Diversidade de vírus de ssDNA e alfasatélites em solanáceas e caracterização molecular de três novas espécies de Begomovirus em tomateiro

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Guimarães, Giovana Curcio
Data de Publicação: 2023
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio2.unb.br/jspui/handle/10482/49144
Resumo: Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2023.
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spelling Diversidade de vírus de ssDNA e alfasatélites em solanáceas e caracterização molecular de três novas espécies de Begomovirus em tomateiroTomate - doenças e pragasVírus de plantasDissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2023.A família Solanaceae é uma família botânica diversificada que abrange várias espécies de plantas angiospermas. O tomateiro (Solanum lycopersicum L.) é uma das hortaliças mais importantes tanto economicamente quanto socialmente para o Brasil. Os níveis de produtividade dessa cultura sofrem oscilações recorrentes devido a diversos fatores, dentre eles se destacam as doenças tais como as begomoviroses (causadas por um complexo de espécies de begomovírus). Esses patógenos possuem uma ou duas moléculas de DNA circular de fita simples (apresentando os componentes DNA–A e DNA–B) predominam em tomateiro no Novo Mundo, sendo transmitidos por diferentes espécies crípticas do complexo Bemisia tabaci. O advento da tecnologia de High Throughput Sequencing (HTS) tem proporcionado a descoberta de novas espécies virais associadas com o cultivo do tomateiro. Neste contexto, o presente trabalho tem como um dos objetivos estudar a diversidade viral no tomateiro e plantas daninhas da família Solanaceae. Para isto, no capítulo dois, cento e vinte e nove (129) amostras foliares de tomateiro e plantas daninhas exibindo sintomas típicos de begomovírus (clorose apical, mosaico dourado e pontuações cloróticas) foram coletadas nas regiões Norte (15), Nordeste (43), Sul (11), Centro Oeste (45), Sudeste (18). As coletas foram realizadas no período de 2003 a 2022, sendo analisadas amostras foliares varios representantes da familia Solanaceae. O DNA total extraído foi usado como molde para amplificação por círculo rolante (RCA). Para confirmação da presença de begomovírus por meio de ensaios de PCR usando primers degenerados para o DNA–A (PAR1c496 e PAL1v1978) e para o DNA–B (PBL e CRC). Após esta etapa, RCA das 129 amostras foram empregadas para formar um pool e sequenciadas em uma plataforma Ilumina NovaSeq 6000. Foram obtidos 41.659 contigs sendo que 172 deles exibiram após análises com RefSeqViral identidades com begomovírus (168), topilevírus (1) gemycircularvírus (1) e dois alfasatélites. Dezesseis dos 168 contigs de begomovírus apresentaram identidade nucleotídica abaixo de 91%, sendo consistentes com o critério taxonômico atual de definição de novas espécies dentro do gênero Begomovirus. No capítulo três, outros três contigs (C16, C21 e C230) mostraram uma organização genômica típica de begomovírus bipartidos e foram considerados potenciais novas espécies dentro do gênero Begomovirus. A partir da utilização de HTS foi possível observar a presença de altos níveis de variabilidade genética e de diversidade de begomovírus em membros da família Solanaceae, indicando um relevante papel como reservatórios virais. Ações de pesquisa estão sendo conduzidas visando a produção de clones infecciosos para desvendar gama de hospedeiras bem como fontes de resistência contra esses novos vírus.The Solanaceae family is a diverse botanical family that encompasses several species of angiosperm plants. The tomato (Solanum lycopersicum L.) is one of the most important vegetables both economically and socially in Brazil. The productivity levels of this crop suffer recurrent fluctuations due to several factors, among which diseases such as begomoviruses (caused by a complex of begomovirus species) stand out. These pathogens have one or two single-stranded circular DNA molecules (presenting the components DNA–A and DNA–B) and predominate in tomato plants in the New World, being transmitted by different cryptic species of the Bemisia tabaci complex. The advent of High Throughput Sequencing (HTS) technology has led to the discovery of new viral species associated with tomato cultivation. In this context, the objective of this work is to study viral diversity in tomato and weeds from the Solanaceae family. For this, in chapter two, one hundred and twenty-nine (129) leaf samples from tomato and weed plants exhibiting typical begomovirus symptoms (apical chlorosis, golden mosaic and chlorotic spots) were collected in the North (15), Northeast (43), South (11) Midwest (45), Southeast (18) regions. Collections were carried out from 2003 to 2022, with leaf samples being analyzed from various representatives of the Solanaceae family. The extracted total DNA was used as template for rolling circle amplification (RCA). To confirm the presence of begomoviruses through PCR assays using degenerate primers for DNA–A (PAR1c496 and PAL1v1978) and for DNA–B (PBL and CRC). After this step, RCA of the 129 samples were used to form a pool and sequenced on an Ilumina NovaSeq 6000 platform. 41,659 contigs were obtained, 172 of which showed, after analysis with RefSeqViral, identities with begomovirus (168), topilevirus (1) and gemycircularvirus (1) and two alphasatellites. Sixteen of the 168 begomovirus contigs showed nucleotide identity below 91%, being consistent with the current taxonomic criteria for defining new species within the genus Begomovirus. In chater 3 another three contigs (C16, C21 and C230) showed a genomic organization typical of bipartite begomoviruses and were considered potential new species within the Begomovirus genus. Using HTS, it was possible to observe the presence of high levels of genetic variability and diversity of begomoviruses in members of the Solanaceae family, indicating an important role as viral reservoirs. Research actions are being conducted aimed at producing infectious clones to uncover the range of hosts as well as sources of resistance against these new viruses.Instituto de Ciências Biológicas (IB)Departamento de Fitopatologia (IB FIT)Programa de Pós-Graduação em FitopatologiaCarvalho, Rita de Cássia PereiraGuimarães, Giovana Curcio2024-07-24T11:50:37Z2024-07-24T11:50:37Z2024-07-242023-12-19info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfGUIMARÃES, Giovana Curcio. Diversidade de vírus de ssDNA e alfasatélites em solanáceas e caracterização molecular de três novas espécies de Begomovirus em tomateiro. 2023. 106 f., il. Dissertação (Mestrado em Fitopatologia) — Universidade de Brasília, Brasília, 2023.http://repositorio2.unb.br/jspui/handle/10482/49144porA concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2024-07-24T11:50:37Zoai:repositorio.unb.br:10482/49144Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2024-07-24T11:50:37Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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