Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Lessa, Felipe Almeida
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: http://repositorio.unb.br/handle/10482/11840
Resumo: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2012.
id UNB_ebcf9c6ea882aa8b94b1c4adb008db82
oai_identifier_str oai:repositorio.unb.br:10482/11840
network_acronym_str UNB
network_name_str Repositório Institucional da UnB
repository_id_str
spelling Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structuresIdentifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structuresBiologia computacional - ácido ribonucléicoInformática - biologia molecularDissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2012.RNAs não-codificadores (ncRNA) são macromoléculas biológicas que, apesar de não codificarem proteínas, realizam funções regulatórias importante nas células. A ferramenta Infernal é principal referência em buscas de ncRNAs por homologia, e o banco de dados Rfam um dos mais importantes repositórios de ncRNAs. Neste trabalho, mostramos que há clusters de famílias de ncRNAs estruturalmente bem similares no Rfam, adaptamos a ferramenta Infernal com novas distribuições a priori específicas a certos grupos de famílias de ncRNAs baseados nesses clusters e mostramos que essas prioris específicas a certos grupos podem tornar o Infernal mais sensível e específico. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACTNon-coding RNA (ncRNA) molecules do not code for proteins, but instead play an important regulatory role in cells. Infernal is the main tool for homology searches for ncRNAs, and Rfam is one of the main ncRNA databases. On this work, we show that there are clusters of structurally very similar ncRNA families on Rfam, adapt Infernal with new priors constructed especially for certain groups of ncRNA families (based on these clusters) and show that these group-specific priors may improve Infernal’s specificity and sensitivity.Walter, Maria Emília Machado TellesMartins Neto, Daniele da Silva BaratelaLessa, Felipe Almeida2012-12-20T12:24:35Z2012-12-20T12:24:35Z2012-12-202012-08-24info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfLESSA, Felipe Almeida. Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures. 2012. IX, 54, [33] f., il. Dissertação (Mestrado em Informática)—Universidade de Brasília, Brasília, 2012.http://repositorio.unb.br/handle/10482/11840info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2023-07-14T18:56:23Zoai:repositorio.unb.br:10482/11840Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2023-07-14T18:56:23Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
dc.title.none.fl_str_mv Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
title Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
spellingShingle Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
Lessa, Felipe Almeida
Biologia computacional - ácido ribonucléico
Informática - biologia molecular
title_short Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
title_full Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
title_fullStr Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
title_full_unstemmed Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
title_sort Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures
author Lessa, Felipe Almeida
author_facet Lessa, Felipe Almeida
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Walter, Maria Emília Machado Telles
Martins Neto, Daniele da Silva Baratela
dc.contributor.author.fl_str_mv Lessa, Felipe Almeida
dc.subject.por.fl_str_mv Biologia computacional - ácido ribonucléico
Informática - biologia molecular
topic Biologia computacional - ácido ribonucléico
Informática - biologia molecular
description Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2012.
publishDate 2012
dc.date.none.fl_str_mv 2012-12-20T12:24:35Z
2012-12-20T12:24:35Z
2012-12-20
2012-08-24
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv LESSA, Felipe Almeida. Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures. 2012. IX, 54, [33] f., il. Dissertação (Mestrado em Informática)—Universidade de Brasília, Brasília, 2012.
http://repositorio.unb.br/handle/10482/11840
identifier_str_mv LESSA, Felipe Almeida. Identificação de RNAs não-codificadores por modelos de covariância com prioris Dirichlet adaptadas a grupos de ncRNAs com estruturas secundárias similares = Identifying non-coding RNAs using covariance models with Dirichlet priors specific to groups of ncRNAs of similar secondary structures. 2012. IX, 54, [33] f., il. Dissertação (Mestrado em Informática)—Universidade de Brasília, Brasília, 2012.
url http://repositorio.unb.br/handle/10482/11840
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UnB
instname:Universidade de Brasília (UnB)
instacron:UNB
instname_str Universidade de Brasília (UnB)
instacron_str UNB
institution UNB
reponame_str Repositório Institucional da UnB
collection Repositório Institucional da UnB
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)
repository.mail.fl_str_mv repositorio@unb.br
_version_ 1814508333611089920