Aplicação da técnica de sequenciamento de nova geração para identificar mutações patogênicas na disgenesia gonadal 46,XY

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Dos Santos, Ana Paula, 1986-
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638304
Resumo: Orientadores: Andréa Trevas Maciel Guerra, Maricilda Palandi de Mello
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spelling Aplicação da técnica de sequenciamento de nova geração para identificar mutações patogênicas na disgenesia gonadal 46,XYApplication of exome sequencing to identify pathogenic variants in 46,XY gonadal dysgenesisDisgenesia gonadalSequenciamento completo de exomaSequenciamento de nucleotídeos em larga escalaGonadal dysgenesisExome sequencingLarge-scale nucleotide sequencingOrientadores: Andréa Trevas Maciel Guerra, Maricilda Palandi de MelloTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências MédicasResumo: Distúrbios da Diferenciação do Sexo (DDS) são condições congênitas onde não existe concordância entre o sexo genético, gonadal e genital do indivíduo. São classificados em três grupos: (1) DDS com anomalias de cromossomos sexuais; (2) DDS 46,XX e (3) DDS 46,XY. Esse último inclui distúrbios da diferenciação gonadal e defeitos na biossíntese e ação dos hormônios testiculares. Entre os DDS XY com distúrbio da diferenciação gonadal estão duas condições investigadas neste trabalho: a disgenesia gonadal parcial (DGP), caracterizada por ambiguidade genital devido a graus variáveis de diferenciação testicular; e a disgenesia gonadal completa (DGC), na qual há genitais internos e externos femininos e gônadas disgenéticas. São afecções raras, etiologicamente heterogêneas e de origem desconhecida na maioria dos casos. Atualmente, as tecnologias de alto rendimento, como painéis gênicos e sequenciamento do exoma, possibilitam a pesquisa de variantes deletérias em diversos genes utilizando um único experimento, sendo empregadas para estudo de afecções de etiologia heterogênea. Este estudo teve por objetivo investigar novas variantes deletérias em indivíduos com DGP e DGC que possam ser a causa dessas afecções e, eventualmente, identificar novos genes envolvidos na diferenciação testicular. A casuística foi composta por dez indivíduos com DGP e quatro indivíduos com DGC com idades variando de 1 mês a 18 anos. Sete pacientes com DGP foram criados no sexo masculino; os demais pacientes da casuística tinham sexo social feminino. Foi critério de exclusão a presença de variantes nos genes SRY, WT1 e NR5A1 que explicassem os achados fenotípicos. A investigação de trios (genitores e probandos) foi realizada sempre que possível. Para a pesquisa de SNV e Indels foi utilizado o sequenciamento do exoma em oito casos de DGP. Em seis casos (quatro com DGC e dois com DGP), a investigação foi realizada utilizando o painel gênico AmpliSeq com mais de 80 genes previamente descritos associados com DDS 46,XY. As sequências foram alinhadas ao genoma de referência humano GRCh37/hg19. Foram identificadas variantes em diferentes genes já reconhecidos ou potencialmente envolvidos na diferenciação testicular e dezesseis genes candidatos são propostos; entre eles quatro foram recorrentes na amostra: HHAT, WWOX, SIX4 e CYR61. O provável desequilíbrio da via hedgehog e do NR5A1 também foi observado com recorrência entre os casosAbstract: Disorders of sex development (DSD) are congenital conditions in which development of chromosomal, gonadal, or anatomic sex is atypical. DSD are classified into three groups: (1) DSD with sex chromosome abnormalities; (2) 46,XX DSD and (3) 46,XY DSD. The latter includes disorders of gonadal differentiation and defects in the biosynthesis or action of testicular hormones. The group of XY DSD with disorders of gonadal development includes the two conditions investigated in this study: partial gonadal dysgenesis (PGD), characterized by genital ambiguity due to variable degrees of testicular differentiation; and complete gonadal dysgenesis (CGD), in which there are female internal and external genitalia and streak gonads. Both are rare disorders, with heterogeneous etiology and, in most cases, unknown origin. Nowadays, high-throughput technologies such as gene panels and whole exome sequencing (WES) enable the search of deleterious variants in several genes using a single experiment and have been used to investigate etiologically heterogeneous conditions. The aim of this study was to investigate deleterious variants in patients with PGD and CGD that could be the origin of these disorders and, in addition, identify new genes involved in testicular differentiation. Our sample comprised ten individuals with PGD and four with CGD whose ages ranged from 1 month to 18 years. Seven patients with PGD were reared as males; all other patients in the sample had a female sex assignment. Patients with SRY, WT1 or NR5A1 variants which explained the phenotype were not included. The investigation of trios (parents and probands) was performed whenever possible. The search for SNV and Indels was carried out by exome sequencing in eight individuals with PGD. A panel sequencing using a custom Next Generation Sequencing (NGS) AmpliSeq gene panel containing more than 80 genes that have been previously reported to be implicated with 46,XY DSD was performed in six cases (four with CGD and two with PGD). Paired-end reads were aligned to the reference genome (GRCh37/hg19). Variants were identified in different genes already related or potentially involved in testicular differentiation and sixteen candidate genes for XY DSD are proposed; among them, four were recurrent in the cohort: HHAT, WWOX, SIX4 and CYR61. The likely imbalance of the hedgehog and NR5A1 pathways was also observed with recurrence among the casesDoutoradoGenética MédicaDoutora em CiênciasFAPESP15/04763-4CAPES88881.135162/2016-01[s.n.]Maciel-Guerra, Andrea Trevas, 1960-Mello, Maricilda Palandi de, 1954-Marques-de-Faria, Antonia PaulaMarson, Fernando Augusto de LimaCosta, Elaine Maria FradeSiviero-Miachon, Adriana AparecidaUniversidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências MédicasPrograma de Pós-Graduação em Ciências MédicasUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASDos Santos, Ana Paula, 1986-20182018-12-04T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (117 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638304DOS SANTOS, Ana Paula. Aplicação da técnica de sequenciamento de nova geração para identificar mutações patogênicas na disgenesia gonadal 46,XY. 2018. 1 recurso online (117 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638304. 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