Um consenso completamente resolvido entre arvores filogeneticas completamente resolvidas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Quitzau, Jose Augusto Amgarten
Data de Publicação: 2005
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1600159
Resumo: Orientador: João Meidanis
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spelling Um consenso completamente resolvido entre arvores filogeneticas completamente resolvidasFilogeniaAlgoritmosBiologia - Processamento de dadosOrientador: João MeidanisDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de ComputaçãoResumo: A relação evolutiva entre especies de seres vivos e normalmente representada atraves de um diagrama conhecido como arvore filogenetica. Embora existam inumeros metodos de construção deste tipo de diagrama, com base nos mais variados tipos de dados biologicos, nenhum deles garante obter a arvore que melhor representa a relação evolutiva entre as especies de um conjunto. Alguns metodos ainda podem produzir varias arvores distintas para um mesmo conjunto, sendo incapazes de decidir qual a que melhor explica a relação entre os seres representados. Cabe então aos biologos comparar as arvores e decidir qual a melhor entre elas. Uma maneira de estudar semelhanças entre arvores construidas sobre um mesmo conjunto de especies e a utilização de um consenso entre as arvores. Atualmente existem diversos metodos de consenso, cada um enfatizando características diferentes do conjunto de arvores. Esta dissertação destaca a possibilidade de uso de metodos de consenso como metodos de construção, apresentando um teste bastante simples que ressalta a qualidade das arvores consenso em relação a arvores criadas pelos metodos tradicionais de construção de arvores filogeneticas. Alem disso, apresenta um novo metodo de consenso focado não na comparação de arvores, mas na construção de uma arvore filogenetica capaz de se aproximar mais da arvore correta do que a maior parte das arvores presentes no conjunto utilizado para construi-laAbstract: The evolutionary relationship between species is usually represented by a diagram known as phylogenetic tree. Despite of the existence of a huge number of different methods for building such a diagram, based on the most diverse sorts of biological data, none of these methods guarantees that the reconstructed tree is the tree which represents better the evolutionary relationship between the species in a given set. Some of the methods may even build different trees for the same input set of species. In these cases, they are unable to decide which of the trees represents better the relationship between the considered beings. In such cases, the task of comparing the produced trees and choosing the best one is left to biologists. One way to study the similarity of phylogenetic trees is to build a consensus between them. Nowadays there are different consensus methods, each of them exploring a different characteristic of the set of trees. This work focus on the possibility of use of consensus methods as reconstruction methods, presenting a very simple test, which points out the quality of consensus trees compared to trees built by traditional phylogeny reconstruction methods. After this, we present a consensus method dedicated to reconstructing trees, instead of just comparing them. We also show that trees built by this method are usually closer to the true tree than most trees used to build themMestradoCiência da ComputaçãoMestre em Ciência da Computação[s.n.]Meidanis, João, 1960-Rodrigues, Estela MarisDias, ZanoniStolfi, JorgeUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de ComputaçãoPrograma de Pós-Graduação não informadoUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASQuitzau, Jose Augusto Amgarten20052005-02-24T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf117p. : il.(Broch.)https://hdl.handle.net/20.500.12733/1600159QUITZAU, Jose Augusto Amgarten. Um consenso completamente resolvido entre arvores filogeneticas completamente resolvidas. 2005. 117p. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1600159. Acesso em: 2 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/343001porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T04:12:45Zoai::343001Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T04:12:45Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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