Identificação de Alterações na Expressão de Pseudogenes e seus Genes Parentais correspondentes em Adenocarcinoma Pulmonar

• Autor(a) principal: Lapa, Rainer M.L.
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/11449/181777
• topic: Rna-seq; Pseudogenes; Gene parental

Introdução: O adenocarcinoma é o subtipo histológico mais comum de câncer de pulmão e leva à óbito milhões de pacientes a cada ano, mundialmente. Biomarcadores com utilidade clínica potencial têm sido identificados; entre estes, os RNAs não codificadores e os pseudogenes apresentam um potente papel na regulação de genes-alvo e genes parentais regulados por mRNAs respectivamente, os quais estão associados a vias moleculares de tumorigênese. Objetivos: Identificar alterações na expressão de pseudogenes em adenocarcinoma pulmonar, utilizando dados de transcritoma (RNA-Seq). Material e Métodos: Este estudo incluiu 27 tumores de adenocarcinoma pulmonar e 10 tecidos pulmonares histologicamente normais, adjacentes ao tumor, dos mesmos pacientes. Dados de RNA-Seq foram gerados na plataforma Illumina HiScan SQ e utilizados para a aplicação de uma estratégia de análise a fim de identificar sequências de pseudogenes com expressão anormal em tumores. Os pseudogenes com expressão significativamente alterada (p<0,05) foram validados no banco de dados The Cancer Genome Atlas (TCGA) e utilizados para identificação funcional, in silico, utilizando métodos computacionais incluindo o IID (Integrated Interactions Database), TOPPGENES (functional enrichment analysis), mirDip (microRNA Data Integration Portal) e NAViGaTOR (Network Analysis, Visualization, & GraphingTORonto). Resultados e Discussão: Foram identificados 60 pseudogenes desregulados em adenocarcinoma pulmonar, sendo que 34 destes foram validados no banco de dados do TCGA. Alguns pseudogenes mostraram associação estatisticamente significativa com dados clínicos: idade (FER1L4, AL390719.1 e MROH3P), tabagismo (AC140479.2), estadiamento (SLC44A3-ASI) e 7 pseudogenes estavam associados com sobrevida (ADAMTS7P3, CHIAP2, OR7E47P e ECEL1P2). Por meio de estratégias de investigação funcional, in silico, foram identificados e validados 21 pseudogenes com função de competidores endógenos de RNAs (ceRNAs); estes são preditos a atuarem na regulção de vias de tumorigenese, como a via de regulação da matriz extracelular. Conclusões: Este estudo contribui para a identificação de alterações na expressão de pseudogenes e fornece dados de validação funcional de pseudogenes. Os dados mostram o envolvimento de vias moleculares reguladoras incluindo pseudogenes-miRNAs-genes-alvo codificadores de proteínas. Sugere-se que os pseudogenes aqui identificados e validados devem desempenhar funções no desenvolvimento e progressão do adenocarcinoma pulmonar.