Primeiro relato e caracterização molecular do carlavírus potato virus P em tomateiro

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Neves, Paula Rodrigues
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio2.unb.br/jspui/handle/10482/46813
Resumo: Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia,, 2022.
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spelling Neves, Paula RodriguesNagata, Alice Kazuko Inoue2023-11-03T21:34:29Z2023-11-03T21:34:29Z2023-11-032022-07-28NEVES, Paula Rodrigues. Primeiro relato e caracterização molecular do carlavírus potato virus P em tomateiro. 2022. 42 f., il. Dissertação (Mestrado em Fitopatologia) — Universidade de Brasília, Brasília, 2022.http://repositorio2.unb.br/jspui/handle/10482/46813Dissertação (mestrado) — Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia,, 2022.As perdas causadas por doenças impactam de forma considerável a cultura do tomateiro. Dentre elas, as doenças virais destacam-se pela dificuldade de controle, resultando em redução da produtividade e aumento do custo de produção. Nos últimos anos, com auxílio da técnica de sequenciamento de alta performance, incluindo o High Throughput Sequencing – HTS, vírus novos vêm sendo descritos, sendo que muitos deles podem potencializar as perdas em tomateiro. Esse estudo tem como objetivo a caracterização molecular de um carlavírus identificado a partir de sequenciamento HTS, utilizando a plataforma Illumina HiSeq2000. Amostras de tomateiro coletadas no Rio Grande do Sul no ano de 2014 foram avaliadas. Detectou-se, nessas amostras, um vírus ainda não relatado em tomateiro, além de dois outros vírus já conhecidos. Focou-se no estudo deste vírus distinto. Análises envolveram a avaliação da qualidade dos ‘reads’, a montagem da sequência genômica, a determinação da estrutura genômica e análise de recombinação e relacionamento filogenético com outros vírus. Foi confirmado que o vírus é classificado como membro da espécie Potato virus P, do gênero Carlavirus. Verificou-se que isolados de potato virus P (PVP) foram anteriormente descritos infectando a batateira no Brasil, Argentina e Rússia. O vírus detectado em tomateiro é mais semelhante ao isolado russo com 95,55 % de identidade de nucleotídeos do genoma. A organização genômica é típica de um carlavírus com 6 ORF’s, sendo a sequência determinada incompleta, faltando a extremidade terminal 5’ e 3’. Na análise filogenética, o PVP de tomateiro foi agrupado com os demais isolados de PVP de batateira. Não foi detectada evidência de eventos de recombinação no genoma do PVP de tomateiro. Este é o primeiro relato do PVP em infecção natural em tomateiro, sendo que estudos adicionais serão necessários para avaliar os potenciais danos que esse vírus pode causar ao tomateiro.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).Losses caused by diseases have a considerable impact on the tomato crop. Among them, viral diseases are particularly important due to the difficulty on their control, resulting in yield reduction and increased production cost. This study aims at the molecular characterization of a carlavirus identified by High Throughput Sequencing -HTS, using the Illumina HiSeq2000 platform. Tomato samples collected in Rio Grande do Sul state in 2014 were evaluated. A virus still unreported in tomato plants was detected in these samples, in addition to two other known viruses. The focus of this work was in this distinct virus. Analyzes involved the evaluation of the reads quality, assembling of the genomic sequence, determining the genomic structure, and analyzing the recombination and phylogenetic relationship with other viruses. It has been confirmed that the virus is classified as a member of the species Potato virus P, of the genus Carlavirus. Potato virus P (PVP) isolates were previously described infecting potato in Brazil, Argentina and Russia. The virus detected in tomato is more similar to the Russian isolate with 95.55 % genome nucleotide identity. The genomic organization is typical of a carlavirus with 6 ORF’s, and the determined sequence was incomplete, lacking the 5' and 3' terminal ends. In the phylogenetic analysis, tomato PVP was grouped with other potato PVP isolates. No evidence of recombination was detected in the tomato PVP isolate. This is the first report of PVP in natural infection in tomato plants, and further studies are needed to assess the potential damage that this virus causes to tomato plants.Instituto de Ciências Biológicas (IB)Departamento de Fitopatologia (IB FIT)Programa de Pós-Graduação em FitopatologiaporPrimeiro relato e caracterização molecular do carlavírus potato virus P em tomateiroinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisTomateiroTomate - doenças e pragasSolanum lycopersicumPotato virusinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNBORIGINAL2022_PaulaRodriguesNeves.pdf2022_PaulaRodriguesNeves.pdfapplication/pdf1120805http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/46813/1/2022_PaulaRodriguesNeves.pdfb72a58003c4473b6dc52b3d0dba4874bMD51open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain102http://repositorio2.unb.br/jspui/bitstream/10482/46813/2/license.txtaed4704d04bb260d4decd80db311aaa5MD52open access10482/468132023-11-03 18:35:35.209open accessoai:repositorio2.unb.br:10482/46813U3VibWlzc8OjbyBlZmV0aXZhZGEgZGUgYWNvcmRvIGNvbSBsaWNlbsOnYSBjb25jZWRpZGEgcGVsbyBhdXRvciBlL291IGRldGVudG9yIGRvcyBkaXJlaXRvcyBhdXRvcmFpcy4KBiblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestopendoar:2023-11-03T21:35:35Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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