Modelagem molecular aplicada a estudos teóricos de sistemas biológicos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Spadeto, João Paulo Menezes, 1998-
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/3455
Resumo: Orientador: Rodrigo Antonio Cormanich
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spelling Modelagem molecular aplicada a estudos teóricos de sistemas biológicosStudies of biological systems using molecular modellingDinâmica molecularDockingMaláriaCanais de cálcio tipo LBloqueadores dos Canais de CálcioMolecular dynamicsDockingMalariaCalcium channels, L-TypeCalcium Channel BlockersOrientador: Rodrigo Antonio CormanichDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de QuímicaResumo: Esta dissertação foi dividida em 2 capítulos correspondentes às pesquisas desenvolvidas ao longo do programa de Mestrado, sendo: 1) Diidropiridinas fluoradas como candidatas a bloquear canais de Cálcio tipo L – estudou-se por cálculos teóricos as proteínas do Canal de Cálcio tipo L, responsável por causar doenças como Alzheimer, desordens cardiovasculares, hipertensão, arritmia, entre outras. Dentre os fármacos mais prescritos nos Estados Unidos, destacam-se a amlodipina e nifedipina. A proteína do Canal de Cálcio tipo-L humano foi construída utilizando o programa Prime, apresentando 69% de identidade sequencial com a proteína do Canal de Cálcio tipo-L de um coelho, sob código 5GJV no servidor Protein Data Bank. Foram propostas diidropiridinas modificadas, todos contendo em comum grupos funcionais trifuormetil, dos quais o ligante 14 apresentou menor XP Glidescore que a nifedipina, ainda assim a amlodipina permaneceu com a menor pontuação. Dos resultados de dinâmica molecular e MM/PBSA, os ligantes 8, 15 e 16 apresentaram maior estabilidade em relação a nifedipina e amlodipina, o que os torna possíveis candidatos a fármacos. 2) Sulfatos de Condroitina modificados capazes de interagir com a DBL3x: Revisitando o trabalho Planejamento por docagem e dinâmica molecular de potenciais fármacos a DBL3: uma proposta para o tratamento da malária – Este projeto de pesquisa provém do meu trabalho de conclusão de curso feito em 2019, o qual foi necessário refazer todos os resultados para que fosse publicado na revista Jornal of Biomolecular Structure and Dynamics. Na África subsaariana, os casos de Malária acometem, em média, 24 milhões de mulheres grávidas anualmente. A infecção pelo P. falciparum durante a gravidez é assintomática e muitas vezes pode causar morte fetal ou mesmo da portadora da doença. Estudou-se a proteína do Plasmodium falciparum (DBL3x), responsável por interagir com o sulfato de Condroitina das células eritrocitárias e causar entupimentos vasculares. A proteína DBL3x foi preparada utilizando o programa Protein Preparation da Schrodinger. Os resultados de docking demonstram que todas as propostas apresentaram uma interação mais intensa com a proteína em relação ao CSA, no entanto as simulações por Dinâmica Molecular constatam que apenas os ligantes CPB e CPC tendem a estabilizar o sistema num intervalo de tempo de 100 nsAbstract: This dissertation was divided into 2 chapters corresponding to the studies developed along with the Master’s degree program: 1) Fluorinated dihydropyridines as candidates to block L-type voltage-dependent Calcium Channels – it was studied the L-type Calcium Channel Protein, responsible for causing diseases such as Alzheimer, cardiovascular disorders, hypertension, arrhythmia, among other. Among the most prescribed drugs in the United States, one may highlight amlodipine and nifedipine. The human L-type Calcium Channel protein was constructed using the software Prime by Schrodinger, presenting 69% sequence identity with a rabbit’s L-type Calcium Channel protein, code 5GJV on Protein Data Bank. Modified dihydropyridines were proposed, all containing trifluoromethyl functional groups in common, in which the ligand 14 showed lower XP Glidescore than nifedipine, yet amlodipine remained with the lowest score. From the Molecular Dynamics and MM/PBSA results, ligands 8, 15 and 16 showed higher stability than nifedipine and amlodipine, making them possible candidates for drugs. 2) Modified chondroitin sulfates capable of interacting with DBL3x: Revisiting the work Docking and molecular Dynamics of potential drugs to DBL3: a proposal for the treatment of malaria - This research project comes from my work of completing a course done in 2019, which was necessary to redo all the results to be published in the Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. In Sub- Saharan Africa, Malaria cases affect, on average, 24 million pregnant women annually. The infection by P. falciparum during pregnancy is asymptomatic and can cause fetal death or of the disease host. The protein associated with Plasmodium falciparum infection in human erythrocyte (DBL3x) was studied, which is responsible for causing vascular clogging. Analogs of Chondroitin Sulfate A, B and C were proposed. DBL3x was prepared using the Protein Preparation Tool by Schrodinger. Docking results show that all proposals presented a more intense interaction with the protein than CSA. However, Molecular Dynamics simulations showed that only CPB and CPC ligands tend to stabilize the system in a time interval of 100 nsMestradoFísico-QuímicaMestre em QuímicaFAPESP2020/06536-3CNPQ131569/2020-1[s.n.]Cormanich, Rodrigo Antonio, 1986-Morgon, Nelson HenriqueOliveira, Osmair Vital deUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de QuímicaPrograma de Pós-Graduação em QuímicaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASSpadeto, João Paulo Menezes, 1998-20222022-03-03T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online (101 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/3455SPADETO, João Paulo Menezes. Modelagem molecular aplicada a estudos teóricos de sistemas biológicos. 2022. 1 recurso online (101 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/3455. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1238483Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2022-04-06T09:43:59Zoai::1238483Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2022-04-06T09:43:59Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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