Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Moriel, Bárbara
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))
Texto Completo: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/23540
Resumo: As espécies do gênero Aeromonas são bactérias em forma de bacilos gram-negativos e muitas são patógenos humanos. Com o advento das novas técnicas de sequenciamento, este gênero tem sido melhor pesquisado. Dados genéticos são introduzidos diariamente em uma rede de banco de dados, porém nem sempre são verificadas a veracidade e a qualidade desses dados. Assim, informações duvidosas podem ser propagadas, levando a resultados e conclusões erradas. Dadas essas dificuldades, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI em Aeromonas, a fim de facilitar a busca, análise e aquisição das sequências proteicas pertencentes a esse sistema que está relacionado diretamente com virulência. Para a construção do banco de dados foram obtidos os genomas das espécies de Aeromonas depositadas no NCBI. Esses genomas foram anotados pelo software RAST e as sequências comparadas com a espécie referência Aeromonas hydrophila SSU. A anotação automática realizada no RAST mostrou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV. O banco de dados está disponível publicamente em http:// http://bio.seita.co.
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Dadas essas dificuldades, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI em Aeromonas, a fim de facilitar a busca, análise e aquisição das sequências proteicas pertencentes a esse sistema que está relacionado diretamente com virulência. Para a construção do banco de dados foram obtidos os genomas das espécies de Aeromonas depositadas no NCBI. Esses genomas foram anotados pelo software RAST e as sequências comparadas com a espécie referência Aeromonas hydrophila SSU. A anotação automática realizada no RAST mostrou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV. O banco de dados está disponível publicamente em http:// http://bio.seita.co.Species of the genus Aeromonas are gram-negative bacteria and many are human pathogens. With the advent of new sequencing techniques, this genus has been better investigated. Genetic data have been introduced into a database network on a daily basis. However, but the truth and quality of this data is not always verified. Thus, doubtful information can be propagated, leading to misleading results and conclusions. Given these difficulties, a database has been created for the type VI secretion system in Aeromonas, in order to facilitate the search, analysis and acquisition of protein sequences belonging to this system, which is closely related to virulence. In order to do that, we obtained the genomes of the Aeromonas species deposited in the NCBI. These genomes have been annotated by the RAST software and the sequences compared to the reference species Aeromonas hydrophila SSU. The automatic annotation performed by the RAST showed that of the 115 Aeromonas species, 72 had the type IV secretion system. The database is publicly available at: http://http://bio.seita.co.porUniversidade Tecnológica Federal do ParanáLondrinaBioinformáticaUTFPRBrasilCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE INFORMACAOBanco de dadosBactérias gram-negativasGenesData basesGram-negative bacteriaBanco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero AeromonasA database of genes belonging to the type VI secretion system in species of genus Aeromonasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisLondrinaBovo, Alessandro BotelhoBovo, Alessandro BotelhoLopes, Fabrício MartinsPaschoal, Alexandre RossiMoriel, Bárbarainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)instacron:UTFPRORIGINALLD_BIOINFO_I_2016_02.pdfapplication/pdf447707http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/1/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf836ba90ec8f5ef2bf5dd7ffe80cfe83dMD51LICENSElicense.txttext/plain1290http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/2/license.txtb9d82215ab23456fa2d8b49c5df1b95bMD52TEXTLD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.txtExtracted texttext/plain39355http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/3/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.txt539da65e6244377cc4fafc4f6781982eMD53THUMBNAILLD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1217http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/4/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.jpgf996987d5049306554d9f61d6435b853MD541/235402020-11-30 11:12:35.947oai:repositorio.utfpr.edu.br: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ório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.utfpr.edu.br:8080/oai/requestopendoar:2020-11-30T13:12:35Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)false
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