Discriminação de organismos do gênero Leishmania por análises de perfis de dissociação em alta resolução (HRM - High Resolution Melting)

• Autor(a) principal: Zampieri, Ricardo Andrade
• Data de Publicação: 2019
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/99/99131/tde-02082019-111305/
• topic: Diagnosis; Diagnóstico; DNA; DNA; Doenças negligenciadas; Neglected diseases; Polymerase chain reaction; Reação em cadeia por polimerase

Leishmanioses são doenças classificadas pela Organização Mundial da Saúde (OMS) como negligenciadas, o que as caracterizam como aquelas que prevalecem em condições de pobreza e representam significativo entrave ao desenvolvimento por contribuírem para desigualdade. Cerca de 350 milhões de pessoas vivem sob o risco de infecção em 98 países da África, Eurásia e Américas. Acometem o homem e outros animais sob um espectro clínico amplo, que varia de discretas lesões, de cura espontânea, a quadros de comprometimento sistêmico, potencialmente fatais. A manutenção do ciclo de transmissão está inserida em um sistema biológico complexo, com a participação de mais de 20 espécies de Leishmania e uma grande variedade de reservatórios e vetores, e o diagnóstico está entre as estratégias empregadas para o controle dessas doenças. A precisa identificação das espécies envolvidas no ciclo de transmissão permite a geração de dados importantes para mapeamentos ecoepidemiológicos e para o delineamento de estratégias terapêuticas e de controle. O material genético do parasita como alvo de detecção e identificação desses organismos é descrito na literatura científica em trabalhos que abordam diversas estratégias metodológicas. Entre as técnicas mais recentes estão as análises de dissociação em alta resolução (HRM- High Resolution Melting), descrita como uma estratégia eficiente para a discriminação de polimorfismos em fragmentos específicos de DNA gerados por PCR (Polymerase Chain Reaction). O presente trabalho teve como principal objetivo padronizar um protocolo de detecção e identificação de Leishmania capaz de discriminar o maior número possível de espécies com base em polimorfismos do gene hsp70, utilizando HRM como ferramenta metodológica. Sequências nucleotídicas de hsp70 disponíveis em banco de dados e obtidas no laboratório foram analisadas in silico e regiões polimórficas foram delimitadas. Das regiões delimitadas, três foram escolhidas por conterem polimorfismos que geraram fragmentos cujas temperaturas de dissociação simuladas são distintas entre espécies ou grupo de espécies. A exploração de perfis de dissociação dos três amplicons de hsp70 obtidos por PCR em tempo real revelou diferenças que permitiram a discriminação das espécies de Leishmania responsáveis por doenças nas Américas, África e Eurásia. Os testes foram padronizados com a utilização de DNA de cepas-referência de Leishmania e então aplicados a amostras de DNA obtidas de amostras clínicas, de campo ou experimentais, como isolados, biópsias humanas frescas ou fixadas, flebotomíneos e cães naturalmente infectados e camundongos experimentalmente infectados. Os resultados obtidos por HRM foram comparados aos obtidos previamente por outras metodologias como PCR convencional, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ou sequenciamento, com confirmação da identidade do parasita nas amostras testadas. O protocolo descrito é relativamente barato, tecnicamente simples, passível de automatização, podendo ser uma alternativa para a detecção e identificação de Leishmania em amostras, em estudos diagnósticos e ecoepidemiológicos.