Molecular epidemiology of HIV-1 in Brazil: high prevalence of HIV-1 subtype B and identification of an HIV-1 subtype D infection in the city of Rio de Janeiro, Brazil
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| Data de Publicação: | 1998 |
| Outros Autores: | , , , , , , , , , , , |
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| Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
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Resumo: | Fundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil |
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Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes and Human Retrovirology, v. 18, n. 5, p. 488-494, 1998.1077-9450https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/819210.1097/00042560-199808150-00011engLippincott-Raven Publishers, PhiladelphiaMolecular epidemiology of HIV-1 in Brazil: high prevalence of HIV-1 subtype B and identification of an HIV-1 subtype D infection in the city of Rio de Janeiro, Brazilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleFundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, BrasilFundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Tecnologia da Informação e Comunicação em Saúde. Department of Health Information. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Los Alamos National Laboratories. Los Alamos, New Mexico, USA.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Tecnologia da Informação e Comunicação em Saúde Department of Health Information. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Brazilian Ministry of Health. National Coordination of STD/AIDS. Brasília, DF, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Laboratório Avançado de Saúde Pública. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Hospital Evandro Chagas. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.HIV-1-positive individuals were recruited from January 1993 to December 1996 from several cohorts receiving follow-up in the city of Rio de Janeiro, Brazil, to evaluate HIV-1 genetic variability and the potential association with modes of transmission. HIV-1 subtyping was carried out using the heteroduplex mobility assay (HMA), and those samples corresponding to the typical Brazilian subtype B variant were further identified based on the Fok I restriction fragment length polymorphism (RFLP). DNA sequencing was performed to evaluate one case of subtype D infection. From the 131 HIV-1-positive individuals analyzed, 106 (80.9%) could be identified as infected by subtype B and 20 (15.3%) by subtype F. One of the samples (0.8%) was classified as subtype D. DNA samples from 4 patients (3.0%) did not yield polymerase chain reaction (PCR)-amplified products to be typed. Based on the Fok I RFLP, 39 of the 106 subtype B samples (37%) were identified as corresponding to the typical Brazilian subtype B variant containing the GWGR motif at the tip of the V3 loop. No statistically significant association could be detected between HIV-I subtypes and modes of transmission, exposure categories, or gender. This is the first reported case of HIV-1 subtype D infection in BrazilHIV-1 subtypes in BrazilHeteroduplex mobility assayHIV-1 subtype D infectionInfecções por HIV/epidemiologiaHIV-1/classificaçãoSequência de AminoácidosBrasil/epidemiologiaEstudos de CoortesSequência ConsensoDNA Viral/químicaFemininoProdutos do Gene env/químicaVariação GenéticaInfecções por HIV/transmissãoHIV-1/genéticaHumanosMasculinoEpidemiologia MolecularDados de Sequência MolecularÁcidos Nucleicos HeteroduplexesFilogeniaReação em Cadeia da PolimerasePolimorfismo de Fragmento de RestriçãoPrevalênciaAlinhamento de SequênciaDistribuição por SexoPopulação Urbanainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZORIGINALve_Morgado_Mariza_etal_INI_CTIC_IGM_1998.pdfve_Morgado_Mariza_etal_INI_CTIC_IGM_1998.pdfapplication/pdf5172612https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/8192/3/ve_Morgado_Mariza_etal_INI_CTIC_IGM_1998.pdf99edad17c99fba7e942a963257c2f6e6MD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81914https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/8192/2/license.txt7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81fMD52icict/81922023-08-23 15:29:24.615oai:www.arca.fiocruz.br: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ório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352023-08-23T18:29:24Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
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Molecular epidemiology of HIV-1 in Brazil: high prevalence of HIV-1 subtype B and identification of an HIV-1 subtype D infection in the city of Rio de Janeiro, Brazil Morgado, Mariza Gonçalves HIV-1 subtypes in Brazil Heteroduplex mobility assay HIV-1 subtype D infection Infecções por HIV/epidemiologia HIV-1/classificação Sequência de Aminoácidos Brasil/epidemiologia Estudos de Coortes Sequência Consenso DNA Viral/química Feminino Produtos do Gene env/química Variação Genética Infecções por HIV/transmissão HIV-1/genética Humanos Masculino Epidemiologia Molecular Dados de Sequência Molecular Ácidos Nucleicos Heteroduplexes Filogenia Reação em Cadeia da Polimerase Polimorfismo de Fragmento de Restrição Prevalência Alinhamento de Sequência Distribuição por Sexo População Urbana |
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