Consequências moleculares de mutações em DNA2 em células de pacientes com síndrome de Rothmund-Thomson

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Silva, Tiago José da
Data de Publicação: 2023
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-16102024-131448/
Resumo: Mutações em genes envolvidos na resposta celular ao estresse replicativo estão relacionadas a doenças genéticas raras, como a síndrome de Rothmund-Thomson (RTS), que se caracteriza por erupções cutâneas características denominadas poiquilodermia, baixa estatura, cabelos ralos, anomalias esqueléticas e um risco aumentado de desenvolver osteossarcoma e câncer de pele. Embora variantes patogênicas nos genes ANAPC1 ou RECQL4 estejam associadas à maioria dos casos de RTS, elas não estão presentes em todos os pacientes diagnosticados. O sequenciamento completo do genoma em células de pacientes sem mutações em RECQL4 ou ANAPC1 revelou mutações em heterozigose compostas no gene DNA2 previamente não associado ao RTS. Assim, nosso objetivo foi confirmar a patogenicidade dessas variantes e avaliar as consequências moleculares de mutações nesse gene no reparo e replicação do DNA. Os resultados do western blotting revelaram que os fibroblastos de um paciente apresentaram níveis baixos da proteína DNA2 em comparação com os fibroblastos controle. Padronizamos um método para pré-extrair proteínas não associadas à cromatina e estabelecemos um ensaio de imunofluorescência celular. Isso permitiu detectar o RPA associado ao DNA de fita simples formado durante o processo de ressecção e constatar que a linhagem celular do paciente com deficiência de DNA2 apresentava uma capacidade reduzida de reparar quebras de fita dupla pela da via de recombinação homóloga. Também por imunofluorescência, verificamos que a inibição química das DNA polimerases pela afidicolina induziu a presença de corpos nucleares de 53BP1 (53BP1-NB) em células RPE1-hTERT siNT que se acumularam na fase G1 do ciclo celular. Surpreendentemente, a depleção de ANAPC1, RECQL4 ou DNA2 em células RPE1-hTERT induziu a formação 53BP1-NB, mesmo sem o tratamento com afidicolina e esse acúmulo ocorreu principalmente na fase G2 do ciclo celular. Nossas descobertas indicam que as variantes no gene DNA2, anteriormente não associadas à RTS, são de fato patogênicas, levando à redução da expressão da proteína codificada e resultando em defeitos nos processos de reparo e replicação do DNA. Estudos adicionais serão necessário para investigar como esses defeitos podem contribuir para a apresentação clínica compartilhada entre os pacientes RTS.
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O sequenciamento completo do genoma em células de pacientes sem mutações em RECQL4 ou ANAPC1 revelou mutações em heterozigose compostas no gene DNA2 previamente não associado ao RTS. Assim, nosso objetivo foi confirmar a patogenicidade dessas variantes e avaliar as consequências moleculares de mutações nesse gene no reparo e replicação do DNA. Os resultados do western blotting revelaram que os fibroblastos de um paciente apresentaram níveis baixos da proteína DNA2 em comparação com os fibroblastos controle. Padronizamos um método para pré-extrair proteínas não associadas à cromatina e estabelecemos um ensaio de imunofluorescência celular. Isso permitiu detectar o RPA associado ao DNA de fita simples formado durante o processo de ressecção e constatar que a linhagem celular do paciente com deficiência de DNA2 apresentava uma capacidade reduzida de reparar quebras de fita dupla pela da via de recombinação homóloga. Também por imunofluorescência, verificamos que a inibição química das DNA polimerases pela afidicolina induziu a presença de corpos nucleares de 53BP1 (53BP1-NB) em células RPE1-hTERT siNT que se acumularam na fase G1 do ciclo celular. Surpreendentemente, a depleção de ANAPC1, RECQL4 ou DNA2 em células RPE1-hTERT induziu a formação 53BP1-NB, mesmo sem o tratamento com afidicolina e esse acúmulo ocorreu principalmente na fase G2 do ciclo celular. Nossas descobertas indicam que as variantes no gene DNA2, anteriormente não associadas à RTS, são de fato patogênicas, levando à redução da expressão da proteína codificada e resultando em defeitos nos processos de reparo e replicação do DNA. Estudos adicionais serão necessário para investigar como esses defeitos podem contribuir para a apresentação clínica compartilhada entre os pacientes RTS.Mutations in genes involved in the cellular response to replication stress are linked to rare genetic diseases such as Rothmund-Thomson syndrome (RTS), which is characterized by characteristic skin rashes called poikiloderma, short stature, thinning hair, skeletal anomalies, and an increased risk of developing osteosarcoma and skin cancer. Although pathogenic variants in the ANAPC1 or RECQL4 genes are associated with the majority of RTS cases, they are not present in all diagnosed patients. Whole genome sequencing in cells from patients without mutations in RECQL4 or ANAPC1 revealed compound heterozygous mutations in the DNA2 gene previously not associated with RTS. Thus, our objective was to confirm the pathogenicity of these variants and evaluate the molecular consequences of mutations in this gene on DNA repair and replication. Western blotting results revealed that fibroblasts from one patient had low levels of DNA2 protein compared to control fibroblasts. We standardized a method to pre-extract non-chromatin-associated proteins and established a cellular immunofluorescence assay. This made it possible to detect the RPA associated with the single-stranded DNA formed during the resection process and to verify that the patient\'s cell line with DNA2 deficiency had a reduced capacity to repair double-strand breaks through the homologous recombination pathway. Also using immunofluorescence, we verified that the chemical inhibition of DNA polymerases by aphidicolin induced the presence of 53BP1 nuclear bodies (53BP1-NB) in RPE1-hTERT siNT cells that accumulated in the G1 phase of the cell cycle. Surprisingly, depletion of ANAPC1, RECQL4 or DNA2 in RPE1-hTERT cells induced 53BP1-NB formation even without aphidicolin treatment and this accumulation occurred mainly in the G2 phase of the cell cycle. Our findings indicate that variants in the DNA2 gene, previously not associated with RTS, are in fact pathogenic, leading to reduced expression of the encoded protein and resulting in defects in DNA repair and replication processes. Additional studies will be needed to investigate how these defects may contribute to the shared clinical presentation among RTS patients.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPHoch, Nicolas CarlosSilva, Tiago José da2023-12-06info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-16102024-131448/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2024-10-21T20:11:02Zoai:teses.usp.br:tde-16102024-131448Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212024-10-21T20:11:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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