Geometria de proteínas no espaço conforme

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Camargo, Jesus Marcos, 1989-
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641847
Resumo: Orientador: Carlile Campos Lavor
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spelling Geometria de proteínas no espaço conformeProtein geometry on the conformal spaceProteínasÁlgebra geométricaEspaço conformeProteinsGeometric algebraConformal spaceOrientador: Carlile Campos LavorTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática, Estatística e Computação CientíficaResumo: A representação da estrutura de uma proteína é um elemento fundamental para seu estudo. Entre as diversas formas de representação destacam-se o uso de coordenadas internas e coordenadas cartesianas. Modelos para construção e atualização de coordenadas cartesianas, a partir do conjunto de coordenadas internas, têm sido fundamentais na dinâmica molecular. Os modelos apresentados são baseados na técnica pioneira, desenvolvida por Thompson em 1967, e consiste no uso de rotações e translações para posicionar pontos no espaço tridimensional. Diferentes variações deste modelo são abordadas, como a ordem de propagação na cadeia, o encaixamento ou não de translações e o uso de matrizes ou rotores para estabelecer rotações. A partir destes esquemas de construção e atualização, já consolidados, um modelo de representação inovador é desenvolvido utilizando a álgebra geométrica conforme, as coordenadas conformes. Fornecendo uma descrição tão precisa quanto as coordenadas cartesianas, as coordenas conformes também se mostram muito úteis no cálculo direto das distâncias interatômicas, partindo das coordenadas internas. Com isso, é possível estabelecer, de maneira mais concisa, as derivadas de primeira e segunda ordem destas funções de distância, essenciais no estudo das funções de energiaAbstract: The representation of a protein structure is a fundamental element for its study. Among the various forms of representation, the use of internal coordinates and Cartesian coordinates stands out. Models for building and updating Cartesian coordinates, based on the set of internal coordinates, have been fundamental in molecular dynamics. The models presented are based on the pioneering technique, developed by Thompson in 1967, which consists of the use of rotations and translations to position points in three-dimensional space. Different variations of this model are addressed, such as the order of propagation in the chain, the fitting or not of translations, and the use of matrices or rotors to establish rotations. From these construction and updating schemes, already consolidated, an innovative representation model is developed using the conformal geometric algebra, the conformal coordinates. Providing a description as accurate as the Cartesian coordinates, the conformal coordinates are also very useful in the direct calculation of interatomic distances, starting from the internal coordinates. With this, it is possible to establish, in a more concise way, the first and second order derivatives of these distance functions, essential in the study of energy functionsDoutoradoMatemática AplicadaDoutor em Matemática AplicadaCAPES001[s.n.]Lavor, Carlile Campos, 1968-Martínez Pérez, José MarioMaculan Filho, NelsonAlves, Rafael Santos de OliveiraSouza, Michael Ferreira deUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Matemática, Estatística e Computação CientíficaPrograma de Pós-Graduação em Matemática AplicadaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASCamargo, Jesus Marcos, 1989-20212021-06-24T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (111 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641847CAMARGO, Jesus Marcos. Geometria de proteínas no espaço conforme. 2021. 1 recurso online (111 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641847. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1166133Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2021-09-15T10:40:12Zoai::1166133Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2021-09-15T10:40:12Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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