Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ribeiro, Aline Lopes
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-19072022-161053/
Resumo: O ciclo de vida do papilomavírus humano (HPV) está intimamente ligado ao programa de diferenciação dos queratinócitos. O repertório de fatores de transcrição (FTs) expressos na célula hospedeira tem um papel crucial na coordenação da expressão gênica viral nas diferentes camadas do epitélio escamoso estratificado. Por sua vez, a expressão de oncogenes virais modifica o ambiente celular culminando, em última análise, na transformação tumorigênica da célula. O objetivo principal desse estudo foi investigar o papel de diferentes FTs durante o ciclo de vida viral, de modo a melhor elucidar as interações entre a célula hospedeira e o vírus. Inicialmente, comparamos o nível de 345 FTs em queratinócitos não diferenciados e diferenciados. Foram encontrados níveis diferenciais de 30 FTs. Em seguida, levando-se em consideração que os FTs capazes de se ligar diretamente à região longa de controle (LCR) têm uma influência potencialmente mais preponderante sobre a regulação da transcrição viral, procurou-se sítios de ligação putativos para os 30 FTs na LCR de HPV-18 utilizando ferramentas in sílico. Em seguida, a confirmação da ligação de FTs selecionados foi realizada com ensaios qPCR-ChIP. Assim, foi possível identificar a ligação de quatro FTs à LCR: HMGB1, PAX-6, FOXI1 e NF-E2. Prosseguiu-se com uma abordagem funcional que revelou que a co-transfecção transitória de cada um desses quatro FTs com um construto de pGL3-18LCR foi capaz de influenciar na atividade transcricional do promotor precoce do HPV-18 de maneira dose-dependente. Além disso, foi observada uma regulação diferencial desses FTs sobre a atividade do promotor de acordo com estado de diferenciação dos queratinócitos. Finalmente, foi demonstrado que a expressão das oncoproteínas do HPV-18 leva ao aumento dos níveis desses fatores. Além disso, a expressão dos FTs se mostrou variável de acordo com a transformação celular. Portanto, identificou-se quatro novos FTs celulares que podem ser potencialmente relevantes para a regulação da transcrição do HPV durante a diferenciação e transformação maligna. Expandir esse conhecimento contribui para melhor compreender a biologia e a patogênese das doenças associadas ao HPV-18
id USP_1dbeed7e44e2c7e0c823ee0f8ac1222b
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-19072022-161053
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celularAnalysis of HPV-18 transcriptional activity during cell differentiationCell differentiationDiferenciação celularEstágios do ciclo de vidaExpressão gênicaFatores de transcriçãoGene expressionGenes viraisGenes viralHuman papillomavirus 18KeratinocytesLife cycle stagesPapilomavírus humano 18QueratinócitosTranscrição viralTranscription factorsViral transcriptionO ciclo de vida do papilomavírus humano (HPV) está intimamente ligado ao programa de diferenciação dos queratinócitos. O repertório de fatores de transcrição (FTs) expressos na célula hospedeira tem um papel crucial na coordenação da expressão gênica viral nas diferentes camadas do epitélio escamoso estratificado. Por sua vez, a expressão de oncogenes virais modifica o ambiente celular culminando, em última análise, na transformação tumorigênica da célula. O objetivo principal desse estudo foi investigar o papel de diferentes FTs durante o ciclo de vida viral, de modo a melhor elucidar as interações entre a célula hospedeira e o vírus. Inicialmente, comparamos o nível de 345 FTs em queratinócitos não diferenciados e diferenciados. Foram encontrados níveis diferenciais de 30 FTs. Em seguida, levando-se em consideração que os FTs capazes de se ligar diretamente à região longa de controle (LCR) têm uma influência potencialmente mais preponderante sobre a regulação da transcrição viral, procurou-se sítios de ligação putativos para os 30 FTs na LCR de HPV-18 utilizando ferramentas in sílico. Em seguida, a confirmação da ligação de FTs selecionados foi realizada com ensaios qPCR-ChIP. Assim, foi possível identificar a ligação de quatro FTs à LCR: HMGB1, PAX-6, FOXI1 e NF-E2. Prosseguiu-se com uma abordagem funcional que revelou que a co-transfecção transitória de cada um desses quatro FTs com um construto de pGL3-18LCR foi capaz de influenciar na atividade transcricional do promotor precoce do HPV-18 de maneira dose-dependente. Além disso, foi observada uma regulação diferencial desses FTs sobre a atividade do promotor de acordo com estado de diferenciação dos queratinócitos. Finalmente, foi demonstrado que a expressão das oncoproteínas do HPV-18 leva ao aumento dos níveis desses fatores. Além disso, a expressão dos FTs se mostrou variável de acordo com a transformação celular. Portanto, identificou-se quatro novos FTs celulares que podem ser potencialmente relevantes para a regulação da transcrição do HPV durante a diferenciação e transformação maligna. Expandir esse conhecimento contribui para melhor compreender a biologia e a patogênese das doenças associadas ao HPV-18The human papillomavirus (HPV) life cycle is tightly linked to the keratinocytes differentiation program. The repertoire of transcription factors (TFs) expressed in the host cell has a crucial role in coordinating viral gene expression throughout different layers of the stratified squamous epithelium. In turn, the expression of viral oncogenes modifies the cellular environment culminating ultimately in cell tumorigenic transformation. The main purpose of this study was to better understand the functional role of the host TFs composition in assisting the virus to complete the life cycle during infection. First, we compared the level of 345 TFs in undifferentiated and differentiated keratinocytes and found the differential expression of 30 TFs. Since TFs that have binding sites within the viral long control region (LCR) have a potentially stronger influence on viral transcriptional regulation, we search for putative binding sites for the 30 TFs within HPV-18 LCR with in silico tools and then confirmed the binding of selected TFs with qPCR-ChiP assays. Therefore, we identified four novel TFs binding sites within the LCR: HMGB1, PAX-6, FOXI1 e NF-E2. Further, the functional approach revealed that the transient co-transfection of each of these four TFs with a construct of pGL3-18LCR was able to impact the HPV-18 early promoter in a dose-dependent manner. In addition, we observed a differential regulation upon the promoter activity regarding the differentiation state of the keratinocytes. Finally, it was demonstrated that the HPV-18 oncoproteins expression leads to an increase in the levels of these factors. Additionally, their expression is variable according to the cell transformation. Therefore, we identified four new cellular TFs that may be potentially relevant for the regulation of HPV transcription during differentiation and malignant transformation. Expanding this knowledge contributes to a better understanding of the biology and pathogenesis of diseases associated with HPV-18Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPVettorazzo, Laura Cristina SicheroRibeiro, Aline Lopes2022-04-19info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-19072022-161053/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-07-20T19:00:45Zoai:teses.usp.br:tde-19072022-161053Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-07-20T19:00:45Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
Analysis of HPV-18 transcriptional activity during cell differentiation
title Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
spellingShingle Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
Ribeiro, Aline Lopes
Cell differentiation
Diferenciação celular
Estágios do ciclo de vida
Expressão gênica
Fatores de transcrição
Gene expression
Genes virais
Genes viral
Human papillomavirus 18
Keratinocytes
Life cycle stages
Papilomavírus humano 18
Queratinócitos
Transcrição viral
Transcription factors
Viral transcription
title_short Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
title_full Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
title_fullStr Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
title_full_unstemmed Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
title_sort Análise da atividade transcricional de HPV-18 durante a diferenciação celular
author Ribeiro, Aline Lopes
author_facet Ribeiro, Aline Lopes
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Vettorazzo, Laura Cristina Sichero
dc.contributor.author.fl_str_mv Ribeiro, Aline Lopes
dc.subject.por.fl_str_mv Cell differentiation
Diferenciação celular
Estágios do ciclo de vida
Expressão gênica
Fatores de transcrição
Gene expression
Genes virais
Genes viral
Human papillomavirus 18
Keratinocytes
Life cycle stages
Papilomavírus humano 18
Queratinócitos
Transcrição viral
Transcription factors
Viral transcription
topic Cell differentiation
Diferenciação celular
Estágios do ciclo de vida
Expressão gênica
Fatores de transcrição
Gene expression
Genes virais
Genes viral
Human papillomavirus 18
Keratinocytes
Life cycle stages
Papilomavírus humano 18
Queratinócitos
Transcrição viral
Transcription factors
Viral transcription
description O ciclo de vida do papilomavírus humano (HPV) está intimamente ligado ao programa de diferenciação dos queratinócitos. O repertório de fatores de transcrição (FTs) expressos na célula hospedeira tem um papel crucial na coordenação da expressão gênica viral nas diferentes camadas do epitélio escamoso estratificado. Por sua vez, a expressão de oncogenes virais modifica o ambiente celular culminando, em última análise, na transformação tumorigênica da célula. O objetivo principal desse estudo foi investigar o papel de diferentes FTs durante o ciclo de vida viral, de modo a melhor elucidar as interações entre a célula hospedeira e o vírus. Inicialmente, comparamos o nível de 345 FTs em queratinócitos não diferenciados e diferenciados. Foram encontrados níveis diferenciais de 30 FTs. Em seguida, levando-se em consideração que os FTs capazes de se ligar diretamente à região longa de controle (LCR) têm uma influência potencialmente mais preponderante sobre a regulação da transcrição viral, procurou-se sítios de ligação putativos para os 30 FTs na LCR de HPV-18 utilizando ferramentas in sílico. Em seguida, a confirmação da ligação de FTs selecionados foi realizada com ensaios qPCR-ChIP. Assim, foi possível identificar a ligação de quatro FTs à LCR: HMGB1, PAX-6, FOXI1 e NF-E2. Prosseguiu-se com uma abordagem funcional que revelou que a co-transfecção transitória de cada um desses quatro FTs com um construto de pGL3-18LCR foi capaz de influenciar na atividade transcricional do promotor precoce do HPV-18 de maneira dose-dependente. Além disso, foi observada uma regulação diferencial desses FTs sobre a atividade do promotor de acordo com estado de diferenciação dos queratinócitos. Finalmente, foi demonstrado que a expressão das oncoproteínas do HPV-18 leva ao aumento dos níveis desses fatores. Além disso, a expressão dos FTs se mostrou variável de acordo com a transformação celular. Portanto, identificou-se quatro novos FTs celulares que podem ser potencialmente relevantes para a regulação da transcrição do HPV durante a diferenciação e transformação maligna. Expandir esse conhecimento contribui para melhor compreender a biologia e a patogênese das doenças associadas ao HPV-18
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022-04-19
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-19072022-161053/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-19072022-161053/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257174463479808