncronas ou modelagem híbrida, além de melhorar os tempos de execução, usando as representações booleanas e com lógica limiar das redes reguladores. As ferramentas desenvolvidas também foram incluídas como extensões da ferramenta Cytospace que é uma referência na modelagem de redes e grafos com redes complexas na área de Bioinformática. Palavras-chave: Redes reguladoras de genes. Computação alto desempenho. Cytoscape.
publishDate 2020
dc.date.issued.fl_str_mv 2020-02-19
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2023-05-30T16:57:29Z
dc.date.available.fl_str_mv 2023-05-30T16:57:29Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv PÉREZ BARANDA, Hector. CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar. 2020. 75 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2020.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://locus.ufv.br//handle/123456789/30981
identifier_str_mv PÉREZ BARANDA, Hector. CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar. 2020. 75 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2020.
url https://locus.ufv.br//handle/123456789/30981
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
dc.publisher.program.fl_str_mv Ciência da Computação
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Viçosa
dc.source.none.fl_str_mv reponame:LOCUS Repositório Institucional da UFV
instname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron:UFV
instname_str Universidade Federal de Viçosa (UFV)
instacron_str UFV
institution UFV
reponame_str LOCUS Repositório Institucional da UFV
collection LOCUS Repositório Institucional da UFV
bitstream.url.fl_str_mv https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/30981/1/texto%20completo.pdf
https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/30981/2/license.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv e676ade28d24f9124b12dd020182fd22
8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)
repository.mail.fl_str_mv fabiojreis@ufv.br
_version_ 1801213028436279296

Registros relacionados