Investigação genético-molecular da baixa estatura isolada através de sequenciamento paralelo em larga escala

• Autor(a) principal: Funari, Mariana Ferreira de Assis
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-16102019-103652/
• topic: Biologia molecular/métodos; Failure to thrive/genetics; Growth plate/growth and development; High-throughput nucleotide sequencing; Insuficiência de crescimento/genética; Lâmina de crescimento/crescimento e desenvolvimento; Molecular biology/methods; Mutação/genética; Mutation/genetics; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; SHOX; SHOX

O crescimento é um processo complexo influenciado por múltiplos fatores, entre eles fatores genéticos e ambientais. Os defeitos do gene SHOX têm sido descritos como uma das principais causas monogênicas da baixa estatura (BE), sendo responsáveis por 1,1 a 22,2% dos casos de BE idiopática. Estudos recentes têm demonstrado que defeitos em outros genes (que codificam proteínas importantes para a fisiologia da cartilagem de crescimento) têm sido apontados como causas de BE. A estratégia atual para o estudo molecular da BE isolada envolve metodologias que investigam a presença de mutações ou deleções no próprio SHOX e suas regiões regulatórias, assim como mutações em outros genes, como o NPR2 e o FGFR3. Em muitos casos, entretanto, nenhuma variante alélica que justifique o fenótipo dos pacientes é detectada e eles permanecem sem diagnóstico molecular. Baseado nesse contexto, o objetivo principal deste projeto foi tentar identificar uma possível etiologia molecular para BE desses pacientes, estudando vários genes simultaneamente. Para isso, foi desenvolvido um painel customizado de sequenciamento paralelo em larga escala, incluindo toda a região genômica do SHOX, suas regiões regulatórias e outros genes relacionados ao crescimento. Este painel foi testado para o estudo dos defeitos do SHOX a partir da análise de 15 pacientes com alterações previamente conhecidas nesse gene. Em seguida, 77 pacientes com BE isolada foram avaliados. O painel apresentou boa eficiência para o estudo do SHOX, sendo capaz de identificar todas as alterações conhecidas através da análise de mutações de ponto e de variantes de número de cópias, esta última realizada pela inspeção visual do sequenciamento e a utilização do programa CONTRA. Em relação aos casos sem diagnóstico, o painel identificou 15 variantes com potencial patogênico, sendo capaz de definir a etiologia da BE em 14 (14/77; 18%) pacientes. Entre os pacientes que permaneceram sem diagnóstico, foram selecionados nove casos para o estudo do exoma. Essa análise, porém, não identificou variantes candidatas. Sendo assim, concluímos que o painel desenvolvido apresentou bom desempenho para o diagnóstico molecular da baixa estatura isolada, inclusive para a identificação das alterações do SHOX, tão comuns nesse grupo de pacientes, podendo ser utilizado na análise molecular inicial desses indivíduos. Além do diagnóstico, abordagem de sequenciamento simultâneo de vários genes possibilitou a ampliação do espectro fenotípico associado a alguns genes já conhecidos, aumentando também o nosso conhecimento em relação às vias de regulação do crescimento