Structural analysis of SARS-Cov-2 nonstructural protein 1 polymorphisms found in the Brazilian Amazon

• Autor(a) principal: Zanchi, Fernando Berton
• Data de Publicação: 2021
• Outros Autores: Mariúba, Luis Andre, Nascimento, Valdinete, Souza, Victor, Corado, Andre, Nascimento, Fernanda, Costa, Agatha Kelly, Duarte, Débora, Silva, George, Mejía, Matilde, Pessoa, Karina, Gonçalves, Luciana, Brandão, Maria Júlia, Jesus, Michele, Glória, Juliane, Silva, Marineide, Mattos, Tirza, Costa, Cristiano da, Naveca, Felipe Gomes
• Tipo de documento: Artigo
• Idioma: eng
• Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
• Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/51259
• topic: SARS-CoV-2; COVID-19; Coronavirus; Polimorfismo; NSP1; Modelagem de estrutura 3D; SARS-CoV-2; COVID-19; Coronavirus; Polymorphism; NSP1; 3D structure modeling

A doença do coronavírus COVID-19 tem sido a causa de milhões de mortes em todo o mundo. Dentre as proteínas do SARS-CoV-2, a proteína não estrutural 1 (NSP1) tem grande importância durante o processo de infecção do vírus e está presente tanto em alfa quanto em beta-CoVs. Portanto, o monitoramento dos polimorfismos de NSP1 é crucial para entender seu papel durante a infecção e a patogenicidade induzida pelo vírus. Aqui, analisamos como mutações detectadas no SARS-CoV-2 circulante na população da cidade de Manaus, estado do Amazonas, Brasil, poderiam modificar a estrutura terciária da proteína NSP1. Três mutações foram detectadas no gene SARS-CoV-2 NSP1: deleção dos aminoácidos KSF das posições 141 a 143 (delKSF), SARS-CoV-2, linhagem B.1.195; e duas substituições, R29H e R43C, linhagem SARSCoV-2 B.1.1.28 e B.1.1.33, respectivamente. O delKSF foi encontrado em 47 amostras, enquanto R29H e R43C foram encontrados em duas amostras, uma para cada mutação. As estruturas NSP1 que carregam as mutações R43C e R29H na porção N-terminal (por exemplo, resíduos 10 a 127) mostraram divergência de espinha dorsal menor em comparação com o modelo Wuhan. No entanto, a região C-terminal de NSP1 (resíduos 145 a 180) foi severamente afetada nos mutantes delKSF e R29H. A região variável intermediária (resíduos 144 a 148) leva a alterações na região C-terminal, particularmente na estrutura delKSF. Novas investigações devem ser realizadas para analisar como essas alterações afetam a atividade da NSP1 durante a infecção. Nossos resultados reforçam a necessidade de vigilância genômica contínua do SARS-CoV-2 para entender melhor a evolução do vírus e avaliar o impacto potencial das mutações virais nas vacinas aprovadas e futuras terapias.