Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR)
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2005 |
Outros Autores: | , |
Tipo de documento: | Artigo |
Idioma: | eng |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UNESP |
DOI: | 10.1590/S1517-83822005000400011 |
Texto Completo: | http://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822005000400011 http://hdl.handle.net/11449/1737 |
Resumo: | O objetivo do presente estudo foi comparar diferentes técnicas de extração de DNA, realizadas a partir de três diferentes caldos de enriquecimento seletivo, na sua eficiência em detectar Salmonella Typhimurium em amostras de fezes suínas artificialmente inoculadas (100 UFC/g), pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Após enriquecimento em Rappaport-Vassiliadis, selenito-cistina e tetrationato Müller-Kauffmann, alíquotas destes caldos foram utilizadas para extração do DNA, empregando três métodos diferentes, (a) fervura-centrifugação, (b) fenol-clorofórmio e (c) precipitação por sal. A eficiência dos métodos de extração de DNA por fervura-centrifugação e precipitação por sal foi a mesma, independentemente do caldo de enriquecimento seletivo utilizado. O caldo Rappaport-Vassiliadis apresentou maior eficiência (P<0,05) quando foi empregada a extração de DNA pelo método fenol-clorofórmio. Considerados os parâmetros custo e eficiência, os resultados do estudo indicaram que a partir de amostras fecais suínas a utilização do caldo tetrationato Müller-Kauffmann combinado a técnica de extração do DNA por fervura-centrifugação devam representar a melhor opção, relativamente às demais técnicas testadas. |
id |
UNSP_802696bdeb80a811d0962898965e3dec |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.unesp.br:11449/1737 |
network_acronym_str |
UNSP |
network_name_str |
Repositório Institucional da UNESP |
repository_id_str |
2946 |
spelling |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR)Comparação entre métodos de extração de DNA e caldos de enriquecimento seletivo na detecção de Salmonella Typhimurium em fezes de suínos pela reação em cadeia da polimerase (PCR)DiagnosisDNAfecesPCRSalmonella TyphimuriumDiagnósticoDNAFezesPCRSalmonella typhimuriumO objetivo do presente estudo foi comparar diferentes técnicas de extração de DNA, realizadas a partir de três diferentes caldos de enriquecimento seletivo, na sua eficiência em detectar Salmonella Typhimurium em amostras de fezes suínas artificialmente inoculadas (100 UFC/g), pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Após enriquecimento em Rappaport-Vassiliadis, selenito-cistina e tetrationato Müller-Kauffmann, alíquotas destes caldos foram utilizadas para extração do DNA, empregando três métodos diferentes, (a) fervura-centrifugação, (b) fenol-clorofórmio e (c) precipitação por sal. A eficiência dos métodos de extração de DNA por fervura-centrifugação e precipitação por sal foi a mesma, independentemente do caldo de enriquecimento seletivo utilizado. O caldo Rappaport-Vassiliadis apresentou maior eficiência (P<0,05) quando foi empregada a extração de DNA pelo método fenol-clorofórmio. Considerados os parâmetros custo e eficiência, os resultados do estudo indicaram que a partir de amostras fecais suínas a utilização do caldo tetrationato Müller-Kauffmann combinado a técnica de extração do DNA por fervura-centrifugação devam representar a melhor opção, relativamente às demais técnicas testadas.The aim of this study was to compare different DNA-extraction methods and selective enrichment broths for their effectiveness to detect Salmonella Typhimurium in artificially inoculated swine feces samples (100 CFU/g) by polymerase chain reaction. After enrichment in Rappaport-Vassiliadis, selenite cystine or Müller-Kauffmann tetrathionate, aliquots were used for DNA extraction by three different methods: boiling-centrifugation, phenol-chloroform and salting-out. Aliquots of extracted DNA were then used as template in PCR. The selective enrichment broths had no effect on the efficiency of PCR when boiling-centrifugation and salting-out were used. on the other hand, phenol-chloroform was superior (P<0.05) when combined to Rappaport-Vassiliadis. Considering cost and efficiency parameters, we encourage the use of Müller-Kauffmann tetrathionate broth in combination with boiling-centrifugation DNA-extraction procedure.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Clínica e Cirurgia VeterináriaUniversidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Patologia AnimalUniversidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Clínica e Cirurgia VeterináriaUniversidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Patologia AnimalSociedade Brasileira de MicrobiologiaUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Freschi, Carla Roberta [UNESP]Carvalho, Luiz Fernando de Oliveira e Silva [UNESP]Oliveira, Celso José Bruno de [UNESP]2014-05-20T13:14:12Z2014-05-20T13:14:12Z2005-12-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/article363-367application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822005000400011Brazilian Journal of Microbiology. Sociedade Brasileira de Microbiologia, v. 36, n. 4, p. 363-367, 2005.1517-8382http://hdl.handle.net/11449/173710.1590/S1517-83822005000400011S1517-83822005000400011S1517-83822005000400011.pdfSciELOreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPengBrazilian Journal of Microbiology1.8100,630info:eu-repo/semantics/openAccess2024-06-07T13:02:07Zoai:repositorio.unesp.br:11449/1737Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestopendoar:29462024-08-05T17:41:19.235981Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) Comparação entre métodos de extração de DNA e caldos de enriquecimento seletivo na detecção de Salmonella Typhimurium em fezes de suínos pela reação em cadeia da polimerase (PCR) |
title |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) |
spellingShingle |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) Freschi, Carla Roberta [UNESP] Diagnosis DNA feces PCR Salmonella Typhimurium Diagnóstico DNA Fezes PCR Salmonella typhimurium Freschi, Carla Roberta [UNESP] Diagnosis DNA feces PCR Salmonella Typhimurium Diagnóstico DNA Fezes PCR Salmonella typhimurium |
title_short |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) |
title_full |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) |
title_fullStr |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) |
title_full_unstemmed |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) |
title_sort |
Comparison of DNA-extraction methods and Selective Enrichment broths on the detection of Salmonella Typhimurium in swine feces by polymerase chain reaction (PCR) |
author |
Freschi, Carla Roberta [UNESP] |
author_facet |
Freschi, Carla Roberta [UNESP] Freschi, Carla Roberta [UNESP] Carvalho, Luiz Fernando de Oliveira e Silva [UNESP] Oliveira, Celso José Bruno de [UNESP] Carvalho, Luiz Fernando de Oliveira e Silva [UNESP] Oliveira, Celso José Bruno de [UNESP] |
author_role |
author |
author2 |
Carvalho, Luiz Fernando de Oliveira e Silva [UNESP] Oliveira, Celso José Bruno de [UNESP] |
author2_role |
author author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Universidade Estadual Paulista (Unesp) |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Freschi, Carla Roberta [UNESP] Carvalho, Luiz Fernando de Oliveira e Silva [UNESP] Oliveira, Celso José Bruno de [UNESP] |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Diagnosis DNA feces PCR Salmonella Typhimurium Diagnóstico DNA Fezes PCR Salmonella typhimurium |
topic |
Diagnosis DNA feces PCR Salmonella Typhimurium Diagnóstico DNA Fezes PCR Salmonella typhimurium |
description |
O objetivo do presente estudo foi comparar diferentes técnicas de extração de DNA, realizadas a partir de três diferentes caldos de enriquecimento seletivo, na sua eficiência em detectar Salmonella Typhimurium em amostras de fezes suínas artificialmente inoculadas (100 UFC/g), pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Após enriquecimento em Rappaport-Vassiliadis, selenito-cistina e tetrationato Müller-Kauffmann, alíquotas destes caldos foram utilizadas para extração do DNA, empregando três métodos diferentes, (a) fervura-centrifugação, (b) fenol-clorofórmio e (c) precipitação por sal. A eficiência dos métodos de extração de DNA por fervura-centrifugação e precipitação por sal foi a mesma, independentemente do caldo de enriquecimento seletivo utilizado. O caldo Rappaport-Vassiliadis apresentou maior eficiência (P<0,05) quando foi empregada a extração de DNA pelo método fenol-clorofórmio. Considerados os parâmetros custo e eficiência, os resultados do estudo indicaram que a partir de amostras fecais suínas a utilização do caldo tetrationato Müller-Kauffmann combinado a técnica de extração do DNA por fervura-centrifugação devam representar a melhor opção, relativamente às demais técnicas testadas. |
publishDate |
2005 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2005-12-01 2014-05-20T13:14:12Z 2014-05-20T13:14:12Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/article |
format |
article |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822005000400011 Brazilian Journal of Microbiology. Sociedade Brasileira de Microbiologia, v. 36, n. 4, p. 363-367, 2005. 1517-8382 http://hdl.handle.net/11449/1737 10.1590/S1517-83822005000400011 S1517-83822005000400011 S1517-83822005000400011.pdf |
url |
http://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822005000400011 http://hdl.handle.net/11449/1737 |
identifier_str_mv |
Brazilian Journal of Microbiology. Sociedade Brasileira de Microbiologia, v. 36, n. 4, p. 363-367, 2005. 1517-8382 10.1590/S1517-83822005000400011 S1517-83822005000400011 S1517-83822005000400011.pdf |
dc.language.iso.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.relation.none.fl_str_mv |
Brazilian Journal of Microbiology 1.810 0,630 |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
363-367 application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Sociedade Brasileira de Microbiologia |
publisher.none.fl_str_mv |
Sociedade Brasileira de Microbiologia |
dc.source.none.fl_str_mv |
SciELO reponame:Repositório Institucional da UNESP instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP) instacron:UNESP |
instname_str |
Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
instacron_str |
UNESP |
institution |
UNESP |
reponame_str |
Repositório Institucional da UNESP |
collection |
Repositório Institucional da UNESP |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1822182400444071936 |
dc.identifier.doi.none.fl_str_mv |
10.1590/S1517-83822005000400011 |