Análise do exoma em indivíduos com deficiência intelectual e (ou) anomalias congênitas múltiplas com regiões de homoziogose no genoma detectadas pela análise cromossômica por microarray

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Correia-Costa, Gabriela Roldão, 1993-
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641310
Resumo: Orientador: Társis Antônio Paiva Vieira
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A CMA, quando inclui oligonucleotídeos com polimorfismos de nucleotídeo único (SNP), permite a detecção tanto de variações no número de cópias, quanto o aumento de regiões de homozigose no genoma (Regions of Homozigosity - ROH). As ROH ocorrem em decorrência de dois eventos principais: identidade por descendência e a dissomia uniparental (UPD). Porém, quando detectadas por CMA, é necessária a análise complementar para a identificação de UPD ou variantes de sequência em genes de herança recessiva. Assim, o objetivo deste trabalho foi investigar a causa da deficiência intelectual e (ou) anomalias congênitas múltiplas, em indivíduos nos quais se identificou aumento de ROH no genoma autossômico pela CMA. Chamadas de homozigose de 265 pacientes e 289 controles testados por CMA foram analisados utilizando o programa Chromosome Analysis Suite - ChAS (Affymetrix®) (hg19) com filtros de no mínimo 500 marcadores e 1.500kb. Detectou-se uma única ROH maior ou igual a 10Mb em 1,9% dos pacientes e 0,3% no grupo controle. Além disso, ROH >1% no genoma autossômico foram detectadas em 7,2% dos pacientes e 1,4% no grupo controle. Foi realizado o sequenciamento do exoma de sete indivíduos com porcentagem de ROH aumentada no genoma. Foram detectadas sete variantes de sequência em cinco indivíduos, e cincos dessas apresentam compatibilidade com os fenótipos dos indivíduos. Entre essas, quatro são variantes novas. Com isso, reforçamos a importância da análise e do relato das regiões de homozigose em resultados de CMA, além de demonstrarmos que as análises complementares por meio do sequenciamento do exoma são altamente eficazes para o esclarecimento de fenótipos heterogêneos de causa não esclarecida.Abstract: The sequencing of the human genome has brought new technologies, such as Chromosomal Microarray Analysis (CMA), which has improved the diagnosis of neurodevelopmental delay (NDD), intellectual disability (ID) and multiple congenital malformations. The CMA, when includes oligonucleotides with single nucleotide polymorphism (SNP), allows the detection of both copy number variations and regions of homozygosity (ROH) in the genome. These regions can occur due to two main events: identity by descent, mainly when there is parental consanguinity, and uniparental disomy (UPD). However, the detection of these regions by CMA, demand further analysis for UPD characterization or detection of sequence variants in genes of recessive inheritance. Thus, the aim of this study was to investigate the etiology in individuals with intellectual disabilities and (or) multiple congenital anomalies, in which increased ROH was identified in the autosomal genome by CMA. Homozygosity calls from 265 patients and 289 controls tested with CMA were analyzed using the Chromosome Analysis Suite - ChAS (Affymetrix®) (hg19) with filters set as a minimum of 500 markers and 1,500kb. Single ROH greater than or equal to 10Mb were detected in 1.9% of patients, compared with 0.3% of the control group. In addition, ROH achieving >1% of the autosomal genome were detected in 7.2% of patients, compared with 1.4% of the control group. The Whole exome sequencing (WES) was performed for seven individuals with increased percentage of ROH in the genome. Seven sequence variants were detected by WES, in five patients, and five of these variants were compatible with the patients' phenotypes. Among then, four were novel variants. Thus, we reinforce the importance of analyzing and reporting homozygous regions in CMA results, besides demonstrating that complementary analyzes by WES are highly effective in clarifying heterogeneous phenotypes of unclear etiology.MestradoGenética MédicaMestra em CiênciasCNPQ132494/2019-1FAPESP2018/08890-9[s.n.]Vieira, Tarsis Antonio Paiva, 1981-Krepischi, Ana Cristina VictorinoMarques-de-Faria, Antonia PaulaUniversidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências MédicasPrograma de Pós-Graduação em Ciências MédicasUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASCorreia-Costa, Gabriela Roldão, 1993-20212021-02-26T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online ( 96 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641310CORREIA-COSTA, Gabriela Roldão. Análise do exoma em indivíduos com deficiência intelectual e (ou) anomalias congênitas múltiplas com regiões de homoziogose no genoma detectadas pela análise cromossômica por microarray . 2021. 1 recurso online ( 96 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1641310. 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