Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Regua-Mangia, Adriana Hamond
Data de Publicação: 2003
Outros Autores: Gomes, Tânia Aparecida Tardelli, Andrade, João Ramos Costa, Vieira, Mônica Aparecida Midolli, Gonzalez, Alice Gonçalves Martins, Zahner, Viviane, Irino, Kinue, Teixeira, Lúcia Martins
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/37255
Resumo: No presente estudo, 47 amostras enteropatogênicas de Escherichia coli, previamente caracterizadas pelo sorotipo, fenótipo de aderência, habilidade de induzir a formação da lesão histopatológica e presença das seqüências genéticas eae, bfp e EAF, foram analisadas de acordo com o perfil de fragmentação do DNA cromossômico pela técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE), as variantes isoenzimáticas através da eletroforese de isoenzimas (MLEE) e a presença de seqüências específicas da região LEE (eae, espA, espB, tir) e respectivos alelos. A amplificação destas seqüências mostrou a presença de 18 padrões genéticos distintos. A tipagem do gene eae revelou que a maior parte das amostras apresentou intimina não-tipável (42%) seguida dos tipos alélicos b (35%), g e a (12% cada). A fragmentação do DNA cromossômico detectou um elevado polimorfismo genético entre as amostras estudadas e não foi observada uma correlação com os marcadores de virulência investigados. Por outro lado, a análise das variantes isoenzimáticas sugeriu uma distribuição clonal específica de variantes genéticas do locus eae, o que nos leva a indicar a sua utilização como um marcador promissor para definir as relações genéticas neste grupo de microrganismos.
id CRUZ_79fdc3ef3ebe232d4e1ef82f6d5b2838
oai_identifier_str oai:www.arca.fiocruz.br:icict/37255
network_acronym_str CRUZ
network_name_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
repository_id_str 2135
spelling Regua-Mangia, Adriana HamondGomes, Tânia Aparecida TardelliAndrade, João Ramos CostaVieira, Mônica Aparecida MidolliGonzalez, Alice Gonçalves MartinsZahner, VivianeIrino, KinueTeixeira, Lúcia Martins2019-11-21T17:30:44Z2019-11-21T17:30:44Z2003REGUA-MANGIA, Adriana Hamond et al. Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, São Paulo, v. 34, Suppl. 1, p. 38-41, Nov. 2003.1517-8382https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/3725510.1590/S1517-838220030005000131678-4405No presente estudo, 47 amostras enteropatogênicas de Escherichia coli, previamente caracterizadas pelo sorotipo, fenótipo de aderência, habilidade de induzir a formação da lesão histopatológica e presença das seqüências genéticas eae, bfp e EAF, foram analisadas de acordo com o perfil de fragmentação do DNA cromossômico pela técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE), as variantes isoenzimáticas através da eletroforese de isoenzimas (MLEE) e a presença de seqüências específicas da região LEE (eae, espA, espB, tir) e respectivos alelos. A amplificação destas seqüências mostrou a presença de 18 padrões genéticos distintos. A tipagem do gene eae revelou que a maior parte das amostras apresentou intimina não-tipável (42%) seguida dos tipos alélicos b (35%), g e a (12% cada). A fragmentação do DNA cromossômico detectou um elevado polimorfismo genético entre as amostras estudadas e não foi observada uma correlação com os marcadores de virulência investigados. Por outro lado, a análise das variantes isoenzimáticas sugeriu uma distribuição clonal específica de variantes genéticas do locus eae, o que nos leva a indicar a sua utilização como um marcador promissor para definir as relações genéticas neste grupo de microrganismos.In the present study, 47 enteropathogenic Escherichia coli strains identified according to serotyping, presence of eae, bfp and EAF sequences, adherence phenotype and ability to induce attaching-effacing lesions were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), multilocus enzyme electrophoresis (MLEE), and the presence of LEE genes (eae, espA, espB, tir) as well as the respective alleles. Amplification of LEE genes subtypes revealed 18 different pathotypes. Typing of the eae gene showed that most strains contained nontypable intimin (42%) followed by b (35%), g and a genes (12% each). PFGE analysis revealed a variable degree of polymorphism among isolates and, in general, no clear correlation was observed among PFGE profiles and the virulence markers identified. Otherwise, grouping based on MLEE analysis showed a close association between eae allele and clonal cluster distribution leading us to indicate the eae profile as a promising marker to establish relatedness among such microorganisms.Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública. Departamento de Ciências Biológicas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.Universidade do Estado do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal de São Paulo. São Paulo, SP, Brasil.Universidade Federal Fluminense. Niterói, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.engSociedade Brasileira de MicrobiologiaEscherichia coli enteropatogênicaDiversidade genéticaMarcadores de virulênciaEnteropathogenic Escherichia colIGenetic diversityVirulence markersGenetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82991https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/37255/1/license.txt5a560609d32a3863062d77ff32785d58MD51ORIGINALVivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdfVivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdfapplication/pdf289365https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/37255/2/VivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdf52aab1473e238ea2f86ff9f9aa6ae025MD52TEXTVivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdf.txtVivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdf.txtExtracted texttext/plain13240https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/37255/3/VivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdf.txtb498bbbbcfb68f0f7a6da2d604454546MD53icict/372552020-01-14 22:29:20.968oai:www.arca.fiocruz.br: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ório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352020-01-15T01:29:20Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
spellingShingle Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
Regua-Mangia, Adriana Hamond
Escherichia coli enteropatogênica
Diversidade genética
Marcadores de virulência
Enteropathogenic Escherichia colI
Genetic diversity
Virulence markers
title_short Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_full Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_fullStr Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_full_unstemmed Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_sort Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
author Regua-Mangia, Adriana Hamond
author_facet Regua-Mangia, Adriana Hamond
Gomes, Tânia Aparecida Tardelli
Andrade, João Ramos Costa
Vieira, Mônica Aparecida Midolli
Gonzalez, Alice Gonçalves Martins
Zahner, Viviane
Irino, Kinue
Teixeira, Lúcia Martins
author_role author
author2 Gomes, Tânia Aparecida Tardelli
Andrade, João Ramos Costa
Vieira, Mônica Aparecida Midolli
Gonzalez, Alice Gonçalves Martins
Zahner, Viviane
Irino, Kinue
Teixeira, Lúcia Martins
author2_role author
author
author
author
author
author
author
dc.contributor.author.fl_str_mv Regua-Mangia, Adriana Hamond
Gomes, Tânia Aparecida Tardelli
Andrade, João Ramos Costa
Vieira, Mônica Aparecida Midolli
Gonzalez, Alice Gonçalves Martins
Zahner, Viviane
Irino, Kinue
Teixeira, Lúcia Martins
dc.subject.other.pt_BR.fl_str_mv Escherichia coli enteropatogênica
Diversidade genética
Marcadores de virulência
topic Escherichia coli enteropatogênica
Diversidade genética
Marcadores de virulência
Enteropathogenic Escherichia colI
Genetic diversity
Virulence markers
dc.subject.en.pt_BR.fl_str_mv Enteropathogenic Escherichia colI
Genetic diversity
Virulence markers
description No presente estudo, 47 amostras enteropatogênicas de Escherichia coli, previamente caracterizadas pelo sorotipo, fenótipo de aderência, habilidade de induzir a formação da lesão histopatológica e presença das seqüências genéticas eae, bfp e EAF, foram analisadas de acordo com o perfil de fragmentação do DNA cromossômico pela técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE), as variantes isoenzimáticas através da eletroforese de isoenzimas (MLEE) e a presença de seqüências específicas da região LEE (eae, espA, espB, tir) e respectivos alelos. A amplificação destas seqüências mostrou a presença de 18 padrões genéticos distintos. A tipagem do gene eae revelou que a maior parte das amostras apresentou intimina não-tipável (42%) seguida dos tipos alélicos b (35%), g e a (12% cada). A fragmentação do DNA cromossômico detectou um elevado polimorfismo genético entre as amostras estudadas e não foi observada uma correlação com os marcadores de virulência investigados. Por outro lado, a análise das variantes isoenzimáticas sugeriu uma distribuição clonal específica de variantes genéticas do locus eae, o que nos leva a indicar a sua utilização como um marcador promissor para definir as relações genéticas neste grupo de microrganismos.
publishDate 2003
dc.date.issued.fl_str_mv 2003
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2019-11-21T17:30:44Z
dc.date.available.fl_str_mv 2019-11-21T17:30:44Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv REGUA-MANGIA, Adriana Hamond et al. Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, São Paulo, v. 34, Suppl. 1, p. 38-41, Nov. 2003.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/37255
dc.identifier.issn.pt_BR.fl_str_mv 1517-8382
dc.identifier.doi.none.fl_str_mv 10.1590/S1517-83822003000500013
dc.identifier.eissn.none.fl_str_mv 1678-4405
identifier_str_mv REGUA-MANGIA, Adriana Hamond et al. Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, São Paulo, v. 34, Suppl. 1, p. 38-41, Nov. 2003.
1517-8382
10.1590/S1517-83822003000500013
1678-4405
url https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/37255
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Microbiologia
publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Microbiologia
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron:FIOCRUZ
instname_str Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron_str FIOCRUZ
institution FIOCRUZ
reponame_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
collection Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
bitstream.url.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/37255/1/license.txt
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/37255/2/VivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdf
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/37255/3/VivianeZahner_AdrianaMangia_etal_IOC_2003.pdf.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv 5a560609d32a3863062d77ff32785d58
52aab1473e238ea2f86ff9f9aa6ae025
b498bbbbcfb68f0f7a6da2d604454546
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
repository.mail.fl_str_mv repositorio.arca@fiocruz.br
_version_ 1798324923760902144