Caracterização genômica do Betacoronavirus SARS-CoV-2 para compreensão da distribuição de linhagens e padrões de espalhamento geográfico no estado do Rio Grande do Sul e no território brasileiro

• Autor(a) principal: Franceschi, Vinicius Bonetti
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/248042
• topic: SARS-CoV-2; Betacoronavirus; Rio Grande do Sul

Em dezembro de 2019, um novo coronavírus foi detectado em pacientes com síndrome respiratória aguda grave em Wuhan, China. Este Betacoronavirus, denominado Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), espalhou-se rapidamente pelo mundo, de modo que a Organização Mundial da Saúde (OMS) declarou estado de pandemia em março de 2020. Após o sequenciamento do primeiro genoma completo do vírus, esforços internacionais sem precedentes foram estabelecidos por meio do banco de dados GISAID, permitindo o acompanhamento em tempo real da evolução viral, bem como seu espalhamento geográfico em níveis locais, regionais, nacionais e globais. Nesse sentido, este trabalho objetivou realizar análises genômicas de amostras isoladas de SARS-CoV-2 a fim de compreender a distribuição de mutações e linhagens virais em nível municipal (Esteio, Rio Grande do Sul [RS], Brasil), estadual (RS) e nacional (Brasil). Para este fim, sequenciamos 21 amostras do município de Esteio na primeira fase da epidemia (maio a outubro de 2020), demonstrando a presença principal das linhagens B.1.1.28 e B.1.1.33, a caracterização inicial da linhagem P.2 no estado e a contribuição principal da região Sudeste para a difusão destas linhagens para o sul do Brasil. Subsequentemente, analisamos 56 genomas de 13 municípios do RS em período de aumento de hospitalizações e mortes (março de 2021), demonstrando a rápida difusão da variante P.1 (Gama) para o estado a partir de múltiplas introduções vindas principalmente do Norte, bem como descrevendo as mutações e a difusão geográfica da sublinhagem P.1.2. Finalmente, utilizamos 2.732 genomas de todo o território brasileiro no primeiro ano da epidemia (entre fevereiro de 2020 e 2021), descrevendo esforços de sequenciamento heterogêneos temporal e espacialmente, a rápida substituição das linhagens B.1.1.28 e B.1.1.33 por P.1 e P.2 e complexos padrões filogeográficos, nos quais algumas linhagens se espalham principalmente de modo intra-estadual e, outras, interestadual. Portanto, ao utilizar dados epidemiológicos e genomas completos do SARS-CoV-2 dos pacientes locais e de um conjunto representativo da diversidade viral mundial, caracterizamos as mutações virais observadas, a abundância de linhagens, bem como compreendemos padrões de espalhamento geográfico no território Brasileiro.