Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2016 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
Texto Completo: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/23540 |
Resumo: | As espécies do gênero Aeromonas são bactérias em forma de bacilos gram-negativos e muitas são patógenos humanos. Com o advento das novas técnicas de sequenciamento, este gênero tem sido melhor pesquisado. Dados genéticos são introduzidos diariamente em uma rede de banco de dados, porém nem sempre são verificadas a veracidade e a qualidade desses dados. Assim, informações duvidosas podem ser propagadas, levando a resultados e conclusões erradas. Dadas essas dificuldades, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI em Aeromonas, a fim de facilitar a busca, análise e aquisição das sequências proteicas pertencentes a esse sistema que está relacionado diretamente com virulência. Para a construção do banco de dados foram obtidos os genomas das espécies de Aeromonas depositadas no NCBI. Esses genomas foram anotados pelo software RAST e as sequências comparadas com a espécie referência Aeromonas hydrophila SSU. A anotação automática realizada no RAST mostrou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV. O banco de dados está disponível publicamente em http:// http://bio.seita.co. |
id |
UTFPR-12_308765caec47e1e91517165ef2e633d2 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.utfpr.edu.br:1/23540 |
network_acronym_str |
UTFPR-12 |
network_name_str |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
repository_id_str |
|
spelling |
2020-11-30T13:12:35Z2020-11-30T13:12:35Z2016-08-22MORIEL, Bárbara. Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas. 2016. [26 f.]. Trabalho de Conclusão de Curso (Especialização) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Londrina, 2016.http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/23540As espécies do gênero Aeromonas são bactérias em forma de bacilos gram-negativos e muitas são patógenos humanos. Com o advento das novas técnicas de sequenciamento, este gênero tem sido melhor pesquisado. Dados genéticos são introduzidos diariamente em uma rede de banco de dados, porém nem sempre são verificadas a veracidade e a qualidade desses dados. Assim, informações duvidosas podem ser propagadas, levando a resultados e conclusões erradas. Dadas essas dificuldades, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI em Aeromonas, a fim de facilitar a busca, análise e aquisição das sequências proteicas pertencentes a esse sistema que está relacionado diretamente com virulência. Para a construção do banco de dados foram obtidos os genomas das espécies de Aeromonas depositadas no NCBI. Esses genomas foram anotados pelo software RAST e as sequências comparadas com a espécie referência Aeromonas hydrophila SSU. A anotação automática realizada no RAST mostrou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV. O banco de dados está disponível publicamente em http:// http://bio.seita.co.Species of the genus Aeromonas are gram-negative bacteria and many are human pathogens. With the advent of new sequencing techniques, this genus has been better investigated. Genetic data have been introduced into a database network on a daily basis. However, but the truth and quality of this data is not always verified. Thus, doubtful information can be propagated, leading to misleading results and conclusions. Given these difficulties, a database has been created for the type VI secretion system in Aeromonas, in order to facilitate the search, analysis and acquisition of protein sequences belonging to this system, which is closely related to virulence. In order to do that, we obtained the genomes of the Aeromonas species deposited in the NCBI. These genomes have been annotated by the RAST software and the sequences compared to the reference species Aeromonas hydrophila SSU. The automatic annotation performed by the RAST showed that of the 115 Aeromonas species, 72 had the type IV secretion system. The database is publicly available at: http://http://bio.seita.co.porUniversidade Tecnológica Federal do ParanáLondrinaBioinformáticaUTFPRBrasilCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE INFORMACAOBanco de dadosBactérias gram-negativasGenesData basesGram-negative bacteriaBanco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero AeromonasA database of genes belonging to the type VI secretion system in species of genus Aeromonasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisLondrinaBovo, Alessandro BotelhoBovo, Alessandro BotelhoLopes, Fabrício MartinsPaschoal, Alexandre RossiMoriel, Bárbarainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)instacron:UTFPRORIGINALLD_BIOINFO_I_2016_02.pdfapplication/pdf447707http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/1/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf836ba90ec8f5ef2bf5dd7ffe80cfe83dMD51LICENSElicense.txttext/plain1290http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/2/license.txtb9d82215ab23456fa2d8b49c5df1b95bMD52TEXTLD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.txtExtracted texttext/plain39355http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/3/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.txt539da65e6244377cc4fafc4f6781982eMD53THUMBNAILLD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1217http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/4/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.jpgf996987d5049306554d9f61d6435b853MD541/235402020-11-30 11:12:35.947oai:repositorio.utfpr.edu.br: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ório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.utfpr.edu.br:8080/oai/requestopendoar:2020-11-30T13:12:35Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas |
dc.title.alternative.pt_BR.fl_str_mv |
A database of genes belonging to the type VI secretion system in species of genus Aeromonas |
title |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas |
spellingShingle |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas Moriel, Bárbara CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE INFORMACAO Banco de dados Bactérias gram-negativas Genes Data bases Gram-negative bacteria |
title_short |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas |
title_full |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas |
title_fullStr |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas |
title_full_unstemmed |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas |
title_sort |
Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas |
author |
Moriel, Bárbara |
author_facet |
Moriel, Bárbara |
author_role |
author |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Bovo, Alessandro Botelho |
dc.contributor.referee1.fl_str_mv |
Bovo, Alessandro Botelho |
dc.contributor.referee2.fl_str_mv |
Lopes, Fabrício Martins |
dc.contributor.referee3.fl_str_mv |
Paschoal, Alexandre Rossi |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Moriel, Bárbara |
contributor_str_mv |
Bovo, Alessandro Botelho Bovo, Alessandro Botelho Lopes, Fabrício Martins Paschoal, Alexandre Rossi |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE INFORMACAO |
topic |
CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE INFORMACAO Banco de dados Bactérias gram-negativas Genes Data bases Gram-negative bacteria |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Banco de dados Bactérias gram-negativas Genes Data bases Gram-negative bacteria |
description |
As espécies do gênero Aeromonas são bactérias em forma de bacilos gram-negativos e muitas são patógenos humanos. Com o advento das novas técnicas de sequenciamento, este gênero tem sido melhor pesquisado. Dados genéticos são introduzidos diariamente em uma rede de banco de dados, porém nem sempre são verificadas a veracidade e a qualidade desses dados. Assim, informações duvidosas podem ser propagadas, levando a resultados e conclusões erradas. Dadas essas dificuldades, foi criado um banco de dados para o sistema de secreção tipo VI em Aeromonas, a fim de facilitar a busca, análise e aquisição das sequências proteicas pertencentes a esse sistema que está relacionado diretamente com virulência. Para a construção do banco de dados foram obtidos os genomas das espécies de Aeromonas depositadas no NCBI. Esses genomas foram anotados pelo software RAST e as sequências comparadas com a espécie referência Aeromonas hydrophila SSU. A anotação automática realizada no RAST mostrou que das 115 espécies de Aeromonas, 72 apresentavam o sistema de secreção tipo IV. O banco de dados está disponível publicamente em http:// http://bio.seita.co. |
publishDate |
2016 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2016-08-22 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2020-11-30T13:12:35Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2020-11-30T13:12:35Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
format |
bachelorThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
MORIEL, Bárbara. Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas. 2016. [26 f.]. Trabalho de Conclusão de Curso (Especialização) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Londrina, 2016. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/23540 |
identifier_str_mv |
MORIEL, Bárbara. Banco de dados dos genes pertencentes ao sistema de secreção tipo VI presente nas espécies do gênero Aeromonas. 2016. [26 f.]. Trabalho de Conclusão de Curso (Especialização) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Londrina, 2016. |
url |
http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/23540 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Tecnológica Federal do Paraná Londrina |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Bioinformática |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UTFPR |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
Brasil |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Tecnológica Federal do Paraná Londrina |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) instacron:UTFPR |
instname_str |
Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) |
instacron_str |
UTFPR |
institution |
UTFPR |
reponame_str |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
collection |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/1/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/2/license.txt http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/3/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.txt http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/23540/4/LD_BIOINFO_I_2016_02.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
836ba90ec8f5ef2bf5dd7ffe80cfe83d b9d82215ab23456fa2d8b49c5df1b95b 539da65e6244377cc4fafc4f6781982e f996987d5049306554d9f61d6435b853 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1805923137466925056 |