Caracterização molecular do vírus da febre amarela circulante em São Paulo no surto de 2018-2019

• Autor(a) principal: Salles, Ana Paula Moreira
• Data de Publicação: 2021
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5168/tde-10032022-115234/
• topic: Amino acids; Aminoácidos; Next generation sequencing; Nucleotídeos; Nucleotides; Sequenciamento completo do genoma; Sequenciamento de nova geração; Variantes; Variants; Vírus da febre amarela; Whole genome sequencing; Yellow fever virus

A febre amarela é uma febre hemorrágica, viral e endêmica de regiões tropicais na América Central e do Sul e no continente Africano, afetando principalmente humanos e primatas não-humanos, causada pelo vírus da Febre Amarela (YFV). O recente surto de Febre amarela no Brasil foi um dos mais graves nos tempos atuais disseminando-se para áreas com baixa cobertura vacinal. Durante os picos dos surtos, foi possível observar uma diferença na evolução clínica dos pacientes que trouxe o questionamento se o vírus poderia ter apresentado mutações que levassem a uma alteração no quadro clínico. O presente estudo avaliou a diversidade genética do vírus da Febre Amarela dos casos internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de São Paulo, que sobreviveram à infecção durante o surto ocorrido em São Paulo nos anos de 2018 e 2019 e determinou a carga viral bem como o genótipo da cepa viral circulante. Para a realização deste estudo foram utilizadas amostras de soro e/ou urina positivas para o vírus da Febre Amarela, que foram submetidas à extração do RNA viral e em seguida à amplificação de cDNA. O sequenciamento de nova geração foi realizado e posteriormente feita a análise de dados utilizando ferramentas de bioinformática próprias para gerar as informações sobre a qualidade e cobertura das sequências a fim de realizar a montagem do genoma viral, análises das variantes e análises filogenéticas. Utilizando essa estratégia, foram obtidos 39 genomas quase completos, sendo possível a análise da diversidade genética viral entre os grupos de 2018 e 2019. Foram encontradas 46 substituições nucleotídicas (nt), sendo 20 delas substituições não sinônimas, com destaque para as posições 195 nt (presente em 60% das amostras de 2019) e 218 nt no capsídeo (presente em 28,6% das amostras de 2018), 5055 nt na NS3 presente em 100% das amostras deste estudo e 10.104 nt na NS5 (42,85% de 2018 e 96% de 2019), proteína polimerase do vírus. A única substituição nucleotídica encontrada neste estudo previamente publicada foi na posição 5055 nt da proteína NS3. Analisando as árvores filogenéticas, os genomas foram classificados como genótipo Sul Americano I subgrupo E, sendo este resultado comparado com estudos previamente publicados e de acordo com o descrito. É possível observar que 85,7% da casuística deste estudo é composta por pacientes do sexo masculino. Mapeamentos geográficos do provável local de infecção dos pacientes incluídos no estudo, demonstraram que o surto de 2018 teve uma maior concentração na região da Grande São Paulo, chegando ao litoral paulista, e o surto de 2019 concentrou-se, em sua maior parte, no Vale do Ribeira. Este estudo sugere que os vírus circulantes nos surtos de 2018 e 2019 são distintos, porém para um melhor entendimento do impacto das variantes sobre a patogênese viral, é necessária uma análise in silico. Em geral, as análises aqui realizadas permitem um melhor entendimento do genoma do YFV circulante em São Paulo e contribui para futuros estudos virológicos e epidemiológicos