Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Gomes, Lia Lima
Data de Publicação: 2016
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/19328
Resumo: A tuberculose ainda é um problema de saúde pública global, principalmente em países em desenvolvimento, onde a doença é negligenciada e associada à pobreza, co-infecção com HIV e resistência aos antibióticos. A infecção é causada principalmente pelo agente etiológico Mycobacterium tuberculosis (Mtb),e em especial a linhagem Beijing se destaca entre as outras linhagens do complexo Mtb, por geralmente estar relacionada com a presença de mais fatores de virulência e mecanismo de multirresistência à drogas. O principal objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente e fenotipicamente a Mtb Beijing, em oito isolados esporádicos circulantes no Brasil e em dezoito isolados de regiões com maior prevalência, como Moçambique e Rússia. Para a genotipagem foram utilizadas inicialmente, ferramentas moleculares tradicionais como o RFLP, Spoligotyping e MIRU-VNTR. Com a intenção de aprofundar a classificação da sublinhagem ancestral e moderna, avaliamos inserções de IS6110 inverso na região NTF, regiões de deleção (RDs 105,142,150 e 181) e SNPs nos genes mutT2 e mutT4. Ainda, sequenciamos o genoma de 11 isolados visando avaliar a presença e conservação de genes associados à virulência Do ponto de vista fenotípico, foram realizados experimentos de infecção em macrófagos THP-1 e em camundongo C5BL/6, para avaliar a virulência das linhagens ancestral e moderna. A genotipagem demonstrou que a maioria dos isolados Mtb Beijing do Brasil pertenciam a sublinhagem ancestral e que os isolados de Moçambique e da Rússia eram em sua maioria modernos. A avaliação da infecção in vitro e in vivo, evidenciou que independente da região geográfica, os isolados Mtb Beijing modernos são mais virulentos que a sublinhagem ancestral. Coerentemente, o sequenciamento genômico revelou um menor número de genes associados à virulência em isolados ancestrais. Dessa forma, este trabalho demonstrou pela primeira vez fatores que podem estar contribuindo para o sucesso da família Beijing dentro do complexo Mtb. Este trabalho abre a perspectiva de futuramente avaliar o posicionamento filogenético desses isolados em relação à coleção mundial da família Beijing
id CRUZ_8a9a2c7841556749278c1dd6575ba3a5
oai_identifier_str oai:www.arca.fiocruz.br:icict/19328
network_acronym_str CRUZ
network_name_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
repository_id_str 2135
spelling Gomes, Lia LimaSantos, Letícia Miranda LeryMiranda, Silvana Spindola deMoraes, Milton OzórioFerreira, Marcelo AlvesCarels, NicolasMiranda, Antonio Basílio deSuffys, Philip Noel2017-06-06T17:11:08Z2017-06-06T17:11:08Z2016GOMES, L. L. Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno. 2016. 97f. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2016https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/19328A tuberculose ainda é um problema de saúde pública global, principalmente em países em desenvolvimento, onde a doença é negligenciada e associada à pobreza, co-infecção com HIV e resistência aos antibióticos. A infecção é causada principalmente pelo agente etiológico Mycobacterium tuberculosis (Mtb),e em especial a linhagem Beijing se destaca entre as outras linhagens do complexo Mtb, por geralmente estar relacionada com a presença de mais fatores de virulência e mecanismo de multirresistência à drogas. O principal objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente e fenotipicamente a Mtb Beijing, em oito isolados esporádicos circulantes no Brasil e em dezoito isolados de regiões com maior prevalência, como Moçambique e Rússia. Para a genotipagem foram utilizadas inicialmente, ferramentas moleculares tradicionais como o RFLP, Spoligotyping e MIRU-VNTR. Com a intenção de aprofundar a classificação da sublinhagem ancestral e moderna, avaliamos inserções de IS6110 inverso na região NTF, regiões de deleção (RDs 105,142,150 e 181) e SNPs nos genes mutT2 e mutT4. Ainda, sequenciamos o genoma de 11 isolados visando avaliar a presença e conservação de genes associados à virulência Do ponto de vista fenotípico, foram realizados experimentos de infecção em macrófagos THP-1 e em camundongo C5BL/6, para avaliar a virulência das linhagens ancestral e moderna. A genotipagem demonstrou que a maioria dos isolados Mtb Beijing do Brasil pertenciam a sublinhagem ancestral e que os isolados de Moçambique e da Rússia eram em sua maioria modernos. A avaliação da infecção in vitro e in vivo, evidenciou que independente da região geográfica, os isolados Mtb Beijing modernos são mais virulentos que a sublinhagem ancestral. Coerentemente, o sequenciamento genômico revelou um menor número de genes associados à virulência em isolados ancestrais. Dessa forma, este trabalho demonstrou pela primeira vez fatores que podem estar contribuindo para o sucesso da família Beijing dentro do complexo Mtb. Este trabalho abre a perspectiva de futuramente avaliar o posicionamento filogenético desses isolados em relação à coleção mundial da família BeijingTuberculosis remains a global public health problem, especially in developing countries where the disease is neglected and associated with poverty, coinfection with HIV and antibiotic resistance. The infection is mainly caused by the etiologic agent Mycobacterium tuberculosis (Mtb), and in particular the Beijing lineage stands out among other strains of Mtb complex, due to generally being related to the presence of more virulence factors and multidrugresistance mechanisms .The main objective of this study was to characterize genetically and phenotypically Mtb Beijing strains: eight sporadic isolates circulating in Brazil and eighteen isolated from regions with more prevalence, as Mozambique and Russia. For genotyping were initially used traditional molecular tools as RFLP, Spoligotyping and MIRU-VNTR. In order to deepen the classification of ancient and modern sublines, we evaluated reverse IS6110 inserts in NTF region, deletion of regions (RDs 105,142,150 and 181) and SNPs in mutT2 and mutT4 genes Further, we have sequenced the genome of 11 isolates to assess the presence and conservation of genes associated with virulence. From the phenotypic point of view, infection experiments were conducted in THP-1 macrophages and in mice C5BL / 6, to assess the virulence of modern and ancestor strains. Genotyping showed that most Mtb Beijing isolates in Brazil belonged to ancestral subline and isolates from Mozambique and Russia were most from the modern subline. The in vitro and in vivo infection showed that regardless of geographic region, modern Beijing Mtb strains are more virulent than the ancestral subline. Accordingly, genomic sequencing revealed a smaller number of genes associated with virulence in ancestral isolates. Thus, this study demonstrated for the first time, factors that may be contributing to the success of the Beijing family within the Mtb complex. This work opens up the perspective of further assessing the phylogenetic position of these isolates in relation to the worldwide collection of the Beijing familyFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, BrasilporCaracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e modernoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2016-09-26Pós-Graduação em Biologia Computacional e SistemasFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo CruzRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Biologia Computacional e SistemasMycobacterium tuberculosisGenótipoVirulênciaFenótipoCoinfecçãoHIVinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/19328/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALlia_gomes_ioc_dout_2016.pdflia_gomes_ioc_dout_2016.pdfapplication/pdf6617595https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/19328/2/lia_gomes_ioc_dout_2016.pdf0cef9cafab0c4b50959564373fb1796cMD52TEXTlia_gomes_ioc_dout_2016.pdf.txtlia_gomes_ioc_dout_2016.pdf.txtExtracted texttext/plain248931https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/19328/3/lia_gomes_ioc_dout_2016.pdf.txtd8c1e81f63680b9b5d3673de686afe3eMD53icict/193282018-08-15 02:30:14.375oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352018-08-15T05:30:14Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
title Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
spellingShingle Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
Gomes, Lia Lima
Mycobacterium tuberculosis
Genótipo
Virulência
Fenótipo
Coinfecção
HIV
title_short Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
title_full Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
title_fullStr Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
title_full_unstemmed Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
title_sort Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno
author Gomes, Lia Lima
author_facet Gomes, Lia Lima
author_role author
dc.contributor.member.none.fl_str_mv Santos, Letícia Miranda Lery
Miranda, Silvana Spindola de
Moraes, Milton Ozório
Ferreira, Marcelo Alves
Carels, Nicolas
dc.contributor.author.fl_str_mv Gomes, Lia Lima
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Miranda, Antonio Basílio de
Suffys, Philip Noel
contributor_str_mv Miranda, Antonio Basílio de
Suffys, Philip Noel
dc.subject.decs.pt_BR.fl_str_mv Mycobacterium tuberculosis
Genótipo
Virulência
Fenótipo
Coinfecção
HIV
topic Mycobacterium tuberculosis
Genótipo
Virulência
Fenótipo
Coinfecção
HIV
description A tuberculose ainda é um problema de saúde pública global, principalmente em países em desenvolvimento, onde a doença é negligenciada e associada à pobreza, co-infecção com HIV e resistência aos antibióticos. A infecção é causada principalmente pelo agente etiológico Mycobacterium tuberculosis (Mtb),e em especial a linhagem Beijing se destaca entre as outras linhagens do complexo Mtb, por geralmente estar relacionada com a presença de mais fatores de virulência e mecanismo de multirresistência à drogas. O principal objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente e fenotipicamente a Mtb Beijing, em oito isolados esporádicos circulantes no Brasil e em dezoito isolados de regiões com maior prevalência, como Moçambique e Rússia. Para a genotipagem foram utilizadas inicialmente, ferramentas moleculares tradicionais como o RFLP, Spoligotyping e MIRU-VNTR. Com a intenção de aprofundar a classificação da sublinhagem ancestral e moderna, avaliamos inserções de IS6110 inverso na região NTF, regiões de deleção (RDs 105,142,150 e 181) e SNPs nos genes mutT2 e mutT4. Ainda, sequenciamos o genoma de 11 isolados visando avaliar a presença e conservação de genes associados à virulência Do ponto de vista fenotípico, foram realizados experimentos de infecção em macrófagos THP-1 e em camundongo C5BL/6, para avaliar a virulência das linhagens ancestral e moderna. A genotipagem demonstrou que a maioria dos isolados Mtb Beijing do Brasil pertenciam a sublinhagem ancestral e que os isolados de Moçambique e da Rússia eram em sua maioria modernos. A avaliação da infecção in vitro e in vivo, evidenciou que independente da região geográfica, os isolados Mtb Beijing modernos são mais virulentos que a sublinhagem ancestral. Coerentemente, o sequenciamento genômico revelou um menor número de genes associados à virulência em isolados ancestrais. Dessa forma, este trabalho demonstrou pela primeira vez fatores que podem estar contribuindo para o sucesso da família Beijing dentro do complexo Mtb. Este trabalho abre a perspectiva de futuramente avaliar o posicionamento filogenético desses isolados em relação à coleção mundial da família Beijing
publishDate 2016
dc.date.issued.fl_str_mv 2016
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2017-06-06T17:11:08Z
dc.date.available.fl_str_mv 2017-06-06T17:11:08Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv GOMES, L. L. Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno. 2016. 97f. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2016
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/19328
identifier_str_mv GOMES, L. L. Caracterização fenotípica e genotípica de Mycobacterium tuberculosis da família Beijing do tipo ancestral e moderno. 2016. 97f. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de janeiro, RJ, 2016
url https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/19328
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron:FIOCRUZ
instname_str Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
instacron_str FIOCRUZ
institution FIOCRUZ
reponame_str Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
collection Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
bitstream.url.fl_str_mv https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/19328/1/license.txt
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/19328/2/lia_gomes_ioc_dout_2016.pdf
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/19328/3/lia_gomes_ioc_dout_2016.pdf.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33
0cef9cafab0c4b50959564373fb1796c
d8c1e81f63680b9b5d3673de686afe3e
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)
repository.mail.fl_str_mv repositorio.arca@fiocruz.br
_version_ 1798324806570999808