Caracterização molecular de linhagens de Campylobacter jejuni de origens diversas isoladas no Brasil

• Autor(a) principal: Frazão, Miliane Rodrigues
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60135/tde-23052018-105031/
• topic: Análise do locus CRISPR por HRMA; Campylobacter jejuni; Genes de virulência; MLST; Perfil de resistência a antimicrobianos; PFGE; Sequenciamento do ge; Analysis of the CRISPR locus by HRMA; Antimicrobial resistance profile; Campylobacter jejuni; FlaA-SVR sequencing; MLST; PFGE; Virulence genes; Whole

Campylobacter jejuni é a espécie bacteriana mais comumente relacionada como causa de gastroenterite em humanos em vários países. Porém, o isolamento e o estudo de C. jejuni não são muito frequentes no Brasil, o que dificulta avaliar a dimensão dessa bactéria como causadora de doença em humanos e animais, bem como, determinar o impacto de sua presença em alimentos e no meio-ambiente. O objetivo desse trabalho foi avaliar a diversidade genética por cinco diferentes técnicas de tipagem molecular, o potencial patogênico pela pesquisa de 16 genes de virulência por PCR e o perfil de resistência pela concentração inibitória mínima por Etest® frente a quatro antimicrobianos e pela análise in silico de genes de resistência e pontos de mutação de linhagens de C. jejuni isoladas no Brasil. Foram estudadas 121 linhagens de C. jejuni isoladas de humanos (51), animais (35), alimentos (33) e ambiente (02) nos estados de Minas Gerais, São Paulo, Rio de Janeiro e Rio Grande do Sul, no período de 1996 a 2016. Todas as linhagens apresentaram os genes flaA, flhA, iamA, docA, ciaB, cdtA, cdtB, cdtC, racR, dnaJ, pldA, cadF, sodB e csrA. O gene wlaN foi detectado em 15 linhagens, e uma linhagem apresentou o gene virB11. Dentre as 121 linhagens estudadas, 68 linhagens foram resistentes a pelo menos um dos antimicrobianos testados. A resistência à ciprofloxacina, doxiciclina, tetraciclina e eritromicina foi observada em 43,8%, 34,7%, 34,7% e 4,9% das linhagens, respectivamente. O dendrograma de similaridade genética de Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) agrupou as 121 linhagens estudadas em três grupos com similaridade genômica de 46,9% entre eles. Apesar da alta diversidade genômica entre as linhagens estudadas, algumas linhagens isoladas de diferentes fontes, locais e anos, apresentaram uma similaridade genotípica acima de 80% entre elas e, foram agrupadas em 21 subgrupos. Pelas sequências da SVR do gene flaA as linhagens estudadas foram agrupadas em dois grupos com linhagens isoladas de fontes clínicas e não clínicas e de humanos e animais com similaridade acima de 80,9 % entre elas e tipadas em 40 SVR-flaA alelos, sendo os alelos 57, 49 e 45 os mais frequentemente detectados. A análise do locus CRISPR por HRMA tipou as linhagens de C. jejuni em 23 diferentes variantes sendo que algumas variantes continham linhagens de origem clínica e não clínica e de humanos e animais. A árvore de SNPs gerada a partir dos dados do sequenciamento do genoma completo alocou as 116 linhagens sequenciadas em dois principais grupos. O grupo SNP-A agrupou 97 linhagens e o grupo SNP-B agrupou 19 linhagens, com linhagens de fontes clínicas e não clínicas e de humanos e animais, respectivamente. A técnica de Multilocus sequence typing (MLST) tipou as 116 linhagens de C. jejuni em 46 STs, e não foi observada a predominância de um ST. O índice de discriminação das metodologias de análise de SNPs no genoma completo, PFGE, MLST, sequenciamento das SVR do gene flaA e análise do locus CRISPR por HRMA foi 1,0, 0,982, 0,941, 0,939 e 0,874, respectivamente. Na análise in silico de genes de resistência e pontos de mutação, 95 linhagens apresentaram ao menos um gene de resistência ou ponto de mutação conhecido, sendo que a porcentagem de correlação entre os resultados de resistência fenotípicos e genotípicos foi maior que 66,7%; 94,6% e 96,8% para eritromicina, tetraciclina e ciprofloxacina, respectivamente. Conclui-se que a alta frequência da maioria dos genes de virulência pesquisados evidenciou o potencial patogênico das linhagens de C. jejuni estudadas. A resistência a antimicrobianos de primeira escolha utilizados para o tratamento da campylobacteriose encontrada nas linhagens estudadas é preocupante, podendo levar à falha terapêutica quando o tratamento é necessário. Os resultados obtidos pelas metodologias de tipagem molecular realizadas sugerem que uma possível contaminação possa ter ocorrido entre fontes clínicas e não clínicas e entre humanos e animais, ao longo de 20 anos no Brasil. Pelo índice de discriminação, foi observado que as metodologias de análise de SNPs no genoma completo e PFGE, em comparação com as outras técnicas de tipagem, foram as mais eficientes em discriminar as linhagens de C. jejuni do presente estudo.