Evaluation of phenotypic profile, pharmacological aspects and mode-of-action of novel antiparasitic agents for neglected diseases

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Santos, Camila Cardoso
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/53312
Resumo: A proposta de doutorado em cotutela está alinhada à necessidade atual e urgente de alternativas de tratamento para doenças tropicais negligenciadas (DTNs). As DTNs carecem de vacinas eficazes e tratamentos satisfatórios, apesar de sua alta incidência e taxas de mortalidade em comunidades pobres em áreas tropicais e subtropicais subdesenvolvidas, principalmente na África, América Latina e Ásia. Assim, tratamentos novos, mais eficazes, seguros e acessíveis são urgentemente necessários. Diferentes abordagens in silico, in vitro e in vivo foram empregadas na busca de novos candidatos a fármacos para doença de Chagas, doença do sono e leishmaniose cutânea (LC) causadas pelos tripanossomatídeos Trypanosoma cruzi, Trypanosoma brucei ssp e Leishmania amazonensis, respectivamente. Primeiramente, os compostos foram avaliados in vitro e in vivo em modelos experimentais de LC causado por L. amazonensis, incluindo: (i) derivados de triagem virtual baseada em ligante (derivado de oxazolo [4,5-b] piridina (GNF5343)); (ii) pertencentes a uma série de fenilsulfonilacetamidas, acetatos e triterpenóides pentacíclicos inspirados em produtos naturais; (iii) agentes nitroaromáticos derivados de moldes de 4-nitrofenilacetil e 4-nitro-1H-imidazolil. Três dos 55 compostos foram ativos e seletivos in vitro (IC50 <10 μM, índice de seletividade ≥ 50) contra formas intracelulares de L. amazonensis presentes em macrófagos infectados: um sulfonil (Cp30) e dois nitro-derivados (Cp6 e 7). No entanto, quando animais infectados com L. amazonensis foram tratados por 14 dias por gavagem oral com 10 mg / kg duas vezes ao dia (bid), não houve redução do tamanho das lesões dos animais nem da carga parasitária avaliada por qPCR. Em sequência, os análogos de nucleosídeos (7-deazapurinas) foram (iv) triados in vitro e in vivo contra um painel de parasitas tripanossomatídeos (diferentes DTUs de T. cruzi e T. brucei spp), além de (v) avaliar a estabilidade metabólica in vitro (na presença de enzimas da superfamília CYP450 e uridina glucuronosil transferase). Além disso, o modo-de-ação (MoA) de alguns análogos de nucleosídeos foi explorado em nível molecular (métodos RNAi e CRISPR/Cas9 para T. brucei e T. cruzi, respectivamente). Dentre os principais achados, Dois análogos de nucleosídeos (FH11706 e FH10714) foram muito ativos sobre T. cruzi (IC50 0.20-0.05 μM), seletivos e metabolicamente estáveis in vitro, exibindo elevados índices de seletividade (IS> 300), justificando sua futura análise in vivo. Em relação à FH8512, o uso de um modelo murino de infecção aguda por T. cruzi sob um período prolongado de tratamento (até 60 dias de administração consecutivos) com 25 e 2.5 mg / kg bid, resultou na supressão da parasitemia e sobrevivência dos animais. No entanto, a terapia a longo prazo não evitou a reincidência do parasita evidenciada por qPCR. Estudos de MoA com uma biblioteca de interferência de RNA do genoma de T. brucei (RNAi) revelaram adenosina quinase (ADKIN), rac-serina quinase (RSKIN) e uma NADPH-oxidorredutase como alvos putativos dos análogos de nucleosídeos estudados. Em seguida, os genes ortólogos correspondentes foram escolhidos como ponto de partida para inferir o MoA na cepa Dm28 de T. cruzi usando uma abordagem de edição de gene CRISPR / Cas9. A inaptidão para a recuperação de duplo nocaute e fitness reduzido dos clones heterozigotos RSKIN +/- sugerem que os alvos testados em T. cruzi sejam genes essenciais. Estudos adicionais em maior grau de detalhamento estão em andamento para melhor caracterizar os clones de parasitas heterozigotos gerados
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Assim, tratamentos novos, mais eficazes, seguros e acessíveis são urgentemente necessários. Diferentes abordagens in silico, in vitro e in vivo foram empregadas na busca de novos candidatos a fármacos para doença de Chagas, doença do sono e leishmaniose cutânea (LC) causadas pelos tripanossomatídeos Trypanosoma cruzi, Trypanosoma brucei ssp e Leishmania amazonensis, respectivamente. Primeiramente, os compostos foram avaliados in vitro e in vivo em modelos experimentais de LC causado por L. amazonensis, incluindo: (i) derivados de triagem virtual baseada em ligante (derivado de oxazolo [4,5-b] piridina (GNF5343)); (ii) pertencentes a uma série de fenilsulfonilacetamidas, acetatos e triterpenóides pentacíclicos inspirados em produtos naturais; (iii) agentes nitroaromáticos derivados de moldes de 4-nitrofenilacetil e 4-nitro-1H-imidazolil. Três dos 55 compostos foram ativos e seletivos in vitro (IC50 <10 μM, índice de seletividade ≥ 50) contra formas intracelulares de L. amazonensis presentes em macrófagos infectados: um sulfonil (Cp30) e dois nitro-derivados (Cp6 e 7). No entanto, quando animais infectados com L. amazonensis foram tratados por 14 dias por gavagem oral com 10 mg / kg duas vezes ao dia (bid), não houve redução do tamanho das lesões dos animais nem da carga parasitária avaliada por qPCR. Em sequência, os análogos de nucleosídeos (7-deazapurinas) foram (iv) triados in vitro e in vivo contra um painel de parasitas tripanossomatídeos (diferentes DTUs de T. cruzi e T. brucei spp), além de (v) avaliar a estabilidade metabólica in vitro (na presença de enzimas da superfamília CYP450 e uridina glucuronosil transferase). Além disso, o modo-de-ação (MoA) de alguns análogos de nucleosídeos foi explorado em nível molecular (métodos RNAi e CRISPR/Cas9 para T. brucei e T. cruzi, respectivamente). Dentre os principais achados, Dois análogos de nucleosídeos (FH11706 e FH10714) foram muito ativos sobre T. cruzi (IC50 0.20-0.05 μM), seletivos e metabolicamente estáveis in vitro, exibindo elevados índices de seletividade (IS> 300), justificando sua futura análise in vivo. Em relação à FH8512, o uso de um modelo murino de infecção aguda por T. cruzi sob um período prolongado de tratamento (até 60 dias de administração consecutivos) com 25 e 2.5 mg / kg bid, resultou na supressão da parasitemia e sobrevivência dos animais. No entanto, a terapia a longo prazo não evitou a reincidência do parasita evidenciada por qPCR. Estudos de MoA com uma biblioteca de interferência de RNA do genoma de T. brucei (RNAi) revelaram adenosina quinase (ADKIN), rac-serina quinase (RSKIN) e uma NADPH-oxidorredutase como alvos putativos dos análogos de nucleosídeos estudados. Em seguida, os genes ortólogos correspondentes foram escolhidos como ponto de partida para inferir o MoA na cepa Dm28 de T. cruzi usando uma abordagem de edição de gene CRISPR / Cas9. A inaptidão para a recuperação de duplo nocaute e fitness reduzido dos clones heterozigotos RSKIN +/- sugerem que os alvos testados em T. cruzi sejam genes essenciais. Estudos adicionais em maior grau de detalhamento estão em andamento para melhor caracterizar os clones de parasitas heterozigotos geradosThis PhD research is aligned to the current and urgent need for alternative treatment options for neglected tropical diseases (NTDs). NTDs lack effective vaccines and satisfactory therapies despite high incidence and death rates in poor communities in underdeveloped tropical and subtropical areas, mainly in Africa, Latin America and Asia. Thus, new, better, safer, and affordable treatments are urgently needed. Different in silico, in vitro and in vivo approaches were employed to search for novel drug candidates for Chagas disease, sleeping sickness and cutaneous leishmaniasis (CL) caused by the trypanosomatid parasites Trypanosoma cruzi, Trypanosoma brucei spp. and Leishmania amazonensis, respectively. Firstly, compounds were assessed in vitro and in vivo in L. amazonensis CL experimental models. These included: (i) compounds derived from shape-based virtual screening of an oxazolo[4,5-b]pyridine derivative (GNF5343); (ii) compounds belonging to a series of natural product-inspired phenyl sulfonyl acetamides, acetates, and pentacyclic triterpenoids; (iii) nitroaromatic agents derived from 4-nitrophenylacetyl and 4-nitro-1H-imidazolyl scaffolds. Three out of 55 compounds were found active and selective in vitro (IC50 <10 μM, selectivity index (SI) ≥50) against intracellular L. amazonensis in infected macrophages: one sulfonyl (Cp30) and two nitro-derivative (Cp6 and 7) compounds. However, when L. amazonensis infected animals were treated for 14 days by oral gavage at 10 mg/kg twice a day (bid), neither the size of the animal lesions nor the parasite load evaluated by qPCR were reduced. In sequence, 7-substituted nucleoside analogues were (iv) screened in vitro and in vivo against a panel of trypanosomatid parasites (T. cruzi DTUs and T. brucei spp) besides (v) evaluating in vitro metabolic stability (in presence of CYP450 superfamily and uridine glucuronosyl transferase enzymes). Also, the modes-of-action (MoA) of some nucleoside analogues was explored at the molecular level (RNAi and CRISPR/Cas9 methods for T. brucei and T. cruzi, respectively). Our main findings demonstrated that two 7-substituted nucleoside analogues (FH11706 and FH10714) were highly active against T. cruzi (IC50 0.20-0.05 μM - SI >300), selective and metabolically stable, hence justifying their future analysis in vivo. Regarding FH8512, the use of a mouse model of acute T. cruzi infection under an extended period of treatment (up to 60 consecutive days) at 25 and 2.5 mg/kg bid resulted in parasitemia suppression and animal survival. However, this long-term therapy did not prevent parasite relapse as evidenced by PCR. MoA studies with a T. brucei genome-wide RNA interference (RNAi) library revealed adenosine kinase (ADKIN), rac-serine kinase (RSKIN) and an NADPH-binding oxidoreductase as putative targets for the studied nucleoside analogues. Next, the corresponding gene orthologues were chosen as starting point to infer the MoA in the T. cruzi Dm28 strain using a CRISPR/Cas9 gene editing approach. The inability for double knockout retrieval and the reduced fitness of the heterozygous RSKIN +/- clones suggest that the tested targets in T. cruzi are essential genes. Additional in-depth studies are underway to further characterize the generated heterozygous parasite clonesFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porDoenças negligenciadasDescoberta de drogasDrug discoveryNeglected tropical diseasesTrypanosomatid parasitesPreclinical researchDrug mode-of-actionDescoberta de DrogasDoenças NegligenciadasTrypanosomaAvaliação Pré-Clínica de MedicamentosEvaluation of phenotypic profile, pharmacological aspects and mode-of-action of novel antiparasitic agents for neglected diseasesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2021Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzRio de Janeiro; AntwerpPrograma de Pós-Graduação em Biologia Parasitáriainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53312/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINAL000250124.pdfapplication/pdf21495575https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53312/2/000250124.pdf4ae4519924fb076bc222bd29a71de287MD52icict/533122022-06-15 22:52:42.529oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-06-16T01:52:42Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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Santos, Camila Cardoso
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