Diagnóstico molecular de larvas de Angiostrongylus spp. recuperadas de gastrópodes
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/47387 |
Resumo: | Gastrópodes continentais atuam como hospedeiros intermediários de nematódeos de interesse para a saúde humana e animal, como Angiostrongylus spp. e outros pertencentes à superfamília Metastrongyloidea. O procedimento de digestão artificial é comumente utilizado para recuperar larvas de nematódeos em moluscos. Entretanto, essas formas imaturas não apresentam desenvolvidos os caracteres morfológicos necessários à sua identificação taxonômica. Como o produto da digestão artificial é ácido e contém restos de tecido do molusco, também surgem dificuldades para realizar o diagnóstico molecular destas larvas. Estudos pilotos mostraram ineficiência no diagnóstico molecular devido a variações na qualidade da amostra, baixa concentração de DNA e baixa eficiência nas Reações em Cadeia da Polimerase (PCR). O objetivo deste trabalho foi aprimorar o diagnóstico molecular de larvas de Angiostrongylus spp. obtidas de moluscos. Assim, inicialmente, foi padronizado um método de preparo das larvas (triagem das larvas com micropipeta, somado ao ajuste do pH com PBS 1X ). A partir destas amostras padronizadas quanto ao método de preparo, foram testados métodos de extração de DNA e diferentes iniciadores para a região do Citocromo c Oxidase subunidade I (COI). Foram utilizadas larvas L3 de Angiostrongylus cantonensis, A. costaricensis e A. vasorum provenientes de ciclos mantidos em laboratório. Amostras do campo de Aelurostrongylus abstrusus também foram utilizadas para comparação. A importância do preparo da amostra foi testada através de reações de PCR realizadas em condições idênticas, com amostras padronizadas e não padronizadas quanto ao preparo. Quanto aos testes de extração, após a realização de pilotos com diferentes protocolos, foram selecionados para testes comparativos, até a etapa de sequenciamento, dois protocolos com choque térmico e um utilizando kit comercial. Estes foram avaliados quanto à quantidade de DNA, eficiência da amplificação, tempo de realização e qualidade da sequência. Em uma terceira etapa foram testados três diferentes iniciadores para o COI. Os resultados demonstraram que após uma lavagem com PBS o produto da digestão artificial torna-se neutro (pH 7,29 ± 0,13) e que estas amostras, devidamente triadas, apresentam taxa de amplificação 60% maior. Este passo mostrou-se essencial para o sucesso das demais etapas. As amostras que foram submetidas à extração de DNA com os três protocolos selecionados resultaram em um produto que permitiu a amplificação do fragmento do COI nas reações de PCR, apesar das baixas concentrações de DNA, tendo sido possível também o diagnóstico molecular, por sequenciamento de Sanger, de 100% dessas amostras. Os protocolos com choque térmico apresentaram menor tempo de execução, custo e geração de resíduo químico. Os três iniciadores testados amplificaram com eficiência a região-alvo, viabilizando a identificação de Angiostrongylus spp. por sequenciamento. Os diferentes métodos de extração e iniciadores testados representam diferentes possibilidades para o diagnóstico de larvas de Angiostrongylus spp. e seu uso deverá levar em conta os recursos disponíveis (tempo e dinheiro) e o objetivo do estudo (diagnóstico ou pesquisa). A disponibilização de um protocolo eficiente e a possibilidade de redução dos custos no diagnóstico dos nematódeos associados a moluscos contribuem para incentivar as pesquisas na área e viabilizar estudos de vigilância epidemiológica e controle das angiostrongilíases. |
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Mattos, Aline Carvalho deGomes, Suzete RodriguesMontresor, Lângia Colli2021-05-26T15:30:15Z2021-05-26T15:30:15Z2019MATTOS, Aline Carvalho de. Diagnóstico molecular de larvas de Angiostrongylus spp. recuperadas de gastrópodes. 2019. 65 f. Dissertação (Mestrado em Vigilância e Controle de Vetores) - Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2019.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/47387Gastrópodes continentais atuam como hospedeiros intermediários de nematódeos de interesse para a saúde humana e animal, como Angiostrongylus spp. e outros pertencentes à superfamília Metastrongyloidea. O procedimento de digestão artificial é comumente utilizado para recuperar larvas de nematódeos em moluscos. Entretanto, essas formas imaturas não apresentam desenvolvidos os caracteres morfológicos necessários à sua identificação taxonômica. Como o produto da digestão artificial é ácido e contém restos de tecido do molusco, também surgem dificuldades para realizar o diagnóstico molecular destas larvas. Estudos pilotos mostraram ineficiência no diagnóstico molecular devido a variações na qualidade da amostra, baixa concentração de DNA e baixa eficiência nas Reações em Cadeia da Polimerase (PCR). O objetivo deste trabalho foi aprimorar o diagnóstico molecular de larvas de Angiostrongylus spp. obtidas de moluscos. Assim, inicialmente, foi padronizado um método de preparo das larvas (triagem das larvas com micropipeta, somado ao ajuste do pH com PBS 1X ). A partir destas amostras padronizadas quanto ao método de preparo, foram testados métodos de extração de DNA e diferentes iniciadores para a região do Citocromo c Oxidase subunidade I (COI). Foram utilizadas larvas L3 de Angiostrongylus cantonensis, A. costaricensis e A. vasorum provenientes de ciclos mantidos em laboratório. 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As amostras que foram submetidas à extração de DNA com os três protocolos selecionados resultaram em um produto que permitiu a amplificação do fragmento do COI nas reações de PCR, apesar das baixas concentrações de DNA, tendo sido possível também o diagnóstico molecular, por sequenciamento de Sanger, de 100% dessas amostras. Os protocolos com choque térmico apresentaram menor tempo de execução, custo e geração de resíduo químico. Os três iniciadores testados amplificaram com eficiência a região-alvo, viabilizando a identificação de Angiostrongylus spp. por sequenciamento. Os diferentes métodos de extração e iniciadores testados representam diferentes possibilidades para o diagnóstico de larvas de Angiostrongylus spp. e seu uso deverá levar em conta os recursos disponíveis (tempo e dinheiro) e o objetivo do estudo (diagnóstico ou pesquisa). A disponibilização de um protocolo eficiente e a possibilidade de redução dos custos no diagnóstico dos nematódeos associados a moluscos contribuem para incentivar as pesquisas na área e viabilizar estudos de vigilância epidemiológica e controle das angiostrongilíases.Continental gastropods act as intermediate hosts of nematodes of interest for human and animal health, such as Angiostrongylus spp. and other belonging to the superfamily Metastrongyloidea. The artificial digestion procedure is commonly used to verify the presence of nematode larvae in mollusks. However, these immature forms have not yet developed the necessary morphological characters for their taxonomic identification. As the product of artificial digestion is acidic and contains tissue remains of the mollusk also is often found difficulties to molecularly identify these larvae. Pilot studies have shown inefficiencies in molecular diagnostics due to variations in sample quality, low DNA concentration and low efficiency in the Polymerase Chain Reaction (PCR). The purpose of this project was to improve a molecular protocol to identify nematode larvae obtained from mollusks. Therefore, a sample preparation method was initially standardized (larval screening with micropipette and pH adjustment adding 1X PBS buffer). From these standardized samples, DNA extraction methods and different primers for amplification of Cytochrome c Oxidase subunit I region were tested. Third-stage larvae of Angiostrongylus cantonensis, A. costaricensis and A. vasorum from laboratory-maintained cycles were analyzed. Field samples from Aelurostrongylus abstrusus were also used for comparison. The importance of sample preparation was tested by PCR reactions performed under identical conditions with standard and non-standard samples. Regarding the extraction tests, after performing several pilots with different protocols, were selected for comparative tests until the sequencing step, two protocols with thermal shock and one using a commercial kit. These were evaluated for DNA quantity, amplification efficiency and time to perform and sequence quality. In a third step three new initiators for the COI were tested. The results showed that after washing with PBS, the artificial digestion product becomes neutral (pH 7.29 ± 0.13) and that standardized samples, if properly screened, have a 60% higher amplification rate. This step proved to be essential for the success of the other stages. Samples that were subjected to DNA extraction using the three selected protocols resulted in a product that allowed for the amplification of the COI fragment in PCR reactions despite low DNA concentrations and also allowing the molecular diagnosis by Sanger sequencing from 100% of the sequencing samples, although was shown difference in the size of the obtained fragment. Protocols with thermal shock presented shorter execution time, cost and generation of chemical waste. The three primers tested efficiently amplified the target region, enabling the identification of Angiostrongylus spp. by sequencing. The different primers and extraction methods tested represent different possibilities for the diagnosis of Angiostrongylus spp. and its use should take into account available resources (time and money) and the purpose of the study (diagnosis or research). The availability of an efficient protocol and the possibility of reducing the diagnosis cost of mollusks-associated nematodes, contribute to encourage research in the area and enable studies of epidemiological surveillance and control of the angiostrongyliasis.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porPatologia MolecularNematoidesAngiostrongylusGastrópodesCódigo de Barras de DNA TaxonômicoPatologia MolecularNematoidesAngiostrongylusGastrópodesCódigo de Barras de DNA TaxonômicoDiagnóstico molecular de larvas de Angiostrongylus spp. recuperadas de gastrópodesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2019Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Vigilância e Controle de Vetoresinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/47387/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALaline_mattos_ioc_mest_2019.pdfapplication/pdf2134426https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/47387/2/aline_mattos_ioc_mest_2019.pdf2929061d0f6c7f867cb0f676f23ae76eMD52TEXTaline_mattos_ioc_mest_2019.pdf.txtaline_mattos_ioc_mest_2019.pdf.txtExtracted texttext/plain131757https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/47387/3/aline_mattos_ioc_mest_2019.pdf.txt4e803a075af5de87aa217b9abbb3e3b4MD53icict/473872023-09-04 11:39:35.281oai:www.arca.fiocruz.br:icict/47387Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352023-09-04T14:39:35Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
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