Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2005 |
Outros Autores: | , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UNESP |
Texto Completo: | http://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582005000200002 http://hdl.handle.net/11449/4168 |
Resumo: | O objetivo deste trabalho foi desenvolver um oligonucleotídeo iniciador para reação em cadeia da polimerase (PCR) específico para as estirpes de Xylella fastidiosa que causam o mal de Pierce (PD) em videira (Vitis vinifera). Amplificações de DNA de 23 diferentes hospedeiros, usando o conjunto de oligonucleotídeos REP1-R (5'-IIIICGICGIATCCIGGC-3') e REP 2 (5'-ICGICTTATCI GGCCTAC-3') utilizando o programa: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 45 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/5 min, produziu um fragmento de 630 pb que diferenciou as estirpes de videiras dos demais. Entretanto, padrões de bandeamento REP não são considerados confiáveis para detecção devido ao par de oligonucleotídeos REP 1 e REP 2 corresponderem a seqüências repetitivas encontradas por todo o genoma bacteriano. Desse modo, o produto amplificado de 630 pb foi eluído do gel de agarose, purificado e seqüenciado. A informação da seqüência nucleotídica foi usada para identificar e sintetizar um oligonucleotídeo específico para o isolado de X. fastidiosa causadora do mal de Pierce denominado Xf-1 (5'-CGGGGGTGTAGGAGGGGTTGT-3'), que foi utilizado juntamente com o oligonucleotídeo REP-2 nas condições 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 62 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/10 min. Os DNAs das estirpes de X. fastidiosa de outros hospedeiros [amêndoa (Prumus amygdalus), citros (Citrus spp.), café (Coffea arabica), olmo (Ulmus americana), amora (Morus rubra), carvalho (Quercus rubra), vinca (Catharantus roseus), ameixa (Prunus salicina) e ragweed (Ambrosia artemisiifolia)] e de bactérias Gram negativas e positivas foram submetidos a amplificação com o conjunto de oligonucleotídeos Xf-1/REP 2. Um fragmento, de aproximadamente 350 pb, foi amplificado apenas com o DNA de X. fastidiosa isolada de videira. |
id |
UNSP_7df354cf698b3b73b7eb012f14eb1523 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.unesp.br:11449/4168 |
network_acronym_str |
UNSP |
network_name_str |
Repositório Institucional da UNESP |
repository_id_str |
2946 |
spelling |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosaDesenvolvimento de um marcador scar para Xylella fastidiosa causadora do mal de Pierceoligonucleotídeoreação em cadeia da polimerasePCRREP-PCRoligonucleotidePolymerase chain reactionPCRREP-PCRO objetivo deste trabalho foi desenvolver um oligonucleotídeo iniciador para reação em cadeia da polimerase (PCR) específico para as estirpes de Xylella fastidiosa que causam o mal de Pierce (PD) em videira (Vitis vinifera). Amplificações de DNA de 23 diferentes hospedeiros, usando o conjunto de oligonucleotídeos REP1-R (5'-IIIICGICGIATCCIGGC-3') e REP 2 (5'-ICGICTTATCI GGCCTAC-3') utilizando o programa: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 45 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/5 min, produziu um fragmento de 630 pb que diferenciou as estirpes de videiras dos demais. Entretanto, padrões de bandeamento REP não são considerados confiáveis para detecção devido ao par de oligonucleotídeos REP 1 e REP 2 corresponderem a seqüências repetitivas encontradas por todo o genoma bacteriano. Desse modo, o produto amplificado de 630 pb foi eluído do gel de agarose, purificado e seqüenciado. A informação da seqüência nucleotídica foi usada para identificar e sintetizar um oligonucleotídeo específico para o isolado de X. fastidiosa causadora do mal de Pierce denominado Xf-1 (5'-CGGGGGTGTAGGAGGGGTTGT-3'), que foi utilizado juntamente com o oligonucleotídeo REP-2 nas condições 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 62 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/10 min. Os DNAs das estirpes de X. fastidiosa de outros hospedeiros [amêndoa (Prumus amygdalus), citros (Citrus spp.), café (Coffea arabica), olmo (Ulmus americana), amora (Morus rubra), carvalho (Quercus rubra), vinca (Catharantus roseus), ameixa (Prunus salicina) e ragweed (Ambrosia artemisiifolia)] e de bactérias Gram negativas e positivas foram submetidos a amplificação com o conjunto de oligonucleotídeos Xf-1/REP 2. Um fragmento, de aproximadamente 350 pb, foi amplificado apenas com o DNA de X. fastidiosa isolada de videira.The objective of this research was to develop a primer for a polymerase chain reaction specific for Xylella fastidiosa strains that cause Pierce's Disease (PD) in grapes (Vitis vinifera). The DNA amplification of 23 different strains of X. fastidiosa, using a set of primers REP1-R (5'-IIIICGICGIATCCIGGC-3') and REP 2 (5'-ICGICTTATCIGGCCTAC-3') using the following program: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 45 ºC/1 min and 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/5 min, produced a fragment of 630 bp that differentiated the strains that cause disease in grapes from the other strains. However, REP banding patterns could not be considered reliable for detection because the REP1-R and REP 2 primers correspond to repetitive sequences, which are found throughout the bacterial genome. The amplified product of 630 bp was eluted from the agarose gel, purified and sequenced. The nucleotide sequence information was used to identify and synthesize an specific oligonucleotide for X. fastidiosa strains that cause Pierce's Disease denominated Xf-1 (5'-CGGGGGTGTAGGAGGGGTTGT-3') which was used jointly with the REP-2 primer at the following conditions: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 62 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/10 min. The DNAs isolated from strains of X. fastidiosa from other hosts [almond (Prumus amygdalus), citrus (Citrus spp.), coffee (Coffea arabica), elm (Ulmus americana), mulberry (Morus rubra), oak (Quercus rubra), periwinkle wilt (Catharantus roseus), plums (Prunus salicina) and ragweed (Ambrosia artemisiifolia)] and also from other Gram negative and positive bacteria were submitted to amplification with a pair of primers Xf-1/REP 2 to verify its specificity. A fragment, about 350 bp, was amplified only when the DNA from strains of X. fastidiosa isolated from grapes was employed.Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de TecnologiaUniversidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de TecnologiaSociedade Brasileira de FitopatologiaUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Travensolo, Regiane F. [UNESP]Ciapina, Luciane P. [UNESP]Lemos, Eliana G. M. [UNESP]2014-05-20T13:17:52Z2014-05-20T13:17:52Z2005-04-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article115-120application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582005000200002Fitopatologia Brasileira. Sociedade Brasileira de Fitopatologia, v. 30, n. 2, p. 115-120, 2005.0100-4158http://hdl.handle.net/11449/416810.1590/S0100-41582005000200002S0100-41582005000200002S0100-41582005000200002.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPengFitopatologia Brasileirainfo:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-07T15:31:59Zoai:repositorio.unesp.br:11449/4168Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T18:21:17.922308Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa Desenvolvimento de um marcador scar para Xylella fastidiosa causadora do mal de Pierce |
title |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa |
spellingShingle |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa Travensolo, Regiane F. [UNESP] oligonucleotídeo reação em cadeia da polimerase PCR REP-PCR oligonucleotide Polymerase chain reaction PCR REP-PCR |
title_short |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa |
title_full |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa |
title_fullStr |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa |
title_full_unstemmed |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa |
title_sort |
Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa |
author |
Travensolo, Regiane F. [UNESP] |
author_facet |
Travensolo, Regiane F. [UNESP] Ciapina, Luciane P. [UNESP] Lemos, Eliana G. M. [UNESP] |
author_role |
author |
author2 |
Ciapina, Luciane P. [UNESP] Lemos, Eliana G. M. [UNESP] |
author2_role |
author author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Travensolo, Regiane F. [UNESP] Ciapina, Luciane P. [UNESP] Lemos, Eliana G. M. [UNESP] |
dc.subject.por.fl_str_mv |
oligonucleotídeo reação em cadeia da polimerase PCR REP-PCR oligonucleotide Polymerase chain reaction PCR REP-PCR |
topic |
oligonucleotídeo reação em cadeia da polimerase PCR REP-PCR oligonucleotide Polymerase chain reaction PCR REP-PCR |
description |
O objetivo deste trabalho foi desenvolver um oligonucleotídeo iniciador para reação em cadeia da polimerase (PCR) específico para as estirpes de Xylella fastidiosa que causam o mal de Pierce (PD) em videira (Vitis vinifera). Amplificações de DNA de 23 diferentes hospedeiros, usando o conjunto de oligonucleotídeos REP1-R (5'-IIIICGICGIATCCIGGC-3') e REP 2 (5'-ICGICTTATCI GGCCTAC-3') utilizando o programa: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 45 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/5 min, produziu um fragmento de 630 pb que diferenciou as estirpes de videiras dos demais. Entretanto, padrões de bandeamento REP não são considerados confiáveis para detecção devido ao par de oligonucleotídeos REP 1 e REP 2 corresponderem a seqüências repetitivas encontradas por todo o genoma bacteriano. Desse modo, o produto amplificado de 630 pb foi eluído do gel de agarose, purificado e seqüenciado. A informação da seqüência nucleotídica foi usada para identificar e sintetizar um oligonucleotídeo específico para o isolado de X. fastidiosa causadora do mal de Pierce denominado Xf-1 (5'-CGGGGGTGTAGGAGGGGTTGT-3'), que foi utilizado juntamente com o oligonucleotídeo REP-2 nas condições 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 62 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/10 min. Os DNAs das estirpes de X. fastidiosa de outros hospedeiros [amêndoa (Prumus amygdalus), citros (Citrus spp.), café (Coffea arabica), olmo (Ulmus americana), amora (Morus rubra), carvalho (Quercus rubra), vinca (Catharantus roseus), ameixa (Prunus salicina) e ragweed (Ambrosia artemisiifolia)] e de bactérias Gram negativas e positivas foram submetidos a amplificação com o conjunto de oligonucleotídeos Xf-1/REP 2. Um fragmento, de aproximadamente 350 pb, foi amplificado apenas com o DNA de X. fastidiosa isolada de videira. |
publishDate |
2005 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2005-04-01 2014-05-20T13:17:52Z 2014-05-20T13:17:52Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article |
format |
article |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582005000200002 Fitopatologia Brasileira. Sociedade Brasileira de Fitopatologia, v. 30, n. 2, p. 115-120, 2005. 0100-4158 http://hdl.handle.net/11449/4168 10.1590/S0100-41582005000200002 S0100-41582005000200002 S0100-41582005000200002.pdf |
url |
http://dx.doi.org/10.1590/S0100-41582005000200002 http://hdl.handle.net/11449/4168 |
identifier_str_mv |
Fitopatologia Brasileira. Sociedade Brasileira de Fitopatologia, v. 30, n. 2, p. 115-120, 2005. 0100-4158 10.1590/S0100-41582005000200002 S0100-41582005000200002 S0100-41582005000200002.pdf |
dc.language.iso.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.relation.none.fl_str_mv |
Fitopatologia Brasileira |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
115-120 application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Sociedade Brasileira de Fitopatologia |
publisher.none.fl_str_mv |
Sociedade Brasileira de Fitopatologia |
dc.source.none.fl_str_mv |
SciELO reponame:Repositório Institucional da UNESP instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP) instacron:UNESP |
instname_str |
Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
instacron_str |
UNESP |
institution |
UNESP |
reponame_str |
Repositório Institucional da UNESP |
collection |
Repositório Institucional da UNESP |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1808128924354347008 |