Caracterização polifásica e análise genômica de Xanthomonas citri, agente causal da mancha bacteriana da teca (Tectona grandis)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Monteiro, Vitória Laize Bastista
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UnB
Texto Completo: https://repositorio.unb.br/handle/10482/40384
Resumo: Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2020.
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Apesar da resistência natural, pragas e doenças podem afetar seu estabelecimento, crescimento e qualidade da madeira, como aquelas causadas por fungos, bactérias, nematoides e vírus. Nesse contexto, bactérias fitopatogênicas foram isoladas de mudas de teca de viveiro em Rosário Oeste, Mato Grosso - Brasil e Garça – São Paulo. O objetivo deste trabalho foi identificar o gênero das bactérias causadoras da mancha foliar em teca por primer específico e analisar a diversidade de 26 isolados de Xanthomonas de teca por meio do marcador BOX-PCR e identificar o agente causal por meio do sequenciamento do genoma, multilocus sequence analysis (MLSA) utilizando-se sete genes housekeeping: atpD, dnaK, efp, fyuA, glnA, gyrB e rpoD, average nucleotide identity (ANI), filogenômica com SNPs (single nucleotide polymorphism), repertório de efetores e identificação de genes de resistência ao cobre. O sequenciamento de dois genomas dos isolados de teca demonstrou não haver plasmídeos, genes TAL e regiões CRISPR. O tamanho corresponde ao esperado para o gênero Xanthomonas e conteúdo G+C: 64,6%. MLSA e ANI revelaram que os isolados de Xanthomonas de teca pertencem à espécie Xanthomonas citri e foram filogeneticamente próximas de bactérias isoladas de Phaseolus spp. A análise filogenômica também confirmou a espécie X. citri, porém os isolados foram geneticamente mais próximos de bactérias isoladas de Citrus spp. Os isolados de Xanthomonas de teca são descritos aqui como Xanthomonas citri pv. tectonae. A análise de sistemas de secreção e efetores revelou que X. citri pv. tectonae possui todos os sistemas de secreção encontrados em bactérias gram-negativas e possuem um repertório de 25 efetores. Além disso, os isolados não possuem genes de resistência ao cobre, indicando a possibilidade de utilizar compostos de cobre no controle de X. citri pv. tectonae.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).Tectona grandis or teak is a forest species, native to tropical forests in Asia, and belongs to the Lamiaceae family. It is appreciated by its high-quality timber, durability and resistance against pests and diseases. Its wood may be used for exterior construction, boats, ships, marine building, carving and furniture. There are over 90,000 hectares of teak planted in Brazil. Despite its natural resistance, pests and plant diseases may affect its establishment, growth and wood quality, as plant diseases caused by fungi, bacteria, nematodes and viruses. In this context, plant pathogenic bacteria were isolated from teak seedlings from nurseries in Rosário Oeste, Mato Grosso - Brasil and Garça – São Paulo. The aim of this work was to identify the species of bacteria causing leaf spot on teak by specific primer and to analyze diversity of 26 Xanthomonas strains through BOXPCR marker and to identify the causative agent through genome sequencing, phylogenetic analysis with multilocus sequence analysis (MLSA) using seven housekeeping genes: atpD, dnaK, efp, fyuA, glnA, gyrB e rpoD, average nucleotide identity (ANI) and SNPs (single nucleotide polymorphism) phylogenomic, effectors repertoire and identification of copper resistance genes. The sequencing genome from teak strains demonstrated there is no plasmids, TAL genes and CRISPR regions. Multilocus sequence analysis and average nucleotide identity have revealed Xanthomonas strains from teak belong to Xanthomonas citri species and are closely related to bacteria isolated from Phaseolus spp. The phylogenomic analysis also confirmed X. citri species, however strains were genetically closer from strains isolated from Citrus spp. Xanthomonas strains from teak are described here as Xanthomonas citri pv. tectonae. Secretion system analysis and effector analysis show X. citri pv. tectonae has all secretion systems found in gramnegative bacteria and a repertoire with 25 effectors. Moreover, strains from X. citri pv. tectonae do not have cop genes, copper resistance genes, becoming its control possible in greenhouses through copper-based compounds.Instituto de Ciências Biológicas (IB)Departamento de Fitopatologia (IB FIT)Programa de Pós-Graduação em FitopatologiaRossato, MaurícioMonteiro, Vitória Laize Bastista2021-03-29T15:24:08Z2021-03-29T15:24:08Z2021-03-292020-08-31info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfMONTEIRO, Vitória Laize Bastista. Caracterização polifásica e análise genômica de Xanthomonas citri, agente causal da mancha bacteriana da teca (Tectona grandis). 2020. vii, 104 f. il. Dissertação (Mestrado em Fitopatologia)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020.https://repositorio.unb.br/handle/10482/40384A concessão da licença deste item refere-se ao termo de autorização impresso assinado pelo autor com as seguintes condições: Na qualidade de titular dos direitos de autor da publicação, autorizo a Universidade de Brasília e o IBICT a disponibilizar por meio dos sites www.bce.unb.br, www.ibict.br, http://hercules.vtls.com/cgi-bin/ndltd/chameleon?lng=pt&skin=ndltd sem ressarcimento dos direitos autorais, de acordo com a Lei nº 9610/98, o texto integral da obra disponibilizada, conforme permissões assinaladas, para fins de leitura, impressão e/ou download, a título de divulgação da produção científica brasileira, a partir desta data.info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UnBinstname:Universidade de Brasília (UnB)instacron:UNB2024-02-29T13:37:31Zoai:repositorio.unb.br:10482/40384Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.unb.br/oai/requestrepositorio@unb.bropendoar:2024-02-29T13:37:31Repositório Institucional da UnB - Universidade de Brasília (UnB)false
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