Modelagem do ciclo celular e influência dos lncRNAs em Saccharomyces cerevisiae expostas a altas concentrações de etanol.

• Autor(a) principal: Lázari, Lucas Cardoso
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/192925
• topic: Modelagem lógica; Bioinformática; Ciclo celular; Tolerância ao etanol; LncRNAs; Saccharomyces cerevisiae; Logical modeling; Bioinformatics; Cell cycle

A intensa utilização de combustíveis fósseis gerapreocupações constantes devido aos impactos de sua combustão ao meio ambiente. Os biocombustíveis são uma alternativa viável aos combustíveis fósseis por apresentarem vantagens como serem menos agressivos ao meio ambiente. O bioetanol é um dos biocombustíveis mais utilizados no mundo e sua produção pode ser feita pela fermentação realizada pela levedura Saccharomyces cerevisiae. No entanto, altas concentrações de etanol inibem diversos mecanismos biológicos da levedura, causando a diminuição da produtividade. A partir de resultados prévios, observou-se que o ciclo celular é uma das vias mais afetadas pelo etanol e, além disso, constatou-se a presença de lncRNAs regulando esta via emduas linhagens de S. cerevisiae, a BY4742 e SEY6210. Utilizando operadores Booleanos, um modelo lógico discreto foi desenvolvido para o ciclo celular no qual os nós do sistema assumem até quatro valores discretos que representam a quantidade ou o graude ativaçãodesses nós. O modelo desenvolvido apresentou boa performance preditiva, acertando 87.27% dos 109 fenótipos obtidosda literatura, tornando possível a simulação de novos elementos. Experimentos prévios demonstraram que as leveduras de baixatolerância ao etanol conseguem retomar o crescimento mais rápido do que as de alta tolerância. Nesse trabalho, simulações feitas com dados de expressão diferencial via RNA-Seq permitiu inferir que isso ocorre porque as linhagens de baixa tolerância sofrem arrestna última fase do ciclo celular (fase M), enquanto que as mais tolerantes sofrem arrestna primeira fase (fase G1). Os resultados também indicaram que na linhagem SEY6210 (baixa tolerância) a presença de um lncRNA superexpresso permite que esta linhagem complete o ciclo sem sofrer arrest. Até o momento, o modeloaqui desenvolvido contemplao maior número de proteínas do ciclo celular.