Estudo da diversidade genética do HIV inter e intra-hospedeiro em pacientes soroconvertores recentes.

• Autor(a) principal: Pimentel, Victor Figueiredo
• Data de Publicação: 2016
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-15052017-154549/
• topic: Diversidade genética; Genetic diversity; HIV-1; HIV-1; Redes de transmissão; Transmission network

A epidemia de HIV-1 está mudando em São Paulo, com uma crescente preocupação no número de jovens de homens que fazem sexo com homens (HSH). A epidemia é dominada pelos subtipos B, F1, porém tem aumentado a prevalência do subtipo C. O objetivo do estudo foi identificar e caracterizar as redes de transmissão em São Paulo, comparando entre os subtipos epidêmicos, fatores de risco e exposição à terapia antirretroviral. Nós compilamos dados clínicos, epidemiológicos e as sequencias virais dos indivíduos acompanhados no Instituto Adolfo Lutz de Jan 2004 a fev de 2015. Após o controle de qualidade, 2.260 sequencias parciais do gene pol foram subtipadas previamente como B, C e F1 e então incluídas no estudo. 2.107 sequencias únicas controle foram selecionadas pelo blast contra as nossas sequencias no banco de dados de Los Alamos e banco de dados de Portugal. Todas as sequencias foram investigadas para a identificação de mutação de resistência (TDRM). Árvores filogenéticas foram construídas em RaxML para cada subtipo. Nós usamos Cluster Picker para analise da dinâmica de transmissão de acordo com os parâmetros de distância genética e bootstrap. Análises estatísticas foram utilizadas para identificar possíveis correlações dos clusters. 414 (18,3%) da nossa população foi incluída em cluster (2-12 indivíduos). A taxa de cluster não diferiu entre B e F1, no entanto as sequencias do subtipo C se agruparam duas vezes mais (p<0.001). Mais clusters foram identificados entre a população HSH quando comparada a de heterossexuais independente do subtipo (p<0.001). A taxa de TDRM foi maior em cluster que fora de cluster nos subtipos B e F1 (p<0.001 e p=0.009), respectivamente. Apesar do alto número de clusters no subtipo C verificamos baixa prevalência de TDRM. Os indivíduos que estavam em clusters eram 5 anos mais jovens que os de fora de cluster nos subtipos B e C (p<0.001 e 0.02, respectivamente). Nossos resultados indicam que, independente do subtipo, a epidemia de HIV-1 em São Paulo é auto-sustentada pelos pacientes HSH virgens de tratamento. O subtipo C apresentou maior proporção de clusters. No entanto, mais análises são necessárias para clarificar se isto implica em alta taxa de transmissão do subtipo em São Paulo.