LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local

• Autor(a) principal: Silva, Lucas Ferreira da
• Data de Publicação: 2017
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19042019-201105/
• topic: CHIP-seq; CHIP-seq; Enhancer; Enhancer; HiC; HiC; LncRNAs; LncRNAs; RNA-SEQ; RNA-SEQ; TAD; TAD

A sinalização celular desencadeada na presença do hormônio andrógeno em células da próstata é dependente da ativação do receptor de andrógeno (AR), que é um fator de transcrição codificado pelo gene NR3C4. O AR quando não ligado ao hormônio andrógeno é encontrado no citoplasma, e a ligação do hormônio ao AR promove seu deslocamento para o núcleo. O AR se liga a motivos de DNA, promovendo a transcrição de determinados genes por meio de um complexo mecanismo de regulação ainda não totalmente conhecido. Neste trabalho exploramos a capacidade dos RNAs longos intergênicos não-codificadores (lincRNAs) se ligarem ao AR e contribuírem para a regulação transcricional de genes. Utilizamos a imunoprecipitação de RNA, seguida de sequenciamento em larga escala (RIP-Seq) para a identificação e quantificação de lincRNAs associados fisicamente ao AR na linhagem celular de próstata LNCaP. Em paralelo utilizamos dados de transcriptoma e de marcas epigenéticas para verificar se a interação física dos lincRNAs com o AR influenciaria a composição da cromatina e a expressão dos genes vizinhos desses ARA-lincRNAs (Androgen Receptor Associated LincRNAs). Como resultado deste estudo descrevemos pela primeira vez centenas de LincRNAs associados fisicamente ao receptor de andrógeno após o tratamento com o hormônio. Observamos que uma parte desses ARA-lincRNAs pode modificar in cis a expressão de genes codificadores de proteínas vizinhos e essa capacidade de regulação é reforçada pela presença de marcas epigenéticas que são características de reguladores in cis. Além disso, mostramos que as regiões da cromatina contendo domínios topologicamente associativos (TADs) que possuem ARA-lincRNAs apresentam fatores de transcrição, marcas epigenéticas e nível de transcrição gênica diferenciadas. Os resultados apresentados neste trabalho estendem a importância dos lincRNAs durante eventos regulatórios complexos e mostra pela primeira a atuação dessas moléculas em sinergia com um fator de transcrição modificando a cromatina e alterando a regulação gênica.