Mutações nos genes não estruturais do vírus da hepatite C associadas à resistência aos novos antivirais

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Silva, Allan Peres da
Data de Publicação: 2014
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/12183
Resumo: Introdução e objetivos: Polimorfismos naturais de resistência aos agentes antivirais de atuação direta (DAAs) no vírus da hepatite C (HCV) podem representar um fator limitante para a eficácia dessa terapia. A análise de sequências virais de regiões geográficas distintas pode apresentar diferenças significativas nas frequências de mutações de resistência aos DAAs. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi investigar as mutações associadas à resistência aos DAAs nos genes nãoestruturais (NS) do HCV em isolados virais que circulam no Brasil. Métodos: Foram estudados um total de 390 sequências do genótipo 1 do HCV de pacientes brasileiros virgens de tratamento cronicamente infectados. O RNA viral foi extraído, e as regiões abrangendo os genes NS3, NS4 e NS5 foram amplificadas por RT-PCR e sequenciadas. Resultados: No domínio NS3/4A protease, a variação V36L foi encontrada em 5,60% dos isolados do subtipo 1b, e a substituição T54S em 4,16% das sequências do subtipo 1a; na posição 55, 4,16% dos isolados continham a variação V55A, responsável por causar constrição no sítio de ligação do inibidor de protease boceprevir. Em relação à proteína NS4B, um isolado do subtipo 1b apresentou a substituição F98L, responsável por conferir resistência aos inibidores AP80978, PTC725 e silibina. Na proteína NS5A, 3,84% das sequências do subtipo 1a mostraram as mutações de resistência M28T ou Y93H, e 13,46%, as mutações secundárias H58P e E62D. Dentre os isolados do subtipo 1b, 3,70% continham a mutação Y93H, e 14,8%, as mutações secundárias R30Q, L31M, P58S e I280V Em NS5B, 25% das sequências do subtipo 1b brasileiras apresentaram a variação L159F na população viral dominante, mas nenhuma sequência do subtipo 1a exibiu tal substituição. Além disso, em 15 isolados do subtipo 1b (29%), foi observado o variante C316N, responsável por conferir resistência a inibidores não-nucleosídeos, enquanto que apenas 2,12% das sequências do isolado do subtipo 1a mostraram a substituição C316Y. A caracterização do subtipo 1a em clados 1 e 2 revelou que as sequências brasileiras das regiões NS3 e NS5A formaram um grupo distinto dentro do clado 1. Adicionalmente em NS3, esse clado apresentou uma característica fenotípica incomum em relação à presença de mutações de resistência aos inibidores macrocíclicos; em particular, a mutação Q80K foi encontrada na maioria das sequências de clado 1, mas não nas amostras brasileiras. Conclusões: Estes dados demonstram que as substituições de resistência a diferentes DAAs podem ser encontradas em isolados circulando no Brasil em pacientes virgens de tratamento antiviral. Além disso, os isolados brasileiros do HCV apresentam um padrão distinto de diversidade genética, reforçando a importância destas informações em futuras abordagens terapêuticas
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spelling Silva, Allan Peres daMartins, Regina Maria BringelLeon, Luciane Almeida AmadoPaula, Vanessa dePinto, Marcelo AlvesMotta, Fernando CoutoLampe, Elisabeth2015-11-11T12:13:55Z2015-11-11T12:13:55Z2014SILVA, Allan Peres da. Mutações nos genes não estruturais do vírus da hepatite C associadas à resistência aos novos antivirais. 2014. 143 f. Tese (Doutorado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2014.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/12183Introdução e objetivos: Polimorfismos naturais de resistência aos agentes antivirais de atuação direta (DAAs) no vírus da hepatite C (HCV) podem representar um fator limitante para a eficácia dessa terapia. A análise de sequências virais de regiões geográficas distintas pode apresentar diferenças significativas nas frequências de mutações de resistência aos DAAs. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi investigar as mutações associadas à resistência aos DAAs nos genes nãoestruturais (NS) do HCV em isolados virais que circulam no Brasil. Métodos: Foram estudados um total de 390 sequências do genótipo 1 do HCV de pacientes brasileiros virgens de tratamento cronicamente infectados. O RNA viral foi extraído, e as regiões abrangendo os genes NS3, NS4 e NS5 foram amplificadas por RT-PCR e sequenciadas. Resultados: No domínio NS3/4A protease, a variação V36L foi encontrada em 5,60% dos isolados do subtipo 1b, e a substituição T54S em 4,16% das sequências do subtipo 1a; na posição 55, 4,16% dos isolados continham a variação V55A, responsável por causar constrição no sítio de ligação do inibidor de protease boceprevir. Em relação à proteína NS4B, um isolado do subtipo 1b apresentou a substituição F98L, responsável por conferir resistência aos inibidores AP80978, PTC725 e silibina. 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Adicionalmente em NS3, esse clado apresentou uma característica fenotípica incomum em relação à presença de mutações de resistência aos inibidores macrocíclicos; em particular, a mutação Q80K foi encontrada na maioria das sequências de clado 1, mas não nas amostras brasileiras. Conclusões: Estes dados demonstram que as substituições de resistência a diferentes DAAs podem ser encontradas em isolados circulando no Brasil em pacientes virgens de tratamento antiviral. Além disso, os isolados brasileiros do HCV apresentam um padrão distinto de diversidade genética, reforçando a importância destas informações em futuras abordagens terapêuticasNatural resistance polymorphisms to direct antivi ral agents (DAAs) in hepatitis C virus (HCV) may represent a limiting factor for therapy efficacy. Analysis of viral sequences from distinct geographical regions may sh ow significant differences in the frequencies of resistance mutations to DAAs. In this context, the aim of this study was to investigate mutations associated with resistance to DAAs of HCV non-struc tural genes (NS) in viral isolates circulating in Brazil. Methods : A total of 390 HCV genotype 1 sequences from ther apy-naive Brazilian patients chronically infected. Viral RNA was extracted, and the region encompassing the non-structural genes NS3, NS4, and NS5 was RT-PCR amplified and se quenced. Results : In the NS3/4A protease domain, a V36L variation was found in 5,60% of subt ype 1b isolates and a T54S substitution in 4,16% of subtype 1a sequences; at position 55, 4,16 % of strains contained the V55A variation which is responsible to cause constriction in the b inding site of the protease inhibitor boceprevir. Concerning the NS4B protein, one subtype 1b isolate showed the F98L substitution, responsible for conferring resistance to inhibitors AP80978, PTC725 and Silybin. In the NS5A protein, 3,84% of subtype 1a sequences showed the resistance mutation s M28T and Y93H, while 13,46%, the secondary mutations H58P and E62D. Among subtype 1b isolates, 3,70% of patients showed the Y93H mutation, while 14,8% the secondary mutations R30Q, L31M, P58S and I280V. For NS5B, 25% of Brazilian subtype 1b sequences presented the L159F variation in the dominant viral population, but none of subtype 1a sequence showed such substitution. Moreover, 15 subtype 1b isolates (29%), were observed the C316N variant, re sponsible to confer resistance to non-nucleoside inhibitors, while only 2,12% of subtype 1a isolates showed the C316Y substitution. Characterization of subtype 1a in clades 1 and 2 re vealed that Brazilian sequences of NS3 and NS5A regions formed a distinct group inside clade 1 . Additionally to NS3, this clade presented an unusual phenotypic characteristic in relation to th e presence of resistance mutations to macrocyclic inhibitors; in particular, the mutation Q80K was fo und in the majority of clade 1 sequences, but not in the Brazilian isolates. Conclusions : These data demonstrate that substitutions conferr ing resistance to different DAAs can be found in isolat es circulating in Brazil in treatment-naive patients. Moreover, Brazilian HCV isolates display a distinct pattern of genetic diversity, reinforcing the importance of this informations in future therapeutic approaches.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porMutações nos genes não estruturais do vírus da hepatite C associadas à resistência aos novos antiviraisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2014-09-29Pós-Graduação em Biologia ParasitáriaFundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo CruzRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Biologia ParasitáriaRNA ViralAntiviraisHepacivirusVírus da HepatiteHepatite Cinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZORIGINALallan_silva_ioc_dout_2014.pdfapplication/pdf3186185https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/12183/1/allan_silva_ioc_dout_2014.pdf31c3bfb195514d0e1800d36f02bb438fMD51LICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/12183/2/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTallan_silva_ioc_dout_2014.pdf.txtallan_silva_ioc_dout_2014.pdf.txtExtracted texttext/plain409447https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/12183/3/allan_silva_ioc_dout_2014.pdf.txt528ab4bd549acb9df2785c7601b82f31MD53icict/121832022-06-24 13:10:55.035oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-06-24T16:10:55Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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