Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Aoyama, Beatriz Bertelli, 1995-
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Texto Completo: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640516
Resumo: Orientador: André Schwambach Vieira
id UNICAMP-30_e56acb3ea1ec2456b24980629cc60150
oai_identifier_str oai::1161312
network_acronym_str UNICAMP-30
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository_id_str
spelling Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfuranteTranscriptomic analysis of subiculum region in animal model of mesial temporal lobe epilepsy (MTLE) induced by electric stimulation of perforant pathwayEpilepsiaTranscriptomaHipocampo (Cérebro)EpilepsyTranscriptomeHippocampusOrientador: André Schwambach VieiraDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) é caracterizada por danos em estruturas como o hipocampo. O subiculum é uma região de transição entre hipocampo e córtex entorrinal, possuindo funções na amplificação e modulação de respostas neuronais. O presente estudo objetiva caracterizar o perfil de expressão gênica das porções dorsal e ventral do subiculum e também o perfil de expressão gênica destas regiões após a indução a crises epilépticas agudas pela estimulação elétrica da via perfurante. Foram utilizados 8 ratos controle e 8 ratos estimulados eletricamente (CEMIB-UNICAMP). Os animais foram submetidos a cirurgia de implante de eletrodos na via perfurante e após 7 dias o grupo estímulo recebeu estimulação elétrica na via perfurante durante 30 minutos por 2 dias consecutivos. Após 24 horas, os cérebros de 5 animais controle e 5 animais estimulados foram coletados, congelados e histologicamente processados, separando as regiões do subiculum dorsal (dSub) e ventral (vSub) por microdissecção a laser. O RNA das amostras microdissecadas foi isolado e a biblioteca de cDNA foi produzida utilizando o kit de preparação Truseq (Ilumina). O sequenciamento utilizou a plataforma Hiseq 4000, produzindo uma média de 17,9 milhões de reads por amostra. Os reads foram alinhados ao genoma do rato utilizando o alinhador STAR. Utilizando o software estatístico DESEq2 na comparação entre as amostras controles dSub com vSub, foram encontrados 4670 genes diferencialmente expressos e na comparação entre as amostras controle (cdSub e cvSub) com as amostras pré-condicionamento (pcdSub e pcvSub), encontrou-se um total de 204 genes diferencialmente expressos em pcdSub e 972 genes diferencialmente expressos na região de pcvSub.Dentre as vias enriquecidas utilizando os softwares DAVID e Enrichr, observou-se o enriquecimento da via glutamatérgica considerando os genes superexpressos e com expressão reduzida no dSub, enquanto que no vSub, observou-se o enriquecimento da via GABAérgica considerando os genes superexpressos e com expressão reduzida. Já na comparação dos controles com os aqueles que receberam estimulação elétrica, observou-se enriquecimento comum com genes superexpressos na via da biossíntese de colesterol. Enquanto que na região vSub, considerando genes com expressão reduzida, foi identificado o enriquecimento da via de orientação axonal. Ademais, em ambas regiões, observou-se o aumento na expressão dos genes GFAP, C3 e GAD2, e a redução na expressão dos genes GLS2, enquanto que considerando apenas a região vSub, observou-se a redução na expressão do gene GAT-1. Em conclusão, nossos dados sugerem que a região dorsal do subiculum apresenta participação relevante de genes associados à transmissão glutamatérgica, enquanto a região ventral do subiculum apresenta participação relevante de genes associados à transmissão GABAérgica. Ademais, em ambas regiões do subiculum o pré-condicionamento poderia induzir reorganização sináptica pró neuroproteção, devido ao aumento na biossíntese de colesterol associado a astrogliose. Este achado estaria relacionado ao aumento da transmissão GABAérgica, visto pelo aumento da formação de GABA (GAD2) e diminuição da recaptação de GABA na fenda sináptica (GAT-1), e redução da transmissão Glutamatérgica, devido diminuição da formação de glutamato (GLS2) e possível eliminação de sinapses glutamatérgicas (C3)Abstract: Mesial temporal lobe epilepsy (MTLE) is the most frequent type of Temporal Lobe Epilepsy (TLE) and it is characterized by damage in structures such as the hippocampus. The subiculum connects the hippocampus with the entorhinal cortex, which allows for high amplification and modulation of the neuronal response. This study aims to characterize the gene expression profile of dorsal and ventral subiculum and gene expression changes after the induction of acute seizures by electrical stimulation of the Perforant Pathway (PP) in rats. For this study, we used 8 sham-control and 8 electrical stimulated rats (CEMIB-UNICAMP). For all rats, stimulation electrodes were implanted in the PP and recording electrodes in the Dentate Gyrus, after 7 days rats from the stimulated group received an electric stimulation of the PP for 30 minutes in 2 consecutive days. After 24h, 5 SHAM and 5 Stimulated rat brains were collected, frozen, histologically processed and the dorsal (dSub) and ventral subiculum (vSub) were laser microdissected using a PALM (Zeiss system). After RNA¿s isolation from microdissected samples, the cDNA libraries were produced using Truseq (Illumina) library preparation kit according to manufacturer instructions. Sequencing was performed in an Hiseq 4000 platform, producing an average of 10 million paired-end 100bp reads per sample. Reads were aligned to the Rat genome using the STAR aligner. Using the DESEq2 statistics package in comparing the controls dSub with vSub, we found 4670 differential expression genes in control dSub and in comparing of SHAM to Stimulated samples, we found 204 differential expression genes in dSub and 972 differential expression genes in vSub. The gene ontology enrichment analysis was performed using DAVID and Enrichr, the most significant pathway with up-regulated and down-regulates genes in dSub was the increase of glutamatergic synapse, while in vSub the most significant pathway with up-regulated and down-regulates genes was the increase of GABAergic synapses. Moreover, comparing SHAM to Stimulated samples, the most significant common enrichment pathways with up-regulated genes in dSub and vSub were related to Cholesterol Biosynthesis, while the enrichment pathway using down-regulated genes in vSub was axon guidance. It was found GFAP, C3 and GAD2 up-regulated in dSub and vSub, down-regulation of GLS2 in dSub and vSub, and down-regulation of GAT-1 in vSub. In conclusion, our data indicates that in the analysis of control samples, the dSub has an increase of glutamatergic transmission, while vSub has an increase of gabaergic transmission. Moreover, in both regions of the subiculum, the preconditioning induces synaptic reorganization to neuroprotection, which was shown by an increase of cholesterol biosynthesis associated with astrogliosis. These findings would be associated with the increase of GABAergic transmission and reduction of glutamatergic transmissionMestradoFisiologiaMestra em Biologia Funcional e MolecularCNPQ157221/2018-0[s.n.]Vieira, Andre Schwambach, 1982-Rogério, FábioSoares, Juliana Carlota KramerUniversidade Estadual de Campinas. Instituto de BiologiaPrograma de Pós-Graduação em Biologia Funcional e MolecularUNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINASAoyama, Beatriz Bertelli, 1995-20202020-07-21T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdf1 recurso online ( 148 p.) : il., digital, arquivo PDF.https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640516AOYAMA, Beatriz Bertelli. Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante. 2020. 1 recurso online ( 148 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640516. Acesso em: 15 mai. 2024.https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1161312Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDFporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)instacron:UNICAMPinfo:eu-repo/semantics/openAccess2021-03-01T10:44:13Zoai::1161312Biblioteca Digital de Teses e DissertaçõesPUBhttp://repositorio.unicamp.br/oai/tese/oai.aspsbubd@unicamp.bropendoar:2021-03-01T10:44:13Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
Transcriptomic analysis of subiculum region in animal model of mesial temporal lobe epilepsy (MTLE) induced by electric stimulation of perforant pathway
title Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
spellingShingle Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
Aoyama, Beatriz Bertelli, 1995-
Epilepsia
Transcriptoma
Hipocampo (Cérebro)
Epilepsy
Transcriptome
Hippocampus
title_short Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
title_full Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
title_fullStr Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
title_full_unstemmed Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
title_sort Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante
author Aoyama, Beatriz Bertelli, 1995-
author_facet Aoyama, Beatriz Bertelli, 1995-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Vieira, Andre Schwambach, 1982-
Rogério, Fábio
Soares, Juliana Carlota Kramer
Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia
Programa de Pós-Graduação em Biologia Funcional e Molecular
UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
dc.contributor.author.fl_str_mv Aoyama, Beatriz Bertelli, 1995-
dc.subject.por.fl_str_mv Epilepsia
Transcriptoma
Hipocampo (Cérebro)
Epilepsy
Transcriptome
Hippocampus
topic Epilepsia
Transcriptoma
Hipocampo (Cérebro)
Epilepsy
Transcriptome
Hippocampus
description Orientador: André Schwambach Vieira
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020
2020-07-21T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640516
AOYAMA, Beatriz Bertelli. Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante. 2020. 1 recurso online ( 148 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640516. Acesso em: 15 mai. 2024.
url https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640516
identifier_str_mv AOYAMA, Beatriz Bertelli. Análise do transcriptoma da região do subiculum de modelo animal de epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM) induzido por estimulação elétrica da via perfurante. 2020. 1 recurso online ( 148 p.) Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP. Disponível em: https://hdl.handle.net/20.500.12733/1640516. Acesso em: 15 mai. 2024.
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv https://repositorio.unicamp.br/acervo/detalhe/1161312
Requisitos do sistema: Software para leitura de arquivo em PDF
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
1 recurso online ( 148 p.) : il., digital, arquivo PDF.
dc.publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
publisher.none.fl_str_mv [s.n.]
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instname:Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
instname_str Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron_str UNICAMP
institution UNICAMP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
repository.mail.fl_str_mv sbubd@unicamp.br
_version_ 1799138557873356800

Registros relacionados