Estudo da reatividade de peptídeos e proteínas frente a agentes de ligação cruzada fotoativáveis baseados em diazirinas utilizando técnicas de espectrometria de massa

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Jorge, André de Carvalho, 1979-
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638361
Resumo: Orientador: Fabio Cesar Gozzo
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spelling Estudo da reatividade de peptídeos e proteínas frente a agentes de ligação cruzada fotoativáveis baseados em diazirinas utilizando técnicas de espectrometria de massaStudy of peptide and protein reactivity using photoactivatable cross-linking compounds based on mass spectrometry techniquesEspectrometria de massaLigação cruzadaDiazirinasMass spectrometryCross-linkingDiazirinesOrientador: Fabio Cesar GozzoTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de QuímicaResumo: A aplicação da espectrometria de massas (MS) em análises proteômica tem evoluído extensivamente, a ponto de se tornar rotineira no sequenciamento e identificação de proteínas e determinação de modificações pós-traducionais. Entretanto, o uso de MS na análise de estruturas tridimensionais de proteínas é ainda restrito, apesar das inúmeras vantagens potenciais que poderia apresentar nessa área. Nesse âmbito, a metodologia de ligação cruzada acoplada a MS visa obter informações estruturais de proteínas e complexos proteicos pela determinação de restrições espaciais de distância entre resíduos de aminoácidos, mediante reação com compostos homo ou bifuncionais, proteólise enzimática e análise dos peptídeos resultantes por MS. A primeira parte deste trabalho estuda a aplicação de um novo agente de ligação cruzada (ALC) heterobifuncional e foto ativável, do tipo NHS-diazirina, para formar ligações cruzadas inespecíficas em peptídeos e proteínas. O emprego desse ALC permitiu obter ligações cruzadas únicas nos alvos estudados, e os peptídeos modificados formados foram caracterizados por MS possibilitando a formação de isóbaros e demonstrando o potencial desse ALC para o uso em sistemas reais como proteínas e complexos proteicos. A segunda parte do trabalho envolveu a aplicação da técnica desenvolvida nos peptídeos sintéticos em proteínas padrão para validar a viabilidade da metodologia em sistemas reais quando comparados com ALC mais tradicionais como os homobifuncionais do tipo NHS-NHS. A capacidade desses ALCs foto ativáveis de formar mais espécies de ligação cruzada devido à sua inespecificidade, demonstrou o grande potencial da ferramenta para a entrega de um pacote mais robusto de dados para análises de modelagem computacionalAbstract: The application of mass spectrometry (MS) in proteomics has evolved extensively, becoming routine in protein sequencing, identification and determination of post-translational modifications. However, the use of MS in the three-dimensional analysis of protein structures is still restricted, despite the numerous advantages that this technique could represent for the area. In this sense, chemical cross-linking coupled to MS aims to obtain structural information on proteins and protein complexes by determining spatial distance constraints between amino acid residues by reaction with homo or bifunctional compounds, enzymatic proteolysis and analysis of the resulting peptides by MS. The first part of this work shows the application of a novel heterobifunctional, photoactivatable NHS-diazirine-type cross-linking agent to form nonspecific cross-linking in peptides and proteins. The use of this type of compound allowed to obtain unique cross-linking on the targets under study, and the modified peptides were analyzed by MS allowing the formation of an isomeric mixture and demonstrating the potential of this reagent for the application in real systems as proteins and protein complexes. The second part of this work involved the application of the technique developed on synthetic peptides to standard proteins to validate the feasibility of the methodology in real systems when compared to more traditional cross-linking reagents such as NHS-NHS homobifunctional ones. The ability of these photoactivatable compounds to form more cross-linked species due to their non-specificity has demonstrated a great potential of this tool delivering a more robust data package for computational and modeling analysisDoutoradoQuímica OrgânicaDoutor em Ciências[s.n.]Gozzo, Fábio Cesar, 1972-Favaro, Denize CristinaMiranda, Paulo Cesar Muniz de LacerdaMoraes, Luiz Alberto Beraldo dePilau, Eduardo JorgeUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de QuímicaPrograma de Pós-Graduação em QuímicaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASJorge, André de Carvalho, 1979-20202020-02-19T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf1 recurso online (86 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638361JORGE, André de Carvalho. Estudo da reatividade de peptídeos e proteínas frente a agentes de ligação cruzada fotoativáveis baseados em diazirinas utilizando técnicas de espectrometria de massa. 2020. 1 recurso online (86 p.) Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1638361. Acesso em: 3 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1127042Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2020-04-02T13:30:22Zoai::1127042Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2020-04-02T13:30:22Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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