The ongoing evolution of variants of concern and interest of SARS-CoV-2 in Brazil revealed by convergent indels in the amino (N)-terminal domain of the Spike protein (preprint)
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Resumo: | A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/ |
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Resende, Paola CristinaNaveca, Felipe G.Lins, Roberto D.Dezordi, Filipe ZimmerFerraz, Matheus V. F.Moreira, Emerson G.Coêlho, Danilo F.Motta, Fernando CoutoPaixão, Anna Carolina DiasAppolinario, LucianaLopes, Renata SerranoMendonça, Ana Carolina da FonsecaRocha, Alice Sampaio Barreto daNascimento, ValdineteSouza, VictorSilva, GeorgeNascimento, FernandaLima Neto, Lidio GonçalvesRiediger, IrinaDebur, Maria do CarmoLeite, Anderson BrandaoMattos, TirzaCosta, Cristiano Fernandes daPereira, Felicidade MotaCunha, Antonio Ricardo KhouriBernardes, André Felipe LealDelatorre, EdsonGräf, TiagoSiqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira deBello, GonzaloWallau, Gabriel L.On behalf of Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network.2021-09-22T18:08:06Z2021-09-22T18:08:06Z2021RESENDE, Paola Cristina et al. The ongoing evolution of variants of concern and interest of SARS-CoV-2 in Brazil revealed by convergent indels in the amino (N)-terminal domain of the Spike protein. Virus Evolution, p. 1-16, 2021.2057-1577https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/4913510.1101/2021.03.19.21253946A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network (http://www.genomahcov.fiocruz.br/) members, the Respiratory Viruses Genomic Surveillance Network of the General Laboratory Coordination (CGLab), Brazilian Ministry of Health (MoH), Brazilian Central Laboratory States (LACENs) and the Amazonas surveillance teams for the partnership in the viral surveillance in Brazil. Financial support was provided by FAPEAM (PCTI-EmergeSaude/AM call 005/2020 and Rede Genômica de Vigilancia em Saúde - REGESAM); Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações/Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq/Ministério da Saúde - MS/FNDCT/SCTIE/Decit (grants 402457/2020-9 and 403276/2020-9); Inova Fiocruz/Fundação Oswaldo Cruz (Grants VPPCB-007-FIO-18-2-30 and VPPCB-005-FIO-20-2-87) and INCT-FCx (465259/2014-6). Computer allocation was partly granted by the Brazilian National Scientific Computing Center (LNCC). FGN, GLW, RDL and GB are supported by the CNPq through their productivity research fellowships (306146/2017-7, 303902/2019-1, 425997/2018-9 and 302317/2017-1 respectively). G.B. is also funded by the Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (Grant number E-26/202.896/2018).Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Departamento de Química Fundamental. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Departamento de Química Fundamental. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Virologia. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Departamento de Química Fundamental. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Maranhão. São Luis, MA, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Maranhão. São Luis, MA, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Colônia Santo Antônio. Manaus, AM, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Sergipe. Aracaju, SE, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, Brasil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores. Salvador, BA, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brasil.Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Departamento de Biologia. Alegre, ES, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Plataforma de Vigilância Molecular. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Bionformática. Recife, PE, Brasil.Mutations at both the receptor-binding domain (RBD) and the amino (N)-terminal domain (NTD) of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Spike (S) glycoprotein can alter its antigenicity and promote immune escape. We identified that SARS-CoV-2 lineages circulating in Brazil with mutations of concern in the RBD independently acquired convergent deletions and insertions in the NTD of the S protein, which altered the NTD antigenic-supersite and other predicted epitopes at this region. Importantly, we detected the community transmission of different P.1 lineages bearing NTD indels Δ69-70 (which can impact several SARS-CoV-2 diagnostic protocols), Δ144 and ins214ANRN, and a new VOI N.10 derived from the B.1.1.33 lineage carrying three NTD deletions (Δ141– 144, Δ211, and Δ256–258). These findings support that the ongoing widespread transmission of SARS-CoV-2 in Brazil generates new viral lineages that might be more resistant to antibody neutralization than parental variants of concern.engOxford University Presshttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/51756SARS-CoV-2EpítoposInfecçãoBrasilMutaçãoRede Genômica FiocruzGENOMAHCOVSARS-CoV-2EpitopesInfectionBrazilMutationThe ongoing evolution of variants of concern and interest of SARS-CoV-2 in Brazil revealed by convergent indels in the amino (N)-terminal domain of the Spike protein (preprint)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-83097https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/49135/1/license.txt36b51ef91c52b5338d9d29ba0cc807bcMD51ORIGINALResende, Paola Cristina The ongoing....pdfResende, Paola 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