Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Catanho, Marcos Paulo
Data de Publicação: 2007
Outros Autores: Miranda, Antonio Basílio de, Degrave, Wim Maurits Sylvain
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17617
Resumo: Desde a década de 1990, os esforços internacionais no sentido de obter seqüências genômicas completas levaram à determinação de todo o código genético de mais de 600 organismos, entre estes, procariotos, leveduras, protozoários, plantas, invertebrados e vertebrados, incluindo o próprio Homo sapiens. Atualmente, mais de 2.000 outros projetos genoma estão em andamento, representando interesses médicos, comerciais, ambientais e industriais, ou contemplando organismos-modelos importantes para o desenvolvimento de pesquisas científicas. Aliada ao vertiginoso avanço da computação nas últimas décadas, a obtenção de seqüências genômicas completas de inúmeros organismos têm permitido o uso de abordagens holísticas e ao mesmo tempo inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes, entre outros. Inúmeros bancos de dados e ferramentas computacionais de acesso público ou privado têm sido criados na tentativa de organizar e permitir acesso eficiente e rápido a estas informações através da internet. Nesta revisão apresentamos os principais recursos disponíveis publicamente na internet para a análise comparativa de genomas procarióticos, especialmente de genomas micobacterianos, grupo que contém importantes patógenos humanos e de animais. A Bioinformática e a Biologia Computacional, áreas do conhecimento responsáveis pelo desenvolvimento e aplicação de tais instrumentos computacionais, são também abordadas, enfatizando-se suas origens e contribuições para o desenvolvimento da ciência.
id CRUZ_881f1a902f2d674c5562b4c13f24e7d3
oai_identifier_str oai:www.arca.fiocruz.br:icict/17617
network_acronym_str CRUZ
network_name_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
repository_id_str 2135
spelling Catanho, Marcos PauloMiranda, Antonio Basílio deDegrave, Wim Maurits Sylvain2017-01-30T12:01:03Z2017-01-30T12:01:03Z2007CATANHO, Marcos Paulo; MIRANDA, Antonio Basílio de; DEGRAVE, Wim Maurits Sylvain. Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos. RECIIS - Revista Eletrônica de Comunicação, Informação e Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 1, n. 2, p. Sup335-Sup358, 2007.1981-6278https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/1761710.3395/reciis.v1i2.Sup.105pt1981-6278 Desde a década de 1990, os esforços internacionais no sentido de obter seqüências genômicas completas levaram à determinação de todo o código genético de mais de 600 organismos, entre estes, procariotos, leveduras, protozoários, plantas, invertebrados e vertebrados, incluindo o próprio Homo sapiens. Atualmente, mais de 2.000 outros projetos genoma estão em andamento, representando interesses médicos, comerciais, ambientais e industriais, ou contemplando organismos-modelos importantes para o desenvolvimento de pesquisas científicas. Aliada ao vertiginoso avanço da computação nas últimas décadas, a obtenção de seqüências genômicas completas de inúmeros organismos têm permitido o uso de abordagens holísticas e ao mesmo tempo inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes, entre outros. Inúmeros bancos de dados e ferramentas computacionais de acesso público ou privado têm sido criados na tentativa de organizar e permitir acesso eficiente e rápido a estas informações através da internet. Nesta revisão apresentamos os principais recursos disponíveis publicamente na internet para a análise comparativa de genomas procarióticos, especialmente de genomas micobacterianos, grupo que contém importantes patógenos humanos e de animais. A Bioinformática e a Biologia Computacional, áreas do conhecimento responsáveis pelo desenvolvimento e aplicação de tais instrumentos computacionais, são também abordadas, enfatizando-se suas origens e contribuições para o desenvolvimento da ciência.Since the 1990’s, the complete genetic code of more than 600 living organisms has been deciphered, such as bacteria, yeasts, protozoan parasites, invertebrates and vertebrates, including Homo sapiens, and plants. More than 2,000 other genome projects representing medical, commercial, environmental and industrial interests, or comprising model organisms, important for the development of the scientific research, are currently in progress. The achievement of complete genome sequences of numerous species combined with the tremendous progress in computation that occurred in the last few decades allowed the use of new holistic approaches in the study of genome structure, organization and evolution, as well as in the field of gene prediction and functional classification. Numerous public or proprietary databases and computational tools have been created attempting to optimize the access to this information through the web. In this review, we present the main resources available through the web for comparative analysis of prokaryotic genomes. We concentrated on the group of mycobacteria that contains important human and animal pathogens. The birth of Bioinformatics and Computational Biology and the contributions of these disciplines to the scientific development of this field are also discussed.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática.Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porFundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Cientifica e Tecnológica em Saúde.BioinformáticaBiologia ComputacionalBanco de DadosGenomaProcariotosBioinformaticsComputational BiologyDatabasesGenomesProkaryotesComparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticosComparing genomes: databases and computational tools for comparative analysis of prokaryotic genomesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdfve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdfVersão Portuguêsapplication/pdf1877787https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/2/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdfabfb93d2012dd9cb5aaac01461d1dbe0MD52ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdfve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdfVersão Inglêsapplication/pdf2389960https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/3/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdf16831d741639cf3f5b80608d4cabd053MD53TEXTve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdf.txtve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdf.txtExtracted texttext/plain102211https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/4/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdf.txt03172be35fafd762d7c1a80b97613e0cMD54ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdf.txtve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdf.txtExtracted texttext/plain84553https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/5/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdf.txte6d1efcfccbcf4f1941109b604312617MD55icict/176172023-01-12 10:33:01.431oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352023-01-12T13:33:01Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
dc.title.alternative.en.fl_str_mv Comparing genomes: databases and computational tools for comparative analysis of prokaryotic genomes
title Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
spellingShingle Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
Catanho, Marcos Paulo
Bioinformática
Biologia Computacional
Banco de Dados
Genoma
Procariotos
Bioinformatics
Computational Biology
Databases
Genomes
Prokaryotes
title_short Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
title_full Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
title_fullStr Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
title_full_unstemmed Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
title_sort Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos
author Catanho, Marcos Paulo
author_facet Catanho, Marcos Paulo
Miranda, Antonio Basílio de
Degrave, Wim Maurits Sylvain
author_role author
author2 Miranda, Antonio Basílio de
Degrave, Wim Maurits Sylvain
author2_role author
author
dc.contributor.author.fl_str_mv Catanho, Marcos Paulo
Miranda, Antonio Basílio de
Degrave, Wim Maurits Sylvain
dc.subject.other.pt_BR.fl_str_mv Bioinformática
Biologia Computacional
Banco de Dados
Genoma
Procariotos
topic Bioinformática
Biologia Computacional
Banco de Dados
Genoma
Procariotos
Bioinformatics
Computational Biology
Databases
Genomes
Prokaryotes
dc.subject.en.en.fl_str_mv Bioinformatics
Computational Biology
Databases
Genomes
Prokaryotes
description Desde a década de 1990, os esforços internacionais no sentido de obter seqüências genômicas completas levaram à determinação de todo o código genético de mais de 600 organismos, entre estes, procariotos, leveduras, protozoários, plantas, invertebrados e vertebrados, incluindo o próprio Homo sapiens. Atualmente, mais de 2.000 outros projetos genoma estão em andamento, representando interesses médicos, comerciais, ambientais e industriais, ou contemplando organismos-modelos importantes para o desenvolvimento de pesquisas científicas. Aliada ao vertiginoso avanço da computação nas últimas décadas, a obtenção de seqüências genômicas completas de inúmeros organismos têm permitido o uso de abordagens holísticas e ao mesmo tempo inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes, entre outros. Inúmeros bancos de dados e ferramentas computacionais de acesso público ou privado têm sido criados na tentativa de organizar e permitir acesso eficiente e rápido a estas informações através da internet. Nesta revisão apresentamos os principais recursos disponíveis publicamente na internet para a análise comparativa de genomas procarióticos, especialmente de genomas micobacterianos, grupo que contém importantes patógenos humanos e de animais. A Bioinformática e a Biologia Computacional, áreas do conhecimento responsáveis pelo desenvolvimento e aplicação de tais instrumentos computacionais, são também abordadas, enfatizando-se suas origens e contribuições para o desenvolvimento da ciência.
publishDate 2007
dc.date.issued.fl_str_mv 2007
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2017-01-30T12:01:03Z
dc.date.available.fl_str_mv 2017-01-30T12:01:03Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv CATANHO, Marcos Paulo; MIRANDA, Antonio Basílio de; DEGRAVE, Wim Maurits Sylvain. Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos. RECIIS - Revista Eletrônica de Comunicação, Informação e Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 1, n. 2, p. Sup335-Sup358, 2007.
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17617
dc.identifier.issn.pt_BR.fl_str_mv 1981-6278
dc.identifier.doi.pt_BR.fl_str_mv 10.3395/reciis.v1i2.Sup.105pt
dc.identifier.eissn.pt_BR.fl_str_mv 1981-6278 
identifier_str_mv CATANHO, Marcos Paulo; MIRANDA, Antonio Basílio de; DEGRAVE, Wim Maurits Sylvain. Comparando genomas: bancos de dados e ferramentas computacionais para a análise comparativa de genomas procarióticos. RECIIS - Revista Eletrônica de Comunicação, Informação e Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 1, n. 2, p. Sup335-Sup358, 2007.
1981-6278
10.3395/reciis.v1i2.Sup.105pt
1981-6278 
url https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/17617
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Cientifica e Tecnológica em Saúde.
publisher.none.fl_str_mv Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Comunicação e Informação Cientifica e Tecnológica em Saúde.
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron:FIOCRUZ
instname_str Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron_str FIOCRUZ
institution FIOCRUZ
reponame_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
collection Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
bitstream.url.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/1/license.txt
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/2/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdf
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/3/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdf
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/4/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_pt.pdf.txt
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/17617/5/ve_Catanho_Marcos_Paulo_etal_2007_en.pdf.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33
abfb93d2012dd9cb5aaac01461d1dbe0
16831d741639cf3f5b80608d4cabd053
03172be35fafd762d7c1a80b97613e0c
e6d1efcfccbcf4f1941109b604312617
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
repository.mail.fl_str_mv repositorio.arca@fiocruz.br
_version_ 1798324984990400512

Registros relacionados