Sequenciamento de RNA de células únicas como ferramenta para a compreensão do microambiente intratumoral

• Autor(a) principal: Biagi Júnior, Carlos Alberto Oliveira de
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-13072022-151523/
• topic: Bioinformática; Bioinformatics; Câncer de pulmão de pequenas células; Melanoma; Melanoma; Sequenciamento de RNA de células únicas; Single cell RNA sequencing; Small cell lung cancer

O sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq) é uma técnica revolucionária que permite caracterizar os transcriptomas de muitas células individuais em uma amostra. A aplicação desta abordagem é imprescindível para conhecer os mecanismos moleculares que regulam a progressão tumoral, na busca de novos alvos elegíveis para o desenvolvimento de novos biomarcadores e aprimoramento de terapias já existentes. Neste trabalho, exploramos dados públicos de melanoma e dados gerados in house de Câncer de Pulmão de Pequenas Células (CPPC) para buscar um melhor entendimento destas doenças. Utilizamos ferramentas para avaliar as subpopulações de células, tipos celulares, vias enriquecidas, trajetórias e comunicação célula-célula. Em melanoma, identificamos um lncRNA chamado TRHDE-AS1 que parece atuar na via transição epitélio-mesenquima (EMT) em parceria com o HOTAIR. Com isso foi possível propor um circuito gênico regulado por feedback negativo, onde o HOTAIR regula positivamente o TRHDE-AS1, e o TRHDE-AS1, ao atingir um certo nível de expressão, passa a regular negativamente o HOTAIR. A partir da análise de inferência de trajetória entre os tipos celulares foi possível identificar um ponto de diferenciação onde há a ativação da via de EMT a partir da presença de células endoteliais e fibroblastos associados ao câncer (CAF). Para CPPC avaliou-se o perfil transcricional das células únicas e concluiu-se que os dados estão de acordo com a classificação atual de subtipos moleculares, expressando NEUROD1, POU2F3 e ASCL1. Não foram identificadas amostras YAP1 nesse estudo. Por fim, a via de sinalização NOTCH é demonstrada como um papel importante para a plasticidade transcricional em CPPC além das vias de sinalização MK, JAM, PTN, CD99, NMU, CADM e NCAM, identificadas a partir da comunicação célula-célula, que possuem um papel importante para o desenvolvimento de terapias e biomarcadores. Este estudo fornece abordagens para a identificação de novos biomarcadores e desenvolvimento de terapias a partir de dados de sequenciamento de RNA de células únicas.