Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Regua-Mangia, Adriana Hamond
Data de Publicação: 2003
Outros Autores: Gomes, Tania Aparecida Tardelli [UNIFESP], Andrade, João Ramos da Costa, Vieira, Mônica Aparecida Midolli [UNIFESP], Gonzalez, Alice Gonçalves Martins, Zahner, Viviane, Irino, Kinue, Teixeira, Lúcia Martins
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da UNIFESP
Texto Completo: http://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822003000500013
http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/1896
Resumo: In the present study, 47 enteropathogenic Escherichia coli strains identified according to serotyping, presence of eae, bfp and EAF sequences, adherence phenotype and ability to induce attaching-effacing lesions were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), multilocus enzyme electrophoresis (MLEE), and the presence of LEE genes (eae, espA, espB, tir) as well as the respective alleles. Amplification of LEE genes subtypes revealed 18 different pathotypes. Typing of the eae gene showed that most strains contained nontypable intimin (42%) followed by beta (35%), gamma and alpha genes (12% each). PFGE analysis revealed a variable degree of polymorphism among isolates and, in general, no clear correlation was observed among PFGE profiles and the virulence markers identified. Otherwise, grouping based on MLEE analysis showed a close association between eae allele and clonal cluster distribution leading us to indicate the eae profile as a promising marker to establish relatedness among such microorganisms.
id UFSP_a153cdec16f5709f179e88400c35827f
oai_identifier_str oai:repositorio.unifesp.br/:11600/1896
network_acronym_str UFSP
network_name_str Repositório Institucional da UNIFESP
repository_id_str 3465
spelling Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, BrazilAnálise genética de amostras de Escherichia coli carreadoras de marcadores da Escherichia coli Enteropatogênica (EPEC), isoladas de crianças na cidade do Rio de Janeiro, Brasilenteropathogenic Escherichia coligenetic diversityvirulence markersEscherichia coli enteropatogênicadiversidade genéticamarcadores de virulênciaIn the present study, 47 enteropathogenic Escherichia coli strains identified according to serotyping, presence of eae, bfp and EAF sequences, adherence phenotype and ability to induce attaching-effacing lesions were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), multilocus enzyme electrophoresis (MLEE), and the presence of LEE genes (eae, espA, espB, tir) as well as the respective alleles. Amplification of LEE genes subtypes revealed 18 different pathotypes. Typing of the eae gene showed that most strains contained nontypable intimin (42%) followed by beta (35%), gamma and alpha genes (12% each). PFGE analysis revealed a variable degree of polymorphism among isolates and, in general, no clear correlation was observed among PFGE profiles and the virulence markers identified. Otherwise, grouping based on MLEE analysis showed a close association between eae allele and clonal cluster distribution leading us to indicate the eae profile as a promising marker to establish relatedness among such microorganisms.No presente estudo, 47 amostras enteropatogênicas de Escherichia coli, previamente caracterizadas pelo sorotipo, fenótipo de aderência, habilidade de induzir a formação da lesão histopatológica e presença das seqüências genéticas eae, bfp e EAF, foram analisadas de acordo com o perfil de fragmentação do DNA cromossômico pela técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE), as variantes isoenzimáticas através da eletroforese de isoenzimas (MLEE) e a presença de seqüências específicas da região LEE (eae, espA, espB, tir) e respectivos alelos. A amplificação destas seqüências mostrou a presença de 18 padrões genéticos distintos. A tipagem do gene eae revelou que a maior parte das amostras apresentou intimina não-tipável (42%) seguida dos tipos alélicos beta (35%), gama e alfa (12% cada). A fragmentação do DNA cromossômico detectou um elevado polimorfismo genético entre as amostras estudadas e não foi observada uma correlação com os marcadores de virulência investigados. Por outro lado, a análise das variantes isoenzimáticas sugeriu uma distribuição clonal específica de variantes genéticas do locus eae, o que nos leva a indicar a sua utilização como um marcador promissor para definir as relações genéticas neste grupo de microrganismos.Fundação Oswaldo CruzUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)Universidade Estadual do Rio de JaneiroUniversidade Federal FluminenseInstituto Adolfo LutzUniversidade Federal do Rio de JaneiroUNIFESP, EPM, Sao Paulo, BrazilSciELOFundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)Sociedade Brasileira de MicrobiologiaFundação Oswaldo CruzUniversidade Federal de São Paulo (UNIFESP)Universidade Estadual do Rio de JaneiroUniversidade Federal FluminenseInstituto Adolfo LutzUniversidade Federal do Rio de JaneiroRegua-Mangia, Adriana HamondGomes, Tania Aparecida Tardelli [UNIFESP]Andrade, João Ramos da CostaVieira, Mônica Aparecida Midolli [UNIFESP]Gonzalez, Alice Gonçalves MartinsZahner, VivianeIrino, KinueTeixeira, Lúcia Martins2015-06-14T13:30:10Z2015-06-14T13:30:10Z2003-11-01info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion38-41application/pdfhttp://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822003000500013Brazilian Journal of Microbiology. Sociedade Brasileira de Microbiologia, v. 34, p. 38-41, 2003.10.1590/S1517-83822003000500013S1517-83822003000500013.pdf1517-8382S1517-83822003000500013http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/1896WOS:000207065500013engBrazilian Journal of Microbiologyinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UNIFESPinstname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)instacron:UNIFESP2024-10-10T13:38:34Zoai:repositorio.unifesp.br/:11600/1896Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.unifesp.br/oai/requestbiblioteca.csp@unifesp.bropendoar:34652024-10-10T13:38:34Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)false
dc.title.none.fl_str_mv Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
Análise genética de amostras de Escherichia coli carreadoras de marcadores da Escherichia coli Enteropatogênica (EPEC), isoladas de crianças na cidade do Rio de Janeiro, Brasil
title Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
spellingShingle Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
Regua-Mangia, Adriana Hamond
enteropathogenic Escherichia coli
genetic diversity
virulence markers
Escherichia coli enteropatogênica
diversidade genética
marcadores de virulência
title_short Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_full Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_fullStr Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_full_unstemmed Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
title_sort Genetic analysis of Escherichia coli strains carrying enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) markers, isolated from children in Rio de Janeiro city, Brazil
author Regua-Mangia, Adriana Hamond
author_facet Regua-Mangia, Adriana Hamond
Gomes, Tania Aparecida Tardelli [UNIFESP]
Andrade, João Ramos da Costa
Vieira, Mônica Aparecida Midolli [UNIFESP]
Gonzalez, Alice Gonçalves Martins
Zahner, Viviane
Irino, Kinue
Teixeira, Lúcia Martins
author_role author
author2 Gomes, Tania Aparecida Tardelli [UNIFESP]
Andrade, João Ramos da Costa
Vieira, Mônica Aparecida Midolli [UNIFESP]
Gonzalez, Alice Gonçalves Martins
Zahner, Viviane
Irino, Kinue
Teixeira, Lúcia Martins
author2_role author
author
author
author
author
author
author
dc.contributor.none.fl_str_mv Fundação Oswaldo Cruz
Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
Universidade Estadual do Rio de Janeiro
Universidade Federal Fluminense
Instituto Adolfo Lutz
Universidade Federal do Rio de Janeiro
dc.contributor.author.fl_str_mv Regua-Mangia, Adriana Hamond
Gomes, Tania Aparecida Tardelli [UNIFESP]
Andrade, João Ramos da Costa
Vieira, Mônica Aparecida Midolli [UNIFESP]
Gonzalez, Alice Gonçalves Martins
Zahner, Viviane
Irino, Kinue
Teixeira, Lúcia Martins
dc.subject.por.fl_str_mv enteropathogenic Escherichia coli
genetic diversity
virulence markers
Escherichia coli enteropatogênica
diversidade genética
marcadores de virulência
topic enteropathogenic Escherichia coli
genetic diversity
virulence markers
Escherichia coli enteropatogênica
diversidade genética
marcadores de virulência
description In the present study, 47 enteropathogenic Escherichia coli strains identified according to serotyping, presence of eae, bfp and EAF sequences, adherence phenotype and ability to induce attaching-effacing lesions were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), multilocus enzyme electrophoresis (MLEE), and the presence of LEE genes (eae, espA, espB, tir) as well as the respective alleles. Amplification of LEE genes subtypes revealed 18 different pathotypes. Typing of the eae gene showed that most strains contained nontypable intimin (42%) followed by beta (35%), gamma and alpha genes (12% each). PFGE analysis revealed a variable degree of polymorphism among isolates and, in general, no clear correlation was observed among PFGE profiles and the virulence markers identified. Otherwise, grouping based on MLEE analysis showed a close association between eae allele and clonal cluster distribution leading us to indicate the eae profile as a promising marker to establish relatedness among such microorganisms.
publishDate 2003
dc.date.none.fl_str_mv 2003-11-01
2015-06-14T13:30:10Z
2015-06-14T13:30:10Z
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822003000500013
Brazilian Journal of Microbiology. Sociedade Brasileira de Microbiologia, v. 34, p. 38-41, 2003.
10.1590/S1517-83822003000500013
S1517-83822003000500013.pdf
1517-8382
S1517-83822003000500013
http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/1896
WOS:000207065500013
url http://dx.doi.org/10.1590/S1517-83822003000500013
http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/1896
identifier_str_mv Brazilian Journal of Microbiology. Sociedade Brasileira de Microbiologia, v. 34, p. 38-41, 2003.
10.1590/S1517-83822003000500013
S1517-83822003000500013.pdf
1517-8382
S1517-83822003000500013
WOS:000207065500013
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv Brazilian Journal of Microbiology
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 38-41
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Microbiologia
publisher.none.fl_str_mv Sociedade Brasileira de Microbiologia
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UNIFESP
instname:Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
instacron:UNIFESP
instname_str Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
instacron_str UNIFESP
institution UNIFESP
reponame_str Repositório Institucional da UNIFESP
collection Repositório Institucional da UNIFESP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNIFESP - Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
repository.mail.fl_str_mv biblioteca.csp@unifesp.br
_version_ 1814268450603794432

Registros relacionados