QTLs identification for characteristics of the root system in upland rice through DNA microarray

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Rodrigues, Haroldo Silva
Data de Publicação: 2016
Outros Autores: Terra, Thiago Gledson Rios, Rangel, Paulo Hideo Nakano, Tomaz, Rafael Simões, Cruz, Cosme Damião, Borém, Aluízio
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: LOCUS Repositório Institucional da UFV
Texto Completo: http://dx.doi.org/10.4025/actasciagron.v38i4.30534
http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/18159
Resumo: Este trabalho objetivou a construção de um mapa genético e identificação de locos de características quantitativas (QTLs) que controlam características do sistema radicular do arroz. Foi avaliada uma população F 2:3 composta de 150 famílias a partir do cruzamento entre as variedades IAC 165 x BRS Primavera. A genotipagem foi realizada na população F 2 utilizando 3.742 marcadores SNP (Polimorfismo de um Único Nucleótido). A avaliação do sistema radicular nas populações F 3 foi realizada através de fenotipagem em larga escala baseada na geração de imagem com scanner raiz CI-600 e na quantificação através do software WinRhizo®. Foi realizado experimento em delineando blocos casualizados, em casa de vegetação com três repetições. Foram consideradas as variáveis comprimento, área de contato da raiz e volume nas profundidades de 5 a 25 cm e 25 a 45 cm. A análise dos marcadores SNP permitiu a construção de um mapa genético com comprimento total de 1424 cM. O grupo de ligação com maior área de cobertura foi o número 3 com 270 cM (100 SNPs), seguido pelo grupo de ligação 1, com 249 cM (170 SNP), e 2 com 163 cM (99 SNP). A análise genética permitiu a detecção de QTL para todas as características estudadas.
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Foi realizado experimento em delineando blocos casualizados, em casa de vegetação com três repetições. Foram consideradas as variáveis comprimento, área de contato da raiz e volume nas profundidades de 5 a 25 cm e 25 a 45 cm. A análise dos marcadores SNP permitiu a construção de um mapa genético com comprimento total de 1424 cM. O grupo de ligação com maior área de cobertura foi o número 3 com 270 cM (100 SNPs), seguido pelo grupo de ligação 1, com 249 cM (170 SNP), e 2 com 163 cM (99 SNP). A análise genética permitiu a detecção de QTL para todas as características estudadas.The aim of this work is the construction of a genetic map and identification of quantitative trait loci (QTLs) that control characteristics of the root system of rice. We evaluated a F 2:3 population composed of 150 families from the cross between the varieties IAC 165 × BRS Primavera. Genotyping was performed in the F 2 population using 3,742 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers. The evaluation of the root system in the F 3 population was performed through a large-scale phenotyping method based on image generation with a CI-600 root scanner and on quantification through the WinRhizo ® software. The experiment was arranged in a randomized block design with three replications performed under greenhouse. The variables analyzed were root length, root surface area and root volume at the depths of 5 to 25 cm and 25 to 45 cm. The SNP markers analysis allowed the construction of the genetic map with a full length of 1424 cM. The linkage group with the largest coverage area was number 3 with 270 cM (100 SNPs), followed by linkage group 1 with 249 cM (170 SNPs) and linkage group 2 with 163 cM (99 SNPs). The genetic analysis allowed the detection of QTLs for all the characteristics.engActa Scientiarum. Agronomyv. 38, n. 4, p. 457-466, Outubro-Dezembro 2016GenomicOryza sativa L.DNA chipQTL mappingAbiotic stressQTLs identification for characteristics of the root system in upland rice through DNA microarrayinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:LOCUS Repositório Institucional da UFVinstname:Universidade Federal de Viçosa (UFV)instacron:UFVORIGINALartigo.pdfartigo.pdftexto completoapplication/pdf1606617https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/18159/1/artigo.pdfad32c9fc888d7b29ce0908d48114c45eMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/18159/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52THUMBNAILartigo.pdf.jpgartigo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg2271https://locus.ufv.br//bitstream/123456789/18159/3/artigo.pdf.jpgb249810977166a02b02ccab79ce21701MD53123456789/181592018-03-09 23:00:50.348oai:locus.ufv.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.locus.ufv.br/oai/requestfabiojreis@ufv.bropendoar:21452018-03-10T02:00:50LOCUS Repositório Institucional da UFV - Universidade Federal de Viçosa (UFV)false
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