Uma perspectiva dinâmica sobre os dados de ligação cruzada XL-MS

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Carvalho, Diego José Pimenta de, 1995-
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/3492
Resumo: Orientador: Leandro Martínez
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spelling Uma perspectiva dinâmica sobre os dados de ligação cruzada XL-MSA dynamic perspective on cross-linking data XL-MSCross-linkingDinâmica molecularProteínasCross-linkingMolecular dynamicsProteinsOrientador: Leandro MartínezDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de QuímicaResumo: Proteínas são compostos imprescindíveis para a manutenção e funcionamento de organismos vivos complexos. Espectrometria de massas é uma técnica muito versátil em proteômica e um experimento que, através dessa técnica, promove dados muito relevantes sobre a estrutura tridimensional de proteínas é o de ligação cruzada XL-MS. Este estudo teve como objetivo trazer uma nova visão sobre a interpretação dos dados do experimento de ligação cruzada associado a espectrometria de massas. A dinâmica molecular da proteína trouxe maior conhecimento sobre a abrangência dos resultados e das condições de solvatação que expomos a proteína no experimento. Os parâmetros de qualidade de espectros em função dos conjuntos de ligações que eles geram nos possibilitaram entender como melhor selecionar os cross-links para melhor aplicação e quais os parâmetros são mais relevantes para o conjunto de ligações. Por fim, acredito que o trabalho entrega o que propõe e mostra um novo jeito de interpretar os dados de ligação cruzada em espectrometria de massasAbstract: Proteins are indispensable compounds for the maintenance and functioning of complex living organisms. Mass spectrometry is a very versatile technique in proteomics and one experiment that, through this technique, promotes very relevant data on the three-dimensional structure of proteins is the XL-MS cross-linking experiment. This study aimed to bring a new vision on the interpretation of the data from the cross-linking experiment associated with mass spectrometry. The molecular dynamics of the protein brought greater insight into the scope of the results and the solvation conditions that we exposed the protein to in the experiment. The quality parameters of spectra as a function of the sets of crosslinks they generate allowed us to understand how best to select the crosslinks for best application and which parameters are most relevant to the set. Finally, I believe that the work delivers what it proposes and shows a new way to interpret cross-linking data in mass spectrometryMestradoFísico-QuímicaMestre em QuímicaCAPES88882.329147/2019-01CNPQ302332/2016-2FAPESP2018/24293-0, 2018/14274-9[s.n.]Martínez, Leandro, 1979-Skaf, Munir SalomãoCarvalho, Paulo CostaUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de QuímicaPrograma de Pós-Graduação em QuímicaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASCarvalho, Diego José Pimenta de, 1995-20222022-03-14T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (112 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/3492CARVALHO, Diego José Pimenta de. Uma perspectiva dinâmica sobre os dados de ligação cruzada XL-MS. 2022. 1 recurso online (112 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/3492. Acesso em: 15 mai. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1238709Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2022-04-11T10:46:27Zoai::1238709Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2022-04-11T10:46:27Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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