Uma abordagem contínua do problema da geometria de distâncias para reconstrução e alinhamento de proteínas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Souza, Alisson Lucas de
Data de Publicação: 2017
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))
Texto Completo: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/7371
Resumo: Neste trabalho estudamos conceitos matemáticos preliminares de Álgebra Linear, Hipercomplexos e Otimizacao, relacionados ao Problema da Geometria de Distancias (PGD). A partir destes conceitos, abordamos o PGD para reconstrução de proteínas por meio da aplicação de métodos de otimização contínua. O trabalho, ainda, contempla os estudos do problema Pro-crustes para alinhamento molecular. Apresentamos testes numéricos da resolução do PGD utilizando os métodos de otimização não-linear BFGS e Gauss-Newton, com dados retirados do Protein Data Bank , e discutimos os resultados obtidos.
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Apresentamos testes numéricos da resolução do PGD utilizando os métodos de otimização não-linear BFGS e Gauss-Newton, com dados retirados do Protein Data Bank , e discutimos os resultados obtidos.In this work we study preliminary mathematical concepts of Linear Algebra, Hypercomplex and Optimization, related to the Distance Geometry Problem (DGP). From these concepts, we approach PGD for protein reconstruction through the application of continuous optimization methods. The work also contemplates the studies of the problem Procrustes for molecular alignment. We present numerical tests of the resolution of DGP using the non-linear optimization methods BFGS and Gauss-Newton, with data taken from the Protein Data Bank, and we discuss the obtained results.porUniversidade Tecnológica Federal do ParanáCornelio ProcopioLicenciatura em MatemáticaUTFPRBrasilCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::MATEMATICAGeometriaOtimização matemáticaProteínasGeometryMathematical optimizationProteinsUma abordagem contínua do problema da geometria de distâncias para reconstrução e alinhamento de proteínasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisCornélio ProcópioMartinez, André Luís MachadoMartinez, André Luís MachadoBressan, Glaucia MariaStiegelmeier, Elenice WeberSouza, Alisson Lucas deinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)instacron:UTFPRORIGINALCP_DAMAT_2017_2_01.pdfapplication/pdf2914252http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/7371/1/CP_DAMAT_2017_2_01.pdf12afdc25a84e988d94a9085774afc245MD51LICENSElicense.txttext/plain1290http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/7371/2/license.txtb9d82215ab23456fa2d8b49c5df1b95bMD52TEXTCP_DAMAT_2017_2_01.pdf.txtExtracted texttext/plain219733http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/7371/3/CP_DAMAT_2017_2_01.pdf.txtf74ba4b38b1920d61f38d3c56c05440bMD53THUMBNAILCP_DAMAT_2017_2_01.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1284http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/7371/4/CP_DAMAT_2017_2_01.pdf.jpg6a9a96098307ebaba083a550af7e9124MD541/73712020-11-10 17:44:28.934oai:repositorio.utfpr.edu.br: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ório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.utfpr.edu.br:8080/oai/requestopendoar:2020-11-10T19:44:28Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)false
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