Seleção de oligonucleotídeos iniciadores visando compor um arranjo de sondas de DNA que identifique estirpes de pectobactérias

• Autor(a) principal: Palma, Janine
• Data de Publicação: 2007
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10183/11814
• topic: Doença de planta; Bacteria; DNA

A diferenciação entre espécies e subespécies de pectobactérias e outras bactérias fitopatogênicas é feita, basicamente, por testes bioquímicos e fisiológicos. Através de arranjos, macro e micro, de sondas de DNA, uma matriz, semelhante á gerada pelos resultados dos testes bioquímicos e fisiológicos, poderia ser construída e utilizada na identificação das estirpes. Para isto, há a necessidade da seleção de sondas de características a nível de gênero, espécie e subespécie. Como as sondas são obtidas por PCR, o objetivo desta pesquisa foi selecionar oligonucleotídeos iniciadores baseados em características fenotípicas e genotípicas. A maioria dos oligonucleotídeos iniciadores selecionados gerou produto, diferindo o padrão de amplificação entre os oligonucleotídeos iniciadores e entre as espécies ou subespécies de pectobactérias. Alguns não produziram fragmentos e outros geraram muitos produtos inespecíficos. Os oligonucleotídeos iniciadores 149LF/L1r amplificaram o DNA de todas as Pectobacterium spp., enquanto Y1/Y2 amplificaram o DNA apenas da espécie P. carotovorum. ADE1/ADE2 gerou produto apenas com a espécie P. chrysanthemi. Y45/Y46 e ECA1F/ECA1R são específicos para a subespécie P. carotovorum subsp. atrosepticum. Outros oligonucleotídeos iniciadores amplificam o DNA de alguns indivíduos dentro da espécie ou subespécie, como RdgF/RdgR e PnlF/PnlR com P. carotovorum, Br1F/L1R e HrpNF/HrpNR com P. caratovorum subsp. brasiliensis e CytR-RdF/CytR-BR com P. carotovorum subsp. atrosepticum. A análise do coeficiente de similaridade da matriz gerada mostrou uma alta similaridade entre as estirpes de cada subespécie, com exceção de P. carotovorum subsp. carotovorum que mostrou uma alta variabilidade. Estes resultados indicam que esta estratégia gera uma matriz que pode ser utilizada no cálculo do coeficiente de similaridade e auxiliar na identificação de estirpes de pectobactérias.