Uma abordagem multi-objetivo e multimodal para reconstrução de arvores filogeneticas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Silva, Ana Estela Antunes da, 1965-
Data de Publicação: 2007
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1608970
Resumo: Orientador: Fernando Jose Von Zuben
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spelling Uma abordagem multi-objetivo e multimodal para reconstrução de arvores filogeneticasA multimodal and multiobjective approach for phylogenetic trees reconstructionÁrvoresFilogeniaOtimização matemáticaAlgoritmos genéticosBiologia - Processamento de dadosPhylogenetic treesMultiobjective otimizationPhylogeny reconstruction algorithmsMinimum evolutionOrientador: Fernando Jose Von ZubenTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de ComputaçãoResumo : A reconstrução de árvores filogenéticas pode ser interpretada como um processo sistemático de proposição de uma descrição arbórea para as diferenças relativas que se observam em conjuntos de atributos genéticos homólogos de espécies sob comparação. A árvore filogenética resultante apresenta uma certa topologia, ou padrão de ancestralidade, e os comprimentos dos ramos desta árvore são indicativos do número de mudanças evolutivas desde a divergência do ancestral comum. Tanto a topologia quanto os comprimentos de ramos são hipóteses descritivas de eventos não-observáveis e condicionais, razão pela qual tendem a existir diversas hipóteses de alta qualidade para a reconstrução, assim como múltiplos critérios de desempenho. Esta tese (i) aborda árvores sem raiz; (ii) enfatiza os critérios de quadrados mínimos, evolução mínima e máxima verossimilhança; (iii) propõe uma extensão ao algoritmo Neighbor Joining que oferece múltiplas hipóteses de alta qualidade para a reconstrução; e (iv) descreve e utiliza uma nova ferramenta para otimização multiobjetivo no contexto de reconstrução filogenética. São considerados dados artificiais e dados reais na apresentação de resultados, os quais apontam vantagens e aspectos diferenciais das metodologias propostasAbstract: The reconstruction of phylogenetic trees can be interpreted as a systematic process of proposing an arborean description to the relative dissimilarities observed among sets of homologous genetic attributes of species being compared. The resulting phylogenetic tree presents a certain topology, or ancestrality pattern, and the length of the edges of the tree will indicate the number of evolutionary changes since the divergence from the common ancestor. Both topology and edge lengths are descriptive hypotheses of non-observable and conditional events, which implies the existence of diverse high-quality hypotheses for the reconstruction, as long as multiple performance criteria. This thesis (i) deals with unrooted trees; (ii) emphasizes the least squares, minimum evolution, and maximum likelihood criteria; (iii) proposes an extension to the Neighbor Joining algorithm which offers multiple high-quality reconstruction hypotheses; and (iv) describes and uses a new tool for multiobjective optimization in the context of phylogenetic reconstruction. Artificial and real datasets are considered in the presentation of results, which points to some advantages and distinctive aspects of the proposed methodologiesDoutoradoEngenharia de ComputaçãoDoutor em Engenharia Elétrica[s.n.]Von Zuben, Fernando José, 1968-Walter, Maria Emília Machado TellesCampello, Ricardo Jose Gabrielli BarretoMendes, Rafael SantosBarreto, GilmarUniversidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Engenharia Elétrica e de ComputaçãoPrograma de Pós-Graduação em Engenharia ElétricaUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASSilva, Ana Estela Antunes da, 1965-20072007-12-12T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdf157 p. : il.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1608970SILVA, Ana Estela Antunes da. Uma abordagem multi-objetivo e multimodal para reconstrução de arvores filogeneticas. 2007. 157 p. Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1608970. Acesso em: 2 set. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/439363porreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2017-02-18T05:27:39Zoai::439363Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2017-02-18T05:27:39Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
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