Verificação de proteínas da saliva candidatas a marcadores em CEC e sua correlação com o prognóstico

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: De Rossi, Tatiane, 1984-
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1639897
Resumo: Orientador: Adriana Franco Paes Leme
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Entretanto, esse sistema de classificação não é perfeito, principalmente porque tumores com morfologia e estágios similares apresentam diferentes comportamentos devido às características biológicas distintas. Com isso, existe a necessidade de descoberta de marcadores específicos para predizer o prognóstico, permitindo o aumento na sobrevida global desses pacientes. A descoberta de que na saliva encontram-se perfis moleculares indicadores de doenças sistêmicas favoreceu o desenvolvimento de uma nova perspectiva de diagnóstico não invasivo: o diagnóstico salivar baseando-se na proteômica. Desta maneira, a hipótese desse estudo foi que a quantificação relativa da abundância de proteínas alvos na saliva de pacientes com CEC oral pode ser correlacionada com o prognóstico. Para testar essa hipótese, 40 amostras de saliva de pacientes com CEC oral com ou sem metástase linfonodal foram randomizadas e analisadas em blocos, em triplicatas, por meio do método para monitoramento seletivo de reações (SRM, selected reaction monitoring). 64 proteínas de interesse foram selecionadas e os peptídeos proteotípicos sintetizados para serem utilizados como referências. Os arquivos brutos foram analisados no programa Skyline. Os resultados mostram que 33 proteínas são diferencialmente abundantes no grupo de pacientes com metástase linfonodal em comparação ao grupo sem metástase pelo teste de Wilcoxon Mann-Whitney com valor de p<0,05 corrigido pelo FDR. Cinco peptídeos de cinco proteínas foram selecionados por diferentes algoritmos de aprendizado de máquina para quantificação `absoluta¿ utilizando a proteômica baseada em alvos. Os dados obtidos neste trabalho possuem valor prognóstico e complementam o prognóstico e decisão clínica, permitindo a avaliação do perfil de risco do paciente com CEC oral e a orientação de estratégias terapêuticas de intervençãoAbstract: The most prevalent oral cancer worldwide is squamous cell carcinoma (OSCC), accounting for over 90% of all cases of oral cavity cancer. It is the sixth most common cancer in the worldwide, with 355,000 new cases a year. The most widely used prognostic factor is the clinical staging of disease, based on the classification of TNM, and the presence of lymph node metastasis is associated with poor prognosis. However, this classification system is not perfect, mainly because tumors with similar morphology and stages present different behaviors due to their distinct outcome. Thus, there is a need to find specific markers to predict the prognosis, allowing the increase in overall survival of these patients. The discovery that in saliva there are molecular profiles indicating systemic diseases favored the development of a new perspective of noninvasive diagnosis and prognosis. Thus, the hypothesis of this study was that the relative quantitation of the abundance of targeted proteins in the saliva of patients with OSCC can be correlated with the prognosis. To test this hypothesis, 40 saliva samples from patients with OSCC with or without lymph node metastasis were randomized and analyzed in blocks in triplicates using the selected reaction monitoring (SRM) method. 64 proteins of interest were selected and the proteotypic peptides synthesized for reference. Raw files were analyzed using the Skyline software and the results show that 33 proteins are differentially abundant in the lymph node metastasis group compared to the non-metastasis group by the Wilcoxon Mann-Whitney test corrected by FDR (p<0.05). Five peptides of five proteins were selected by different machine learning algorithms for 'absolute' quantitation using targeted-based proteomics. The data obtained in this study have prognostic value and complement the prognosis and clinical decision, allowing the assessment of the risk profile of patients with OSCC and guide therapeutic intervention strategiesDoutoradoBioquímicaDoutora em Biologia Funcional e MolecularFAPESP2015/12431-1CNPQ141952/205-6CAPES001[s.n.]Leme, Adriana Franco Paes, 1977-Marchi, Fabio AlbuquerqueCervigne, Nilva de KarlaPereira, André Zelanis PalitotBajgelman, Marcio ChaimUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Biologia Funcional e MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASDe Rossi, Tatiane, 1984-20192019-08-28T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (99 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1639897DE ROSSI, Tatiane. Verificação de proteínas da saliva candidatas a marcadores em CEC e sua correlação com o prognóstico. 2019. 1 recurso online (99 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1639897. 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